Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,985,884 |
C→T |
100% |
I144I (ATC→ATT) |
ygeH → |
putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,985,884 | 0 | C | T | 96.4%
| 793.5
/ 14.8
| 248 | I144I (ATC→ATT) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/4); new base T (122/117); total (127/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCA > CP009273/2985739‑2986028
|
ggAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTAt < 2:1761427/148‑1 (MQ=255)
gAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAattatt < 2:2175625/148‑1 (MQ=255)
aaaGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTAAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTAACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCAttt > 2:1271775/1‑148 (MQ=255)
aaGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTc > 2:3134891/1‑148 (MQ=255)
ggTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCaa < 1:488459/148‑1 (MQ=255)
cGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATaaaa > 1:2266505/1‑148 (MQ=255)
ttCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATaaaaaaa > 1:2867026/1‑148 (MQ=255)
tCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAAt < 1:3026845/148‑1 (MQ=255)
cAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATc > 2:1030403/1‑148 (MQ=255)
gCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGa < 2:2557869/148‑1 (MQ=255)
gCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGa < 2:258082/148‑1 (MQ=255)
gCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGa < 1:336967/148‑1 (MQ=255)
cGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGAt < 1:2598280/148‑1 (MQ=255)
gCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGt > 1:2799008/1‑148 (MQ=255)
gCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGt < 1:807111/148‑1 (MQ=255)
cAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGtc < 1:3407812/148‑1 (MQ=255)
cAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGtc > 1:3436905/1‑148 (MQ=255)
gTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTctct > 2:1120471/1‑148 (MQ=255)
ttttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCta < 1:771/148‑1 (MQ=255)
tttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCtat > 2:488495/1‑148 (MQ=255)
ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCtata < 1:1844274/148‑1 (MQ=255)
aaaaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCt > 2:154649/1‑148 (MQ=255)
aaaaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCt < 1:3224815/148‑1 (MQ=255)
aaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTAt > 1:1117835/1‑148 (MQ=255)
aCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATc > 2:3270789/1‑148 (MQ=255)
cTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATcc > 2:1339794/1‑148 (MQ=255)
aaaTTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGAt < 1:2698587/148‑1 (MQ=255)
tAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCt > 2:2723512/1‑148 (MQ=255)
tAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCt > 2:350872/1‑148 (MQ=255)
aaTGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATGAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTg < 1:464105/148‑1 (MQ=255)
aTGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATAGATGGTCTCTATAACTATACGATGGCTGc > 1:2460674/1‑148 (MQ=255)
tGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCg > 1:698831/1‑148 (MQ=255)
tGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCg < 2:2009912/148‑1 (MQ=255)
gAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGa > 2:1482797/1‑148 (MQ=255)
gAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGa > 1:1955311/1‑148 (MQ=255)
aGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCAGATGGCTGCGACa > 1:3152901/1‑148 (MQ=255)
ataataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACaaa < 2:2055216/148‑1 (MQ=255)
ataataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACaaa < 1:3131178/148‑1 (MQ=255)
taataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAt > 1:3196409/1‑148 (MQ=255)
aataCTTCAGTCTATTCCATAGCTATATTCACTTTAACTTATTAATTGTATACACTGGATCAAGTAATACTTAATCAGGAATTAGTGAAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAtt < 1:6958/148‑1 (MQ=255)
aataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAAtt < 1:105004/148‑1 (MQ=255)
cAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTaa > 2:2198269/1‑148 (MQ=255)
cTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGAt > 2:1914253/1‑148 (MQ=255)
aTTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATca < 1:529619/148‑1 (MQ=255)
ccATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACat < 1:300450/148‑1 (MQ=255)
aTAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACatat > 2:259037/1‑148 (MQ=255)
aTAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACatat < 1:1711629/148‑1 (MQ=255)
aGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATAtct > 2:450200/1‑148 (MQ=255)
atatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCtaa > 1:2451702/1‑148 (MQ=255)
tatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCaaaa < 2:3207478/148‑1 (MQ=255)
tatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCaaaa > 1:357762/1‑148 (MQ=255)
ttCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCTCATATCTCAAAatt > 1:2394416/1‑148 (MQ=255)
ttCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAatt < 1:1617187/148‑1 (MQ=255)
tCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattc < 1:2155661/148‑1 (MQ=255)
tCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCAAAAATCTCAAAattc > 1:1764520/1‑148 (MQ=255)
cTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattcatt < 2:18343/148‑1 (MQ=255)
cTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattcatt > 2:1527528/1‑148 (MQ=255)
tttCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAattcattc > 2:2735282/1‑148 (MQ=255)
cACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTg < 2:891054/148‑1 (MQ=255)
actactTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGa > 2:244039/1‑148 (MQ=255)
tactTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGc > 1:2462855/1‑148 (MQ=255)
tactTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGc < 2:587287/148‑1 (MQ=255)
actTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTGATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCa > 1:1232734/1‑148 (MQ=255)
ttCATTGAATACACTGGATCCATTAATACATAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGa < 2:2267074/148‑1 (MQ=255)
cATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGAtt < 2:2513313/148‑1 (MQ=255)
cATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGAtt < 2:724165/148‑1 (MQ=255)
cATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGAtt < 2:301096/148‑1 (MQ=255)
aTTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTc < 1:1206134/148‑1 (MQ=255)
aTACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGcc < 2:1365728/148‑1 (MQ=255)
aTACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGcc > 1:1800149/1‑148 (MQ=255)
tACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCa > 1:2027724/1‑148 (MQ=255)
acacTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAg > 2:3434516/1‑148 (MQ=255)
cTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGatt > 1:3397350/1‑148 (MQ=255)
ggATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGattat > 1:301823/1‑148 (MQ=255)
aTCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTAttt > 2:2818937/1‑148 (MQ=255)
aTACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAg > 2:2797919/1‑148 (MQ=255)
aTACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAg > 2:1013283/1‑148 (MQ=255)
tACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAgg > 1:209338/1‑148 (MQ=255)
aCTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGga > 1:2718810/1‑148 (MQ=255)
cTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaa < 2:95790/148‑1 (MQ=255)
ttAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaag < 1:1550882/148‑1 (MQ=255)
ttAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaag > 2:1412608/1‑148 (MQ=255)
ttAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaag < 1:1814646/148‑1 (MQ=255)
tAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaaga < 1:2331656/148‑1 (MQ=255)
aGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATaaa < 2:1117835/148‑1 (MQ=255)
gAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAcc > 2:2391057/1‑148 (MQ=255)
gAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAcc < 1:2501619/148‑1 (MQ=255)
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TATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAA > SRR19973066.3174294/1‑150 (MQ=60)
ATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAAT < SRR19973066.674640/150‑1 (MQ=60)
TATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCTCATATCTCAAAATT > SRR19973066.2410538/1‑150 (MQ=60)
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ATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCAAAAATCTCAAAATTC > SRR19973066.1777175/1‑150 (MQ=60)
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TTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATTATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTT < SRR19973066.2598278/150‑1 (MQ=60)
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|
GAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGA > CP009273/2985740‑2986032
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
