Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I200 R1
|
216 |
30.8 |
1683622 |
97.2% |
1636480 |
87.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,576,634 |
A→G |
R79R (CGA→CGG) |
BW25113_RS17825 → |
YrhA family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,576,634 | 0 | A | G | 94.7%
| 51.8
/ ‑3.2
| 19 | R79R (CGA→CGG) | BW25113_RS17825 | YrhA family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (14/4); total (14/5) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.31e-01 |
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAA > NZ_CP009273/3576551‑3576719
|
gAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTAttt > 1:737863/1‑90 (MQ=255)
tAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCct > 1:24650/1‑90 (MQ=255)
aTTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCg < 1:178007/90‑1 (MQ=255)
tttttAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTc > 2:612392/1‑90 (MQ=255)
tAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGa > 1:398618/1‑90 (MQ=255)
tCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTc < 2:125788/90‑1 (MQ=255)
gATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaa > 1:466387/1‑90 (MQ=255)
aTTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaaa < 1:723958/90‑1 (MQ=255)
aTTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaaa < 2:51713/90‑1 (MQ=255)
aTCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAAcc > 2:409658/1‑90 (MQ=255)
tttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGt > 1:46477/1‑90 (MQ=255)
ttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTa > 2:217635/1‑90 (MQ=255)
cAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAt > 2:386798/1‑90 (MQ=255)
atTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGaaa > 2:822091/1‑90 (MQ=255)
aaGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAatg > 1:724813/1‑90 (MQ=255)
tAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAAtgatga < 2:560331/90‑1 (MQ=255)
aTTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCAt > 2:604117/1‑90 (MQ=255)
ttACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATa > 1:824483/1‑90 (MQ=255)
tACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATaa > 1:709763/1‑90 (MQ=255)
|
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAA > NZ_CP009273/3576551‑3576719
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > NZ_CP009273/3576541‑3576731
|
GTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTT > SRR3722079.745750/1‑100 (MQ=60)
GTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCT > SRR3722079.24827/1‑100 (MQ=60)
GTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGA > SRR3722079.401965/1‑100 (MQ=60)
ATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAAC < SRR3722079.179559/100‑1 (MQ=60)
GAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAA > SRR3722079.470465/1‑100 (MQ=60)
ATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGC < SRR3722079.731701/100‑1 (MQ=60)
ATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGT > SRR3722079.46830/1‑100 (MQ=60)
GATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATG > SRR3722079.732567/1‑100 (MQ=60)
AGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATA > SRR3722079.833307/1‑100 (MQ=60)
GTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAA > SRR3722079.717301/1‑100 (MQ=60)
CGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > SRR3722079.561865/1‑100 (MQ=60)
|
GTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > NZ_CP009273/3576541‑3576731
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
