Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F54 I0 R1
|
640 |
319.5 |
10493376 |
95.3% |
10000187 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
581,203 |
A→T |
6.1% |
intergenic (‑114/‑310) |
ompT ← / → pauD |
DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 581,203 | 0 | A | T | 6.1%
| 1316.3
/ 53.0
| 382 | intergenic (‑114/‑310) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (184/173); new base T (10/14); total (194/188) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
GGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTT > CP009273/581054‑581352
|
ttGTCAGGACTAGTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATc < 2:4487437/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTca < 2:959740/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTca < 2:3582089/150‑1 (MQ=255)
aGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAAt < 1:687063/150‑1 (MQ=255)
ggACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATg > 2:4342690/1‑150 (MQ=255)
aCTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATCTTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACACTgcg > 1:1108536/1‑150 (MQ=255)
tATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCt > 1:3770184/1‑150 (MQ=255)
tATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGGTTAGTATTGAATGATTATCACAATGAGCt > 1:1153464/1‑150 (MQ=255)
aTTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTa < 1:5027297/150‑1 (MQ=255)
aTTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTa < 2:2204421/150‑1 (MQ=255)
tCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATc < 1:2845294/150‑1 (MQ=255)
cccAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCt > 1:1338721/1‑150 (MQ=255)
gAACTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGttt > 2:2958943/1‑150 (MQ=255)
aaGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGtttt > 2:4867295/1‑150 (MQ=255)
aaGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGtttt < 1:2052029/150‑1 (MQ=255)
aaGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGttat > 2:5217838/1‑148 (MQ=255)
aGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGATCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGttttt > 1:1006673/1‑150 (MQ=255)
tttCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTATAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTgg < 2:3155897/150‑1 (MQ=255)
ttCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGt < 2:2139614/150‑1 (MQ=255)
gCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTa > 1:1742554/1‑150 (MQ=255)
ccGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCGATCTGTTTTTGGTTTAAt > 1:3226787/1‑150 (MQ=255)
gCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTa > 1:4484741/1‑150 (MQ=255)
cATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTAt > 1:4756981/1‑150 (MQ=255)
aaaaGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTg < 1:2784656/150‑1 (MQ=255)
aaaGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGt < 2:2371166/150‑1 (MQ=255)
aaaGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGt > 2:1115590/1‑150 (MQ=255)
aaGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTGTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCGATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGtt > 2:3964449/1‑150 (MQ=255)
aGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTa < 2:1553288/150‑1 (MQ=255)
ttCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTAtt < 1:155849/150‑1 (MQ=255)
tctcCATTCAATCGTTTTAATTATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATTAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTg < 1:5148943/150‑1 (MQ=255)
ctcCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGt < 1:5056293/150‑1 (MQ=255)
aaTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATAtt > 2:2626433/1‑150 (MQ=255)
aaTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATAtt < 1:4786532/150‑1 (MQ=255)
aTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATAttt < 2:4572416/150‑1 (MQ=255)
cGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGGTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCg > 2:4388342/1‑150 (MQ=255)
gTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCgg > 2:2042485/1‑150 (MQ=255)
aTGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTAc < 1:5234229/150‑1 (MQ=255)
aTGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTGTTAc > 1:137307/1‑150 (MQ=255)
gATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACtg > 2:1841643/1‑150 (MQ=255)
gATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACtg > 1:303448/1‑150 (MQ=255)
tttaaTATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACtgtg < 2:593402/147‑1 (MQ=255)
aaTATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATATGTTATTGTGTCATATTTCGGTTTTACTGTGTgg > 1:3623492/1‑150 (MQ=255)
atatGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGt > 1:560434/1‑150 (MQ=255)
atatGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGt > 1:2958207/1‑150 (MQ=255)
atatGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGt < 2:5086768/150‑1 (MQ=255)
tATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGtttttt < 1:2282362/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGttttttt < 2:2494177/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTGTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATCTTTCGGTTTTACTGTGTGGttttttt > 1:2595944/1‑150 (MQ=255)
tttATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGc < 1:164651/150‑1 (MQ=255)
tttATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTGATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGc > 2:4708095/1‑150 (MQ=255)
atCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTtg < 1:1969149/150‑1 (MQ=255)
atCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTGTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTtg > 1:1777331/1‑150 (MQ=255)
atCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTGTAGTATTGAATGATTATCACACTGCGCTATCTGTGTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGGTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTtg > 1:368141/1‑150 (MQ=255)
cTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTtgtg < 2:4789307/150‑1 (MQ=255)
tAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTgtgg > 2:607796/1‑150 (MQ=255)
aaTGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCttt < 1:426749/150‑1 (MQ=255)
aaTGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTGTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGGTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCttt > 2:1587716/1‑150 (MQ=255)
aTGAGTCAATTACATATTGCTCCACTTTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCtttt < 1:3846337/150‑1 (MQ=255)
aGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATc > 1:790947/1‑150 (MQ=255)
tCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTa < 1:3418317/150‑1 (MQ=255)
aaTTACATATTGCTCCACTTTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTAATATTTCGTTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTATTATCTAtt > 1:2545085/1‑150 (MQ=255)
aaTTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTAtt > 1:1529859/1‑150 (MQ=255)
aaTTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTAtt > 1:892471/1‑150 (MQ=255)
tACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTGTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTaa > 2:919423/1‑150 (MQ=255)
tACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCGATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTaa > 2:4235644/1‑150 (MQ=255)
tACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGAGCTATGTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTTGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTaa > 2:3546179/1‑150 (MQ=255)
tACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTAAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTaa < 1:4202912/150‑1 (MQ=255)
cATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTTTGGTGCTTTTATCTATTTAAGt > 2:3458752/1‑150 (MQ=255)
cATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGGTTAAGTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTGTTATCTATTTAAGt > 2:3236268/1‑150 (MQ=255)
tatTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGc > 1:2147334/1‑150 (MQ=255)
tGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCAt < 1:4598617/150‑1 (MQ=255)
gCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATg < 1:1471814/150‑1 (MQ=255)
cACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCtt < 2:3058212/150‑1 (MQ=255)
ccttgttATATTTTGTTGAGTATTGCATGATTCTCACACTGCGCGATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCttt < 2:4981717/145‑1 (MQ=255)
aCTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCttt < 2:838401/150‑1 (MQ=255)
cTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTa > 1:4945897/1‑150 (MQ=255)
tGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTag > 1:2415262/1‑150 (MQ=255)
tGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTag > 2:3362685/1‑150 (MQ=255)
tttGTTTAGTATTTAATTATTATCACAATGCTCTATCTGTTTTTTGTTTTATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGTTTTTACTGTGTTGTTTTTTTCTGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCAGGCCTTTAGAGGCAtata < 2:2564600/150‑1 (MQ=255)
tttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCAtata > 2:2259753/1‑150 (MQ=255)
ttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATaa > 2:3412376/1‑150 (MQ=255)
ttGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATaa < 1:410890/150‑1 (MQ=255)
gTTTAGTATTGAATGATTTTCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGc < 2:2695589/150‑1 (MQ=255)
gTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGc < 2:2270511/150‑1 (MQ=255)
tttAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCg < 1:7144/150‑1 (MQ=255)
gTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGaaaa < 2:5136706/150‑1 (MQ=255)
tATTGAATGATTTTCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTAGTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAAt < 2:1318297/150‑1 (MQ=255)
tATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAAt > 2:5171944/1‑150 (MQ=255)
aTTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATa < 2:1965061/150‑1 (MQ=255)
ttGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAg > 1:3361570/1‑150 (MQ=255)
tGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGc > 2:3501834/1‑150 (MQ=255)
gAATTATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCa < 2:2835886/150‑1 (MQ=255)
gAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCa < 2:892505/150‑1 (MQ=255)
gAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCATTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCa > 1:4471827/1‑150 (MQ=255)
aaTGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCAt > 1:2212827/1‑150 (MQ=255)
tGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGa > 2:384787/1‑150 (MQ=255)
gATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAg > 1:3968936/1‑150 (MQ=255)
aTTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAgg > 1:2431833/1‑150 (MQ=255)
ttATCTCCATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTCTCTGTCATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGt < 2:3668422/150‑1 (MQ=255)
tATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGtt > 1:97691/1‑150 (MQ=255)
|
GGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTT > CP009273/581054‑581352
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
