Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,641,167 |
A→T |
12.8% |
intergenic (+173/+264) |
flxA → / ← intK |
Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,641,167 | 0 | A | T | 12.8%
| 718.3
/ 77.0
| 248 | intergenic (+173/+264) | flxA/intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (142/74); new base T (14/18); total (156/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGCG > CP009273/1641020‑1641314
|
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cGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCa > 2:365028/1‑148 (MQ=255)
gggCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCaa < 2:1233253/148‑1 (MQ=255)
gggCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCaa < 1:1314648/148‑1 (MQ=255)
gCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTAtt > 2:2727053/1‑148 (MQ=255)
ccACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTa < 1:2819340/148‑1 (MQ=255)
tttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAAt < 1:1543530/148‑1 (MQ=255)
gCCATCAGCATTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCAGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCACAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCa < 2:3164362/148‑1 (MQ=255)
aTCAGACTTTTCTTTAAAGACATTTTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTATCTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACt < 1:1045531/148‑1 (MQ=255)
catccTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAt < 2:2222147/145‑1 (MQ=255)
cAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAt < 2:726610/148‑1 (MQ=255)
aGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAtt < 2:1577724/148‑1 (MQ=255)
gCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAttt < 2:2547085/148‑1 (MQ=255)
gCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACAGTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAttt < 2:2544937/148‑1 (MQ=255)
ccTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTc < 1:386237/148‑1 (MQ=255)
cTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCACTTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCt > 2:1053240/1‑148 (MQ=255)
cTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCt < 2:1935088/148‑1 (MQ=255)
cTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCt < 1:1761676/148‑1 (MQ=255)
cTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCt > 2:561070/1‑148 (MQ=255)
ttttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTg < 1:3122267/148‑1 (MQ=255)
ttttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTg > 2:901442/1‑148 (MQ=255)
tCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAg > 2:1918957/1‑148 (MQ=255)
ttAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCa > 2:3265407/1‑148 (MQ=255)
aaaGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACt < 1:1446927/148‑1 (MQ=255)
aGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACttt > 2:2021096/1‑148 (MQ=255)
atatTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtgtg < 2:3360588/148‑1 (MQ=255)
atatTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtgtg > 1:1201670/1‑148 (MQ=255)
atatTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtgtg > 2:513503/1‑148 (MQ=255)
tattatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTgg > 2:150967/1‑148 (MQ=255)
tattatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTgg > 1:357035/1‑148 (MQ=255)
tatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGa > 2:1556557/1‑148 (MQ=255)
tCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACa > 2:3445736/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAg > 2:1699120/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAg > 2:3458872/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAg > 2:1324568/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAg < 1:2367119/148‑1 (MQ=255)
tttGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGt < 2:2676537/148‑1 (MQ=255)
ttGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTc < 2:3502315/148‑1 (MQ=255)
tATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCcac > 2:215296/1‑148 (MQ=255)
tATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCcac > 2:1240653/1‑148 (MQ=255)
aTCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCcaca > 1:1521034/1‑148 (MQ=255)
tttCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAAc > 1:1176957/1‑148 (MQ=255)
tCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTg > 2:2117790/1‑148 (MQ=255)
tCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACACATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTg > 2:177826/1‑148 (MQ=255)
aTAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCaa > 1:1894607/1‑148 (MQ=255)
tAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAAc < 1:1981589/148‑1 (MQ=255)
aGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACt > 2:620019/1‑148 (MQ=255)
aTTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGctt < 1:3458953/148‑1 (MQ=255)
aTTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGctt < 1:800967/148‑1 (MQ=255)
aTTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGctt < 1:1699120/148‑1 (MQ=255)
ttACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGcttc < 1:574025/148‑1 (MQ=255)
tACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACCAAACTGCCAACTTCCGcttct > 2:2500457/1‑148 (MQ=255)
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aGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGct < 1:441182/148‑1 (MQ=255)
atatAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctct > 2:3223755/1‑148 (MQ=255)
atatAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctct > 2:1879569/1‑148 (MQ=255)
atatAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctct > 2:893502/1‑148 (MQ=255)
taAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAAGTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAg < 2:767009/148‑1 (MQ=255)
gTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCgg > 2:1590823/1‑148 (MQ=255)
aaTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc > 1:2872420/1‑148 (MQ=255)
tGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACAt > 1:1215034/1‑148 (MQ=255)
ggACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACAtt > 1:1013394/1‑148 (MQ=255)
gACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTa > 1:962504/1‑148 (MQ=255)
gACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTa > 1:1931467/1‑148 (MQ=255)
aCGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAg > 1:3370094/1‑148 (MQ=255)
aCGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAg < 1:3216529/148‑1 (MQ=255)
cGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGc > 1:1468619/1‑148 (MQ=255)
cGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGc > 1:206071/1‑148 (MQ=255)
cACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCAt < 1:1102198/148‑1 (MQ=255)
aCTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATa > 1:2681374/1‑148 (MQ=255)
ccAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCt > 1:2286877/1‑148 (MQ=255)
cAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTa < 2:111550/148‑1 (MQ=255)
cAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTa < 1:3081387/148‑1 (MQ=255)
aaTTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTAt > 1:1828682/1‑148 (MQ=255)
aTTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTAtt > 1:1816900/1‑148 (MQ=255)
tAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTa < 1:661689/148‑1 (MQ=255)
gTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTCTTTAcc > 2:2960685/1‑148 (MQ=255)
gTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTAcc > 2:1342730/1‑148 (MQ=255)
tAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGc > 1:3049453/1‑148 (MQ=255)
tAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGc > 1:3047707/1‑148 (MQ=255)
aaTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCt > 2:11641/1‑148 (MQ=255)
aaTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCt > 2:340403/1‑148 (MQ=255)
aTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTc < 1:1140173/148‑1 (MQ=255)
ccACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTa > 2:3105584/1‑148 (MQ=255)
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ccACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTa > 2:3106363/1‑148 (MQ=255)
ccACGAGATTAACACACAACCAATGATCAAATATCAATAGCAACAATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGTGACAGTACACAAAACTCCAAACATCAGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTCTATAACATAACGACtaaatc > 2:2883700/1‑143 (MQ=255)
cACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGGTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTTCCATAACGCCTCATTAc > 1:926015/1‑148 (MQ=255)
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aCGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTAcg < 1:2171047/148‑1 (MQ=255)
cGAGTTTAACTGACAACCCATGATTAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTAcgc > 1:1396101/1‑148 (MQ=255)
gTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCa > 1:2238682/1‑148 (MQ=255)
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aCTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGcc > 2:3033191/1‑148 (MQ=255)
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cccATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAgactga < 2:349114/148‑1 (MQ=255)
cATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATGTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAgactgact > 1:3338353/1‑148 (MQ=255)
cAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgcgc > 1:2342361/1‑148 (MQ=255)
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CGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGCG > CP009273/1641020‑1641314
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
