Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,985,884 |
C→T |
9.7% |
I144I (ATC→ATT) |
ygeH → |
putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,985,884 | 0 | C | T | 9.7%
| 736.5
/ 51.4
| 228 | I144I (ATC→ATT) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/98); new base T (11/11); total (119/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAA > CP009273/2985735‑2986033
|
tACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATc > 2:3548126/1‑150 (MQ=255)
aCCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCa > 1:168387/1‑150 (MQ=255)
ccGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCAt > 1:3482591/1‑150 (MQ=255)
ggAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCAttt < 1:2580369/150‑1 (MQ=255)
gAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTc > 1:4278700/1‑150 (MQ=255)
ggTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAt < 1:1495011/150‑1 (MQ=255)
ggTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAt < 1:2907917/150‑1 (MQ=255)
gTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATa > 1:3015547/1‑150 (MQ=255)
gTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATGACTGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATa < 1:2316752/150‑1 (MQ=255)
ttATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATaa < 2:2534560/150‑1 (MQ=255)
ttATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATaa < 2:1600321/150‑1 (MQ=255)
tATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATaaa > 2:3577124/1‑150 (MQ=255)
gTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATaaaaaaa > 1:2296032/1‑150 (MQ=255)
tCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCg > 1:754678/1‑150 (MQ=255)
cAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGa > 1:937992/1‑150 (MQ=255)
cAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGa > 1:1063530/1‑150 (MQ=255)
aGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 2:1331385/150‑1 (MQ=255)
aGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt > 1:504969/1‑150 (MQ=255)
aGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 1:3828277/150‑1 (MQ=255)
gCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATg < 1:444656/150‑1 (MQ=255)
ggCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGtc > 2:603367/1‑150 (MQ=255)
cAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGtctc > 2:4338095/1‑150 (MQ=255)
cAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGtctc > 2:390869/1‑150 (MQ=255)
gtttttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCta < 1:2668197/148‑1 (MQ=255)
gTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATAGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCtat > 2:766222/1‑150 (MQ=255)
ttttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCtata > 2:3685066/1‑150 (MQ=255)
ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATAcc > 2:228538/1‑150 (MQ=255)
ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATAcc > 2:2507568/1‑150 (MQ=255)
tCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCt < 1:3884067/150‑1 (MQ=255)
cAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTa > 2:488908/1‑150 (MQ=255)
aaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATcc < 2:4420853/150‑1 (MQ=255)
aaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATcc < 2:185581/150‑1 (MQ=255)
aCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCg > 2:1847684/1‑150 (MQ=255)
aCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCg > 2:2720453/1‑150 (MQ=255)
aCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCg < 2:3391963/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATg > 1:493362/1‑150 (MQ=255)
aTTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCt < 1:3774597/150‑1 (MQ=255)
tAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCACATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGc > 2:389801/1‑150 (MQ=255)
tGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGAc < 1:3813741/150‑1 (MQ=255)
gAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACa < 2:197407/150‑1 (MQ=255)
aGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACaaa > 1:1287205/1‑150 (MQ=255)
aGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGAGGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACaaa < 2:4124880/150‑1 (MQ=255)
ataataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCAATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAtt < 2:3276219/150‑1 (MQ=255)
taataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAttt > 1:3368595/1‑150 (MQ=255)
ataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAttttt < 1:2825710/150‑1 (MQ=255)
ataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAttttt < 2:4110038/150‑1 (MQ=255)
taCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTCTCCGATGGCTGCGACAAATTTTTg > 1:804060/1‑150 (MQ=255)
aCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCGAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGt > 1:2181954/1‑150 (MQ=255)
cTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACCTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTa > 1:1405174/1‑150 (MQ=255)
ttCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTaa > 2:557115/1‑150 (MQ=255)
cTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTACTGATca > 1:3124367/1‑150 (MQ=255)
cTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATca < 2:1441294/150‑1 (MQ=255)
tATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATcac < 2:3740036/150‑1 (MQ=255)
ttCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACat < 1:3279867/150‑1 (MQ=255)
ccATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACatat > 2:1937793/1‑150 (MQ=255)
atatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAat < 1:4166260/150‑1 (MQ=255)
tatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAatt < 1:4484680/150‑1 (MQ=255)
tatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAatt > 1:4329417/1‑150 (MQ=255)
tatTACCTTTCAATAATTCATTGAATAAAATGTATCCATTAATACATAATCAGGAATTATTGCAAATCATTTAAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCAGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAatt < 1:4227926/150‑1 (MQ=255)
tCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCACAattcat > 2:400632/1‑150 (MQ=255)
tCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattcat > 2:1117731/1‑150 (MQ=255)
tCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattcat < 1:3782357/150‑1 (MQ=255)
tCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattcat < 1:384671/150‑1 (MQ=255)
ccTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGTTGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATATCAACattcattc > 2:4233804/1‑150 (MQ=255)
tttCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCtt < 2:1070663/150‑1 (MQ=255)
tactTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAg < 1:4180706/150‑1 (MQ=255)
ctTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGAt < 2:4158465/150‑1 (MQ=255)
ctTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGAt > 1:201324/1‑150 (MQ=255)
gAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGcc > 1:3509391/1‑150 (MQ=255)
aaTACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCa < 1:2919866/150‑1 (MQ=255)
acTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGatta < 1:1860422/150‑1 (MQ=255)
cTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGattat > 2:4191681/1‑150 (MQ=255)
cTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGattat < 2:855825/150‑1 (MQ=255)
cTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGattat > 1:3983774/1‑150 (MQ=255)
ggATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTAttt > 2:2136272/1‑150 (MQ=255)
gATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTc < 2:200211/150‑1 (MQ=255)
gATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTc < 2:4059109/150‑1 (MQ=255)
gATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTc > 2:1808351/1‑150 (MQ=255)
ccATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGtt < 1:4396994/150‑1 (MQ=255)
tAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAg < 2:4091089/150‑1 (MQ=255)
aTACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGga < 2:285794/150‑1 (MQ=255)
aTACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGga > 1:160544/1‑150 (MQ=255)
aTACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGga > 1:2997881/1‑150 (MQ=255)
aTACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGga < 2:1985302/150‑1 (MQ=255)
tACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaa < 2:1657413/150‑1 (MQ=255)
tAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAAt < 2:168387/150‑1 (MQ=255)
aTCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTc < 1:2451499/134‑1 (MQ=255)
aTCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTc > 2:2451499/1‑134 (MQ=255)
tCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATaaa < 1:1937793/150‑1 (MQ=255)
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aGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAcc < 1:1275328/150‑1 (MQ=255)
ggAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCa < 2:1286737/150‑1 (MQ=255)
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aGTGCAAATAATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCAAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGaataa > 2:2695828/1‑150 (MQ=255)
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cATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGaa < 2:2803974/150‑1 (MQ=255)
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TACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAA > CP009273/2985735‑2986033
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
