Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,798,234 |
G→T |
45.1% |
pseudogene (460/1476 nt) |
arpB → |
pseudogene, ankyrin repeats |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,798,234 | 0 | G | T | 45.1%
| 233.8
/ inf
| 283 | pseudogene (460/1476 nt) | arpB | pseudogene, ankyrin repeats |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/69); new base T (57/71); total (143/140) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
TGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTC > CP009273/1798085‑1798383
|
tgGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGACAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGATTACGACCCGAACGATACCAACGTTGACGTCagag > 1:4096272/1‑150 (MQ=255)
ggCAAAAAATGTCAGTCATATGTCCGCTATTGTATATATAGACAATCATACTTAGTCAGTAAGGCTACGAAAAAAGAAGTCAGAGTATGTAAAATTAAATTATGTTGTGACCGAATACAACCCAAACGATACCAACGTTGCCGTCAgaga > 1:2240109/1‑150 (MQ=255)
gCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGac > 1:1774471/1‑150 (MQ=255)
aaaCAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATacac > 1:4101678/1‑150 (MQ=255)
cAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCca > 1:4005986/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCcac > 1:1004156/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCcac > 2:3054106/1‑150 (MQ=255)
aTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCcaca > 2:3915482/1‑150 (MQ=255)
tGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAg > 1:2280377/1‑150 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATATACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAgg > 1:1010420/1‑150 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAgg > 1:2711781/1‑150 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAgg < 1:2312970/150‑1 (MQ=255)
agtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACa > 2:237071/1‑150 (MQ=255)
caTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCa > 2:285664/1‑150 (MQ=255)
caTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCa > 1:4113781/1‑150 (MQ=255)
atatGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCAc > 1:1684482/1‑150 (MQ=255)
atGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACgg > 2:1411522/1‑150 (MQ=255)
tGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACggg > 2:1010653/1‑150 (MQ=255)
gTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACgggg > 2:3535129/1‑150 (MQ=255)
ccGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGct > 2:1307555/1‑150 (MQ=255)
cgcgATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGctt < 2:355781/150‑1 (MQ=255)
gcgATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGcttt < 2:699834/150‑1 (MQ=255)
cgATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGctttc > 1:4365021/1‑150 (MQ=255)
gATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGctttct > 1:572247/1‑150 (MQ=255)
tttATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATACAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCtttctttc < 1:3391974/150‑1 (MQ=255)
tatatataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGc > 2:193395/1‑150 (MQ=255)
atataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCCCAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCTCTTg > 2:1560243/1‑150 (MQ=255)
atataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTg > 2:2982378/1‑150 (MQ=255)
taGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATa < 1:2713006/150‑1 (MQ=255)
cAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGtt < 1:2314412/150‑1 (MQ=255)
cAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGtt < 2:3356414/150‑1 (MQ=255)
aTCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTtca < 2:3950060/150‑1 (MQ=255)
aTACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTGTCGCTTGATAAGTtcatca > 2:1292733/1‑150 (MQ=255)
aCTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGt < 2:3240675/150‑1 (MQ=255)
tttGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACCATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTc > 1:1347281/1‑150 (MQ=255)
tGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAg > 2:3697660/1‑150 (MQ=255)
gTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAgg > 1:3777495/1‑150 (MQ=255)
tCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGt < 1:3558160/150‑1 (MQ=255)
cAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTc < 1:3943001/150‑1 (MQ=255)
cAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTc < 2:3298554/150‑1 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTGGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc > 2:1778396/1‑150 (MQ=255)
cTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCt < 1:3478353/150‑1 (MQ=255)
cTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCt > 1:2050416/1‑150 (MQ=255)
cGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAg < 2:591082/150‑1 (MQ=255)
aaTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGAc < 2:2505815/150‑1 (MQ=255)
aaaGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTg < 2:1832819/150‑1 (MQ=255)
aaGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTgg < 1:1298391/150‑1 (MQ=255)
agtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTg < 1:618072/150‑1 (MQ=255)
agtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTg < 1:2818757/150‑1 (MQ=255)
gtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTga > 2:4580736/1‑150 (MQ=255)
gtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTga < 2:4164149/150‑1 (MQ=255)
cagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgata < 1:2485025/150‑1 (MQ=255)
gtgtATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgataga < 2:778235/150‑1 (MQ=255)
tATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGatat > 1:1977342/1‑150 (MQ=255)
tATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGatat < 2:1704822/150‑1 (MQ=255)
aTGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATg < 2:2475734/150‑1 (MQ=255)
ggACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGtt < 2:663573/150‑1 (MQ=255)
ggACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGtt < 2:2092018/150‑1 (MQ=255)
gACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTc < 2:3481234/150‑1 (MQ=255)
gACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTc > 1:2392245/1‑150 (MQ=255)
gACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTc > 1:2104346/1‑150 (MQ=255)
gACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTc > 1:3176482/1‑150 (MQ=255)
cAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGc > 2:4063550/1‑150 (MQ=255)
aattaaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCa > 2:239800/1‑150 (MQ=255)
taaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACt < 2:3166412/150‑1 (MQ=255)
aattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACtgt > 1:2701462/1‑150 (MQ=255)
attaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACtgtg < 2:4064723/150‑1 (MQ=255)
ttaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGc > 2:3442599/1‑150 (MQ=255)
ttaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGc > 1:1223311/1‑150 (MQ=255)
ttgtGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCACCGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTg < 2:1999244/150‑1 (MQ=255)
ttgtGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTg < 2:2164554/150‑1 (MQ=255)
gtgtCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCt < 1:4498742/150‑1 (MQ=255)
tgtCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTa < 1:3548416/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt > 1:3976959/1‑150 (MQ=255)
cGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATCGCTATTCt > 2:203040/1‑150 (MQ=255)
cccGAACGATACCTACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCAAGGGGATTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTAtt < 1:3299813/150‑1 (MQ=255)
cccGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAGTCTGCCCCTAtt < 1:3043866/150‑1 (MQ=255)
aaCGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCt > 1:1920635/1‑150 (MQ=255)
aCGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCtg < 1:818190/150‑1 (MQ=255)
aTACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTgg < 2:4236920/150‑1 (MQ=255)
aCCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGa > 1:722503/1‑150 (MQ=255)
aCCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGa < 2:1177914/150‑1 (MQ=255)
ccAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAg < 1:1591644/150‑1 (MQ=255)
ccAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAg > 1:879308/1‑150 (MQ=255)
cAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGt < 1:1515729/150‑1 (MQ=255)
cAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGt < 1:1991376/150‑1 (MQ=255)
cAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGt < 2:618123/150‑1 (MQ=255)
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cGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTcc < 1:2601132/150‑1 (MQ=255)
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gTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCa > 2:1957845/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAg < 1:2925493/150‑1 (MQ=255)
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agatACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAtt > 1:4460372/1‑150 (MQ=255)
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agaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAtttt > 1:2892177/1‑150 (MQ=255)
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gaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTc > 1:975399/1‑150 (MQ=255)
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TGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTTC > CP009273/1798085‑1798383
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
