Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,798,234 |
G→T |
18.1% |
pseudogene (460/1476 nt) |
arpB → |
pseudogene, ankyrin repeats |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,798,234 | 0 | G | T | 18.1%
| 857.3
/ 123.5
| 282 | pseudogene (460/1476 nt) | arpB | pseudogene, ankyrin repeats |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/120); new base T (23/28); total (134/148) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTC > CP009273/1798085‑1798383
|
tgGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCagag > 2:607159/1‑150 (MQ=255)
aaaCAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGacac > 1:386912/1‑150 (MQ=255)
aaaCAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGacac > 1:2172779/1‑150 (MQ=255)
tGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAg < 2:4025239/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAg < 2:2672289/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAg < 2:1696300/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAg < 1:4214136/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAg > 1:4269392/1‑150 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAgg < 2:951825/150‑1 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAgg < 1:757134/150‑1 (MQ=255)
caTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCa > 2:3125026/1‑150 (MQ=255)
atatGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCAc < 1:288894/150‑1 (MQ=255)
atatGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCAc < 1:3005831/150‑1 (MQ=255)
atatGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCAc > 1:1656218/1‑150 (MQ=255)
atGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACgg > 2:3307717/1‑150 (MQ=255)
atGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACgg > 1:3568107/1‑150 (MQ=255)
tGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACggg < 2:1474608/150‑1 (MQ=255)
gTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACgggg < 1:1345022/150‑1 (MQ=255)
cgcgATTTTATATCTAGCCAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGctt < 1:2391344/150‑1 (MQ=255)
cgATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGctttc > 2:3870421/1‑150 (MQ=255)
tttATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCtttctttc < 1:3588743/150‑1 (MQ=255)
tatatataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGc < 2:1604602/150‑1 (MQ=255)
atataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTg > 2:2423912/1‑150 (MQ=255)
atataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTg > 2:935137/1‑150 (MQ=255)
tataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGa < 2:3033804/150‑1 (MQ=255)
aGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATaa < 2:3864764/150‑1 (MQ=255)
aGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATaa > 2:3939829/1‑150 (MQ=255)
aGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATaa < 1:27187/150‑1 (MQ=255)
gACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAg > 2:3501086/1‑150 (MQ=255)
aaTCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTtc < 1:2780548/150‑1 (MQ=255)
aaTCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCATCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTtc < 1:1745457/150‑1 (MQ=255)
cATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTtcatc > 2:2095881/1‑150 (MQ=255)
cATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATAACAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATACGTtcatc > 2:1104126/1‑150 (MQ=255)
tttGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTc > 2:630529/1‑150 (MQ=255)
gTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAgg > 2:2416240/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc < 1:2516293/150‑1 (MQ=255)
tAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCg < 1:1577358/150‑1 (MQ=255)
aaGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGa > 1:2954978/1‑150 (MQ=255)
cTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCt < 1:2034519/150‑1 (MQ=255)
cTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGCCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCt < 1:4255815/150‑1 (MQ=255)
taaTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGa > 2:877701/2‑150 (MQ=255)
gAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGa > 2:200566/1‑150 (MQ=255)
aaTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGAc < 2:2045445/150‑1 (MQ=255)
aaTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGAc > 1:3671741/1‑150 (MQ=255)
aTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGAcc > 1:3124119/1‑150 (MQ=255)
tAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCt > 2:1421699/1‑150 (MQ=255)
aaGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTgg < 1:3273937/150‑1 (MQ=255)
aGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTggg < 1:1507351/150‑1 (MQ=255)
gCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGc > 2:1406195/1‑150 (MQ=255)
cagtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCt < 2:4509395/150‑1 (MQ=255)
agtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTg < 1:947329/150‑1 (MQ=255)
tcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgat < 2:1015648/150‑1 (MQ=255)
gtATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgatagata > 1:2800046/1‑150 (MQ=255)
tATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCACCGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGatat < 2:1934465/150‑1 (MQ=255)
tATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGatat > 1:2218730/1‑150 (MQ=255)
tATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGatat > 1:4396484/1‑150 (MQ=255)
tATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGatat < 2:3918773/150‑1 (MQ=255)
tGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGt < 1:1433041/150‑1 (MQ=255)
tGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGt > 2:2079210/1‑150 (MQ=255)
attaaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCaa > 1:4542613/1‑150 (MQ=255)
ttaaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAAc < 1:2561616/150‑1 (MQ=255)
taaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACt < 2:1641242/150‑1 (MQ=255)
taTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCa < 1:2828088/150‑1 (MQ=255)
tgtgTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGc < 1:4492840/150‑1 (MQ=255)
tgtgTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGc < 1:1611250/150‑1 (MQ=255)
tgtCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTa < 2:4352806/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt < 1:3307717/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt > 2:2136706/1‑150 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt > 1:1280630/1‑150 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt < 1:2635647/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt < 2:3436821/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt < 2:233271/150‑1 (MQ=255)
ccGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTc < 2:495883/150‑1 (MQ=255)
ccGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTc > 1:3835641/1‑150 (MQ=255)
cGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCt < 2:4599864/150‑1 (MQ=255)
cGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCt > 1:4506630/1‑150 (MQ=255)
gTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTg > 1:407216/1‑150 (MQ=255)
tACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGccc > 1:3206374/1‑150 (MQ=255)
tACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCACTTGCTATTCTGccc > 2:657340/1‑150 (MQ=255)
tACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGccc > 2:1487427/1‑150 (MQ=255)
tACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGccc < 1:3939829/150‑1 (MQ=255)
aCGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGcccc > 2:3246317/1‑150 (MQ=255)
aCGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGcccc < 2:2605078/150‑1 (MQ=255)
aCGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGcccc > 2:1086155/1‑150 (MQ=255)
gACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTa < 2:2805908/150‑1 (MQ=255)
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gaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTc > 2:1784120/1‑150 (MQ=255)
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TGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTC > CP009273/1798085‑1798383
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
