Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,543,190 |
C→A |
41.7% |
L80L (CTG→CTT) |
malQ ← |
4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,543,190 | 0 | C | A | 41.7%
| 176.1
/ 175.6
| 165 | L80L (CTG→CTT) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/51); new base A (38/31); total (83/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTCG > CP009273/3543043‑3543337
|
tttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTc > 2:3335101/1‑148 (MQ=255)
tttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTc > 2:3334982/1‑148 (MQ=255)
tCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTaag < 1:1367162/148‑1 (MQ=255)
gggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTcagcag > 2:2462936/1‑148 (MQ=255)
gggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTaagcag > 2:2966538/1‑148 (MQ=255)
tCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCtata > 2:422019/1‑148 (MQ=255)
tCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCtata < 1:163208/148‑1 (MQ=255)
tCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCtata > 1:900932/1‑148 (MQ=255)
tCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCtata > 2:3110109/1‑148 (MQ=255)
cACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTatat < 2:2437985/148‑1 (MQ=255)
cACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTatat < 1:1845223/148‑1 (MQ=255)
cACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGAAGCTTCGTCGGTAGAGTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTGGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGACAGCAGCACGCTatat > 2:380382/1‑148 (MQ=255)
cccGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTc > 2:1121670/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTg < 2:467978/148‑1 (MQ=255)
aTGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTg > 1:3217133/1‑148 (MQ=255)
cgcgcgcTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGccc < 2:1326691/148‑1 (MQ=255)
cgcgcgcTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGccc < 2:656569/148‑1 (MQ=255)
ggTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccac > 2:723402/1‑148 (MQ=255)
ggTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccac > 2:2505705/1‑148 (MQ=255)
gtcgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccacc > 1:547060/1‑148 (MQ=255)
cgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCAt < 2:2385792/148‑1 (MQ=255)
cgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCAt < 1:947723/148‑1 (MQ=255)
gtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATc > 2:1573997/1‑148 (MQ=255)
tGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCa < 1:811952/148‑1 (MQ=255)
gggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAt < 1:636126/148‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt < 2:680704/148‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt < 2:680149/148‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt < 2:1759744/148‑1 (MQ=255)
gTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttt < 1:2778280/148‑1 (MQ=255)
tGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttt < 2:1797936/148‑1 (MQ=255)
aGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttttt > 2:3149985/1‑148 (MQ=255)
aGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttttt < 1:3167262/148‑1 (MQ=255)
tgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTg > 1:3480520/1‑148 (MQ=255)
tgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTg > 1:1902813/1‑148 (MQ=255)
tgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCATCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTg > 2:1601811/1‑148 (MQ=255)
aGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGc < 1:148106/148‑1 (MQ=255)
cGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTg < 1:598687/148‑1 (MQ=255)
gtgtGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTgg > 1:2528264/1‑148 (MQ=255)
tgtgATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGt > 1:2887930/1‑148 (MQ=255)
tgtgATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGt < 2:796558/148‑1 (MQ=255)
gATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGtata > 1:1797928/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAAcc < 2:3040126/148‑1 (MQ=255)
aCCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAAcc > 2:2172318/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAAcc > 1:247041/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAAcc < 1:2490597/148‑1 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa < 2:1216374/148‑1 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa < 2:1216586/148‑1 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa < 2:2538271/148‑1 (MQ=255)
cTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCAt > 2:547629/1‑148 (MQ=255)
ggCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACAt < 1:2159688/148‑1 (MQ=255)
gCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACAtt > 2:2968854/1‑148 (MQ=255)
gCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACAtt > 2:1198117/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 2:1096121/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 2:2220440/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 2:1875466/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 2:1875456/1‑148 (MQ=255)
cTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCggg > 1:1869819/1‑148 (MQ=255)
tcgtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGAc > 2:1366209/1‑148 (MQ=255)
cgtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACt < 1:11356/148‑1 (MQ=255)
cgtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACt < 1:814984/148‑1 (MQ=255)
cgtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACt < 2:2141062/148‑1 (MQ=255)
cgtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACt < 2:306198/148‑1 (MQ=255)
tcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTgg < 1:3062692/148‑1 (MQ=255)
gTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGt > 2:1527717/1‑148 (MQ=255)
gTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGt < 2:547060/148‑1 (MQ=255)
aGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTa < 1:1258988/148‑1 (MQ=255)
gATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTGTTTGCCGCTGGGATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTAc > 2:1983762/1‑148 (MQ=255)
aTTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTAcc > 1:17460/1‑148 (MQ=255)
aTTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTAcc > 1:17409/1‑148 (MQ=255)
ttGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCAGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCg > 2:2270586/1‑148 (MQ=255)
gAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGcc > 2:2599095/1‑148 (MQ=255)
gAACGCTTAGCCCCCCGTTACATGGCCTTAGTACTGCGTACATTCTTCGGTGGAAACCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTACACCACCATAGGCATTTTTTTGCCGATGGTAAAAAACAAGACATTCGCGACTGTCGTTACCGca > 2:118819/1‑147 (MQ=255)
gCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACtt < 2:3473314/148‑1 (MQ=255)
gCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGATATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGATGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACtt < 2:1455617/148‑1 (MQ=255)
ccccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGttg > 1:839872/1‑146 (MQ=255)
ccccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTgg < 1:251655/148‑1 (MQ=255)
cccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGc > 1:3480643/1‑148 (MQ=255)
cGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTa < 2:2826132/148‑1 (MQ=255)
ttACATGGCCTTTGTACTGCTTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACg < 2:629311/148‑1 (MQ=255)
ttACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCCCTTTCGTGGCGGTACg > 1:1279070/1‑148 (MQ=255)
ttACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACg > 1:1279061/1‑148 (MQ=255)
ttACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTCGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACg > 2:2054813/1‑148 (MQ=255)
aCATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGtt > 2:2583806/1‑148 (MQ=255)
aTGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGa < 2:3217133/148‑1 (MQ=255)
tGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGAt > 1:1720080/1‑148 (MQ=255)
ggCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATg < 2:1038902/148‑1 (MQ=255)
cTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCAt > 2:815435/1‑148 (MQ=255)
gCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAg > 1:443939/1‑148 (MQ=255)
ttCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaa < 1:670826/148‑1 (MQ=255)
tCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaaa > 1:1150970/1‑148 (MQ=255)
ttcttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGGTGATGCCTCGCGGCAAGCAAACGc > 1:949473/1‑148 (MQ=255)
cttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCg > 1:1622405/1‑148 (MQ=255)
cttcGGGGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCg < 2:2068674/148‑1 (MQ=255)
tcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCCTGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGtt < 2:549940/148‑1 (MQ=255)
tcGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGtt > 2:2807115/1‑148 (MQ=255)
ggtggtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTg < 2:767428/148‑1 (MQ=255)
ggtggtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTg < 2:768167/148‑1 (MQ=255)
ggtggtAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTg < 1:1601811/148‑1 (MQ=255)
tggtAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGGTGATGCCTCGCGTCCAGCAAACGCCGTTTGGt > 1:2112165/1‑148 (MQ=255)
cagcagCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTCg > 2:1678671/1‑148 (MQ=255)
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TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTCG > CP009273/3543043‑3543337
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
