Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
557,592 |
G→T |
89.2% |
D814Y (GAC→TAC) |
sfmD → |
putative outer membrane export usher protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 557,592 | 0 | G | T | 89.2%
| 604.3
/ 73.8
| 229 | D814Y (GAC→TAC) | sfmD | putative outer membrane export usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/16); new base T (80/123); total (90/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CCGACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACA > CP009273/557445‑557741
|
cGACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACg < 2:3196309/150‑1 (MQ=255)
gACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACgg < 2:2906311/150‑1 (MQ=255)
aCGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACggg < 2:2240298/150‑1 (MQ=255)
aCGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACggg < 2:3361229/150‑1 (MQ=255)
cGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGTCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGc < 1:393791/150‑1 (MQ=255)
cGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGc < 2:80813/150‑1 (MQ=255)
cGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGc < 1:4108278/150‑1 (MQ=255)
gCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCa > 2:1325803/1‑150 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGCTACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCaa < 1:2582504/150‑1 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCaa < 2:2480205/150‑1 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCaa < 1:2767670/150‑1 (MQ=255)
cAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCaa < 1:2210523/150‑1 (MQ=255)
aaGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAg > 2:3692370/1‑150 (MQ=255)
gcgcGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGttt < 2:2541360/150‑1 (MQ=255)
gTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGtttattt < 2:3756633/150‑1 (MQ=255)
ttGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGtttattta < 1:492016/150‑1 (MQ=255)
atGGTTCTTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCTTGCGGGCTCTCATTAACGTTACCCATGGCGGAAAACAGGTGCCGTTAGTATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGTGTGATACCGGGAAAGtttatttc > 2:4627123/2‑149 (MQ=255)
tGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTaa > 1:492856/1‑150 (MQ=255)
tCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAgtgg < 2:411970/150‑1 (MQ=255)
cGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAgtggt < 1:4073130/150‑1 (MQ=255)
gTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAgtggtg < 1:2138173/150‑1 (MQ=255)
tGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTgc < 2:4257909/150‑1 (MQ=255)
cAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGTCGGAAAACCGGTGCCGTTTTGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGcc < 2:634400/150‑1 (MQ=255)
cAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGcc > 1:3462221/1‑150 (MQ=255)
aTTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCAt > 1:1446054/1‑150 (MQ=255)
tttGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTg < 1:2606573/150‑1 (MQ=255)
ttGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGt < 1:3329739/150‑1 (MQ=255)
ttGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGt > 1:750969/1‑150 (MQ=255)
tGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTc > 2:1041133/1‑150 (MQ=255)
aTACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTg > 1:2922543/1‑150 (MQ=255)
aTACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACAAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATATAAGTGGTGCGCCATTGTCTg > 1:614703/1‑150 (MQ=255)
aCCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGt < 2:2391904/150‑1 (MQ=255)
cccGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTGACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTg < 2:4612263/150‑1 (MQ=255)
aGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACt < 2:4434639/150‑1 (MQ=255)
ggCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTg < 2:3201501/150‑1 (MQ=255)
ggCGTGCGGGCGCTCATTAACGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTAACGGAAAAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGGGTATTTAAGTGGTGCGCCCTTGTCGGGTGAATTACTg > 1:2018677/1‑150 (MQ=255)
gCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTgg < 1:1702254/150‑1 (MQ=255)
gTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGtt > 1:4600/1‑150 (MQ=255)
tGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTc > 2:948049/1‑150 (MQ=255)
gCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCa < 2:2849300/150‑1 (MQ=255)
cgcTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTggg > 2:1930608/1‑150 (MQ=255)
cgcTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTggg > 2:131488/1‑150 (MQ=255)
cgcTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTggg > 1:1924329/1‑150 (MQ=255)
gcTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTgggg < 2:1619737/150‑1 (MQ=255)
tCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGgag > 1:1251335/1‑150 (MQ=255)
cATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGgaga < 1:1058021/150‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGAc > 2:3999524/1‑150 (MQ=255)
ccGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGgcg < 1:3327293/150‑1 (MQ=255)
cGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGgcgc < 2:2934812/150‑1 (MQ=255)
cGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGgcgc > 1:1791293/1‑150 (MQ=255)
cGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGgcgc < 2:2817623/150‑1 (MQ=255)
cGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGgcgc < 2:2677112/150‑1 (MQ=255)
gTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGcgcg > 1:4373804/1‑150 (MQ=255)
aCCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAAc > 1:2543245/1‑150 (MQ=255)
aCCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGATTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAAc > 1:2330353/1‑150 (MQ=255)
agtgCGGAAAAACGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGTAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGTGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGTGAGACGGCGCGATCTCAc < 2:1529263/147‑1 (MQ=255)
aGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCAc < 1:985209/150‑1 (MQ=255)
aaaCCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGTAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCAtt < 1:1103669/150‑1 (MQ=255)
aaaCCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCAtt > 1:2061238/1‑150 (MQ=255)
aaaCCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCAtt < 1:1492047/150‑1 (MQ=255)
aaaCCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCAtt < 1:3861038/150‑1 (MQ=255)
aaCCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTg < 1:4638875/150‑1 (MQ=255)
cGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTGATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTgcgc > 2:4317517/1‑150 (MQ=255)
gCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTa < 2:1120315/150‑1 (MQ=255)
gTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGt < 1:4354204/150‑1 (MQ=255)
ttGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTAt < 1:4312385/150‑1 (MQ=255)
ttGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTAt < 1:3567932/150‑1 (MQ=255)
ttGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTAt > 1:3836689/1‑150 (MQ=255)
ttGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTAt < 2:3481740/150‑1 (MQ=255)
tGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTAtt < 1:522976/150‑1 (MQ=255)
ggATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTg < 2:1067154/150‑1 (MQ=255)
gATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGc < 1:4487667/150‑1 (MQ=255)
aTCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGcc > 1:1229249/1‑150 (MQ=255)
tCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCg < 1:1643046/150‑1 (MQ=255)
tCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCg < 2:1347763/150‑1 (MQ=255)
cACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGACTAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGa < 1:1626057/150‑1 (MQ=255)
cACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGa > 1:4521087/1‑150 (MQ=255)
aCTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGaa < 2:3422806/150‑1 (MQ=255)
cTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAg > 2:4331802/1‑150 (MQ=255)
ggTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCa < 2:2078818/150‑1 (MQ=255)
gTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCaa > 1:2663593/1‑150 (MQ=255)
aCGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAg < 1:3692370/150‑1 (MQ=255)
gAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTa > 2:2758183/1‑150 (MQ=255)
aaaCAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTAAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACGGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACa > 1:3756930/1‑150 (MQ=255)
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tACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGc < 1:306214/150‑1 (MQ=255)
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TTACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCAC < SRR19973072.1909464/150‑1 (MQ=60)
GACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACA < SRR19973072.4400505/150‑1 (MQ=60)
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GCCGACGCAAGGCGCGTTGGTTCGTGCCAATTTTGATACCCGCATAGGCGTGCGGGCGCTCATTACCGTTACCCAGGGCGGAAAACCGGTGCCGTTTGGATCACTGGTACGGGAAAACAGTACCGGAATAACCAGTATGGTGGGTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACA > CP009273/557444‑557741
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |