Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,641,167 |
A→T |
48.1% |
intergenic (+173/+264) |
flxA → / ← intK |
Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,641,167 | 0 | A | T | 48.1%
| 26.5
/ inf
| 264 | intergenic (+173/+264) | flxA/intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/61); new base T (73/54); total (149/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGC > CP009273/1641022‑1641313
|
gCCACTTTTCGCCATCAGCCATTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAAtt < 2:441591/148‑1 (MQ=255)
cTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGa < 2:1725197/148‑1 (MQ=255)
tttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAAt < 1:2490900/148‑1 (MQ=255)
tttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAAt > 1:1646790/1‑148 (MQ=255)
ttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAAtt > 2:1392604/1‑148 (MQ=255)
tCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTg < 2:3358646/148‑1 (MQ=255)
tCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTg < 2:2702316/148‑1 (MQ=255)
tCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTg < 1:327088/148‑1 (MQ=255)
cGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGc < 2:787920/148‑1 (MQ=255)
ccATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCaa < 2:752415/148‑1 (MQ=255)
ccATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTAACATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCaa < 2:2777560/148‑1 (MQ=255)
cATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAAc > 2:1940572/1‑148 (MQ=255)
aTCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACt > 2:2129152/1‑148 (MQ=255)
tCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTa > 2:3503417/1‑148 (MQ=255)
tCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTa > 1:1242672/1‑148 (MQ=255)
gCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTAttt > 1:2018661/1‑148 (MQ=255)
tttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGt < 1:3119136/148‑1 (MQ=255)
tttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGt > 1:1946577/1‑148 (MQ=255)
ttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTa > 1:2413216/1‑148 (MQ=255)
tacTTTAAAGACATATTATCTTAGTATCATTTCTGATAGTTAACATTAAAATATATAAGTAATGGACTCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGATTTTAACTGACAACCAATGATCTATTATGAATTTCAACTATATCTTTa > 1:624008/3‑148 (MQ=255)
ttAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCa > 1:2916057/1‑148 (MQ=255)
ttAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCa > 1:74690/1‑148 (MQ=255)
aaaGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACt > 2:1038714/1‑148 (MQ=255)
aaGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACtt > 1:3470403/1‑148 (MQ=255)
aGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACttt > 2:2028516/1‑148 (MQ=255)
aGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACttt > 2:2140408/1‑148 (MQ=255)
aCATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtg > 1:1499072/1‑148 (MQ=255)
atatTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtgtg < 2:391956/148‑1 (MQ=255)
tattatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTgg < 2:3288747/148‑1 (MQ=255)
attatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTggg > 2:381846/1‑148 (MQ=255)
tatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGa > 2:870647/1‑148 (MQ=255)
atCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGAc > 2:150469/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAg > 1:1818936/1‑148 (MQ=255)
ttGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTc > 2:1208932/1‑148 (MQ=255)
gTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCca > 2:664728/1‑148 (MQ=255)
tCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaa > 2:980214/1‑148 (MQ=255)
tCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaa > 1:1361645/1‑148 (MQ=255)
aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 1:2623758/148‑1 (MQ=255)
aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 2:1808183/148‑1 (MQ=255)
aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 2:604722/148‑1 (MQ=255)
aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 2:2640436/148‑1 (MQ=255)
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aTAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGTACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCaa < 2:3178857/148‑1 (MQ=255)
tAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAAc > 2:3119766/1‑148 (MQ=255)
gTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACtt > 1:1654510/1‑148 (MQ=255)
gTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACtt > 1:1572222/1‑148 (MQ=255)
ttAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTTAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTc < 1:3289747/148‑1 (MQ=255)
ttAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTc > 1:1512514/1‑148 (MQ=255)
aaCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCg < 2:1897445/148‑1 (MQ=255)
aCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGc < 1:1009010/148‑1 (MQ=255)
aCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAAAAAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGc > 2:1684142/1‑148 (MQ=255)
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cAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTg > 1:1397209/1‑148 (MQ=255)
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gATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACTAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctc < 1:1310846/148‑1 (MQ=255)
gATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctc < 1:2643368/148‑1 (MQ=255)
ataAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCCATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTa < 1:1733183/148‑1 (MQ=255)
aaGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGc < 1:2178498/148‑1 (MQ=255)
aaGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGc > 2:114190/1‑148 (MQ=255)
aaGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGc > 2:2290142/1‑148 (MQ=255)
aGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCg > 2:1220658/1‑148 (MQ=255)
aaTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc > 1:2667891/1‑148 (MQ=255)
aTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACa < 1:425894/148‑1 (MQ=255)
aTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACa < 1:1388217/148‑1 (MQ=255)
gACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTACCGCTGCTTGCTCTTAGCGGACATTa > 1:1251126/1‑148 (MQ=255)
aCGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAg > 1:2906378/1‑148 (MQ=255)
tCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGACTTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAgg > 1:2855368/1‑148 (MQ=255)
ccAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCt < 1:1998940/148‑1 (MQ=255)
ccAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCt > 2:239940/1‑148 (MQ=255)
cAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTa > 2:899386/1‑148 (MQ=255)
aTTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTAtt > 1:282432/1‑148 (MQ=255)
ttAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTAttt > 2:2057606/1‑148 (MQ=255)
gTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTAcc < 2:2900623/148‑1 (MQ=255)
tCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCa > 1:1857391/1‑148 (MQ=255)
aTTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATaa > 2:3045867/1‑148 (MQ=255)
tttAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAAc > 2:2917275/1‑148 (MQ=255)
ttAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACg < 2:1556482/148‑1 (MQ=255)
tAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGc < 1:2078387/148‑1 (MQ=255)
aTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTc < 1:1154357/148‑1 (MQ=255)
aTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTc > 1:81801/1‑148 (MQ=255)
tCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCa > 1:3513029/1‑148 (MQ=255)
gCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCAtt < 1:2201071/148‑1 (MQ=255)
ccACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTa < 1:3503417/148‑1 (MQ=255)
cGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTAcgc > 2:1119689/1‑148 (MQ=255)
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tttAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCAc > 2:486784/1‑148 (MQ=255)
aCTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGcc < 2:322486/148‑1 (MQ=255)
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tGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCa > 2:829294/1‑148 (MQ=255)
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aTCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgc < 1:1004204/148‑1 (MQ=255)
tCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgcg > 1:1054498/1‑148 (MQ=255)
cAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgcgc > 2:2752627/1‑148 (MQ=255)
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GGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGC > CP009273/1641022‑1641313
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
