Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,513,424 |
A→T |
100% |
V213V (GTT→GTA) |
hofQ ← |
DNA catabolic putative fimbrial transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,513,424 | 0 | A | T | 95.4%
| 545.5
/ 12.8
| 174 | V213V (GTT→GTA) | hofQ | DNA catabolic putative fimbrial transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/3); new base T (91/75); total (96/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCG > CP009273/3513279‑3513568
|
tGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTAc > 1:1881615/1‑148 (MQ=255)
tGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGATCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATTCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACATGCCCTAc > 1:1881655/1‑148 (MQ=255)
gCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGc > 1:1607568/1‑148 (MQ=255)
cGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGcc > 1:553881/1‑148 (MQ=255)
ataataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccac > 2:1435154/1‑148 (MQ=255)
ataataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccac > 2:1102715/1‑148 (MQ=255)
ataataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccac > 1:2742119/1‑148 (MQ=255)
taataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccacc > 1:1591202/1‑148 (MQ=255)
atatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAg < 2:55959/148‑1 (MQ=255)
tatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCCCCAGc > 2:916192/1‑148 (MQ=255)
tatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGc > 1:1007611/1‑148 (MQ=255)
tatCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGc < 1:2640978/148‑1 (MQ=255)
atCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCg > 1:671909/1‑148 (MQ=255)
aGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGtt > 2:3306355/1‑148 (MQ=255)
aGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGtt > 2:3306634/1‑148 (MQ=255)
gctgctGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTg < 1:3377979/148‑1 (MQ=255)
gctgctGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTg > 1:2617745/1‑148 (MQ=255)
ctgctgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTgc > 1:922894/1‑148 (MQ=255)
tgctgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTgcg > 2:1575980/1‑148 (MQ=255)
ctgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCa > 1:48117/1‑148 (MQ=255)
tgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCAt > 1:1220278/1‑148 (MQ=255)
tgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCAt > 1:1904411/1‑148 (MQ=255)
ttttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCgg > 1:834696/1‑148 (MQ=255)
tttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGc < 2:307354/148‑1 (MQ=255)
ttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGcc > 2:452701/1‑148 (MQ=255)
ttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGcc < 2:1279092/148‑1 (MQ=255)
gTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAg > 1:1944884/1‑148 (MQ=255)
gTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAg < 2:1474593/148‑1 (MQ=255)
cGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGt < 1:151941/148‑1 (MQ=255)
aGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTcc > 1:1091062/1‑148 (MQ=255)
aGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTcc > 1:310884/1‑148 (MQ=255)
cgcgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCACTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAt < 1:3408019/148‑1 (MQ=255)
cgcgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAt < 2:1091062/148‑1 (MQ=255)
cgcgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAt < 2:799556/148‑1 (MQ=255)
cgcgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAt < 1:3408022/148‑1 (MQ=255)
gAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCa < 1:1749852/148‑1 (MQ=255)
gAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCa < 2:563941/148‑1 (MQ=255)
aaaGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCAc > 2:846331/1‑148 (MQ=255)
aGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGc < 2:898307/148‑1 (MQ=255)
cAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTaa < 2:634518/148‑1 (MQ=255)
cAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTaa > 1:2104475/1‑148 (MQ=255)
aTCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCa < 2:2965388/148‑1 (MQ=255)
ccAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACg < 1:3146513/148‑1 (MQ=255)
cAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGc > 2:2251464/1‑148 (MQ=255)
gCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCaa > 2:3242375/1‑148 (MQ=255)
cAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCaaa > 2:225553/1‑148 (MQ=255)
aGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACt < 2:671909/148‑1 (MQ=255)
aGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACt < 1:1748919/148‑1 (MQ=255)
aGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACt < 2:2264540/148‑1 (MQ=255)
tCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACttttt < 1:819492/148‑1 (MQ=255)
tCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACttttt < 1:2111566/148‑1 (MQ=255)
ttGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCAt < 1:2924883/148‑1 (MQ=255)
gATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTa < 2:2002906/148‑1 (MQ=255)
aTGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa > 1:2524224/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa > 1:464879/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa < 1:3546843/148‑1 (MQ=255)
aTGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa < 1:3478451/148‑1 (MQ=255)
aTGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa > 1:2524270/1‑148 (MQ=255)
tGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAAt < 2:322575/148‑1 (MQ=255)
tGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAAt > 2:1301788/1‑148 (MQ=255)
tGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAAt < 2:2115115/148‑1 (MQ=255)
cgcCAAATGTTAAAACAGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATgg < 2:3414337/148‑1 (MQ=255)
cccAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTg > 1:109019/1‑148 (MQ=255)
aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACa > 2:2810469/1‑148 (MQ=255)
aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACa < 1:1014049/148‑1 (MQ=255)
aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACa < 1:1171184/148‑1 (MQ=255)
tGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAat > 1:1138014/1‑148 (MQ=255)
tGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAat < 1:2339415/148‑1 (MQ=255)
tGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAat < 1:553157/148‑1 (MQ=255)
tGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAat < 2:2609056/148‑1 (MQ=255)
gTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAata < 2:2104475/148‑1 (MQ=255)
ttAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAatat < 1:910480/148‑1 (MQ=255)
aaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc > 1:1077081/1‑148 (MQ=255)
aaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc > 1:1364638/1‑148 (MQ=255)
aaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc < 1:1575980/148‑1 (MQ=255)
aaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcgc > 2:3105341/1‑148 (MQ=255)
cATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAg < 1:996809/148‑1 (MQ=255)
aTGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGc > 1:1163716/1‑148 (MQ=255)
cGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGc < 2:1649403/148‑1 (MQ=255)
cGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCg < 2:1591202/148‑1 (MQ=255)
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tACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGc < 2:2742119/148‑1 (MQ=255)
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AATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAAT < SRR19973067.1178950/150‑1 (MQ=60)
AATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAAT > SRR19973067.1145671/1‑150 (MQ=60)
AATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAAT < SRR19973067.1021010/150‑1 (MQ=60)
ATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATA > SRR19973067.2393635/1‑150 (MQ=60)
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TTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGC < SRR19973067.916528/150‑1 (MQ=60)
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AAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGC > SRR19973067.1373960/1‑150 (MQ=60)
AACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCG < SRR19973067.1586770/150‑1 (MQ=60)
AACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCG < SRR19973067.1587880/150‑1 (MQ=60)
ACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGC > SRR19973067.1171457/1‑150 (MQ=60)
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CGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCCAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCC > SRR19973067.2718869/1‑150 (MQ=60)
CGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCC > SRR19973067.930573/1‑150 (MQ=60)
GTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACC > SRR19973067.3118820/1‑150 (MQ=60)
TACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAG < SRR19973067.1372544/150‑1 (MQ=60)
TACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAG > SRR19973067.1041145/1‑150 (MQ=60)
GAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCC > SRR19973067.702580/1‑150 (MQ=60)
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AGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCAC > SRR19973067.468254/1‑150 (MQ=60)
TGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTT < SRR19973067.2790067/150‑1 (MQ=60)
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GACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAG > SRR19973067.180448/1‑150 (MQ=60)
GACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCGACCCACTGTTCAAG > SRR19973067.178696/1‑150 (MQ=60)
TGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCG < SRR19973067.1078410/150‑1 (MQ=60)
TGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTGTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCATGCGCG > SRR19973067.2639428/1‑150 (MQ=60)
CCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCGCT > SRR19973067.1701159/1‑150 (MQ=60)
CCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCGCT > SRR19973067.1701167/1‑150 (MQ=60)
CCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCGCTT > SRR19973067.1960038/1‑150 (MQ=60)
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GGACTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCGCTT > CP009273/3513275‑3513571
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
