Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,543,190 |
C→A |
18.1% |
L80L (CTG→CTT) |
malQ ← |
4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,543,190 | 0 | C | A | 18.1%
| 601.3
/ 78.9
| 208 | L80L (CTG→CTT) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/83); new base A (19/19); total (106/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTCG > CP009273/3543043‑3543337
|
tttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTc < 2:1850621/148‑1 (MQ=255)
ttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTca > 2:420869/1‑148 (MQ=255)
ttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTG‑CCCCCGTTACCTGGCCGTTGTACTGCGTTCCGTCTTCGGTGGTcag > 2:1951471/1‑148 (MQ=255)
ggggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTaagca < 1:1394736/148‑1 (MQ=255)
gggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTcagcag < 1:2393783/148‑1 (MQ=255)
gggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTcagcag > 2:1774197/1‑148 (MQ=255)
ggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCagcagc < 2:1215467/148‑1 (MQ=255)
tCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCtata > 1:1261357/1‑148 (MQ=255)
cACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTatat < 1:3652377/148‑1 (MQ=255)
aCCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATAtt < 2:477320/148‑1 (MQ=255)
aCCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATAtt < 1:1704025/148‑1 (MQ=255)
cGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTcgc < 2:3018778/148‑1 (MQ=255)
gCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTcgccg < 1:1319860/148‑1 (MQ=255)
cAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTcgccgc > 2:325319/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTg > 1:2297143/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTg > 1:2576172/1‑148 (MQ=255)
aTGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTg < 1:1302146/148‑1 (MQ=255)
tGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGc < 1:3366932/148‑1 (MQ=255)
tGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGc > 2:2316941/1‑148 (MQ=255)
gcgcgcTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCt < 2:1377545/148‑1 (MQ=255)
gcTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccac < 1:1676586/148‑1 (MQ=255)
gcTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccac > 1:2508370/1‑148 (MQ=255)
tGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccacca > 2:3530298/1‑148 (MQ=255)
tGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccacca > 1:1272031/1‑148 (MQ=255)
tGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccacca > 2:1948471/1‑148 (MQ=255)
tGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCa > 2:1416779/1‑148 (MQ=255)
gggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAt > 1:2620058/1‑148 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt > 2:3657514/1‑148 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt < 2:728489/148‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt > 2:3660000/1‑148 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt > 1:510144/1‑148 (MQ=255)
tGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttt < 2:1167431/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt > 1:1915739/1‑148 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt < 1:2392625/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt < 1:750661/148‑1 (MQ=255)
aGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttttt < 2:3184618/148‑1 (MQ=255)
gtgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttttt > 1:1599803/1‑148 (MQ=255)
gtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGc < 1:1900950/148‑1 (MQ=255)
cAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCg < 2:2874641/148‑1 (MQ=255)
gCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCt < 2:3721314/148‑1 (MQ=255)
cGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCAGCGGCATTGTTTTGCCGCTg > 2:433067/1‑148 (MQ=255)
tgtgATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGt < 1:1009374/148‑1 (MQ=255)
tgtgATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGt > 1:1767294/1‑148 (MQ=255)
gtgATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGta > 2:2836793/1‑148 (MQ=255)
gATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGtata > 1:295658/1‑148 (MQ=255)
gATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGtata > 1:2109580/1‑148 (MQ=255)
gATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGtata > 1:1425658/1‑148 (MQ=255)
aTAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATaa > 1:1095357/1‑148 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa > 2:1896295/1‑148 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa > 2:3381418/1‑148 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa > 2:3368223/1‑148 (MQ=255)
ttCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATg > 1:2711452/1‑148 (MQ=255)
ttCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATg < 2:1272371/148‑1 (MQ=255)
ttCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATg < 2:1271992/148‑1 (MQ=255)
ttCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATg > 2:849059/1‑148 (MQ=255)
tCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGa > 2:3232033/1‑148 (MQ=255)
tCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGa < 1:1082832/148‑1 (MQ=255)
ccGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGAc < 2:3518815/148‑1 (MQ=255)
cGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACa < 1:2926033/148‑1 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc < 2:1090561/148‑1 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 1:3581302/1‑148 (MQ=255)
cTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCggg < 2:1908598/148‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGa < 2:1257394/148‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGa < 1:1093302/148‑1 (MQ=255)
tcgtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGAc > 1:3287811/1‑148 (MQ=255)
gtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTg < 1:2836793/148‑1 (MQ=255)
tcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTgg < 2:1789686/148‑1 (MQ=255)
gTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGt < 2:3242030/148‑1 (MQ=255)
gTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGt < 2:3492547/148‑1 (MQ=255)
aGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTa < 1:1709056/148‑1 (MQ=255)
ttGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCg < 1:382232/148‑1 (MQ=255)
ttGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCg < 1:2740666/148‑1 (MQ=255)
tGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGc < 2:792284/148‑1 (MQ=255)
cGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACt < 2:2112720/148‑1 (MQ=255)
cGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACt < 2:2297143/148‑1 (MQ=255)
cTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACCTTCGGGACTGGCGTTACCGCCACttt > 2:641233/1‑148 (MQ=255)
cTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACttt > 1:3414713/1‑148 (MQ=255)
ttGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCg < 1:228075/148‑1 (MQ=255)
ccccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTgg > 2:221350/1‑148 (MQ=255)
ccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCg < 1:306002/148‑1 (MQ=255)
cccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCgg > 1:741053/1‑148 (MQ=255)
ccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGt > 1:815902/1‑148 (MQ=255)
ccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGt > 1:1360850/1‑148 (MQ=255)
ttACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACg < 1:3563652/148‑1 (MQ=255)
tACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGt > 1:182404/1‑148 (MQ=255)
tACATGGCCTACGTACTGCGTTCCGTCTTCGGTTGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGt > 2:2522649/1‑148 (MQ=255)
gCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGc > 1:1179738/1‑148 (MQ=255)
tACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGt > 1:2186587/1‑148 (MQ=255)
gCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGGTGATGCATCGCGTCaac > 1:3222374/1‑147 (MQ=255)
ttCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaa > 2:2780054/1‑148 (MQ=255)
tgcctcctTCGGTGGTACGCAGCCAGCTATTTTCGCCGCTGCCCGCAACAACCATCGGAATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaa < 2:3093117/146‑1 (MQ=255)
tCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaaa < 1:3389669/148‑1 (MQ=255)
tCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaaa > 1:1229360/1‑148 (MQ=255)
tcttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGcc > 1:592812/1‑148 (MQ=255)
ttcGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGt < 2:1735925/148‑1 (MQ=255)
tcGGTGGTCAGCAGCCAGCGATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGtt < 2:943120/148‑1 (MQ=255)
gtggtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTgg > 2:1579486/1‑148 (MQ=255)
ggtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGtt < 1:379386/148‑1 (MQ=255)
gtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGttt < 2:2396573/148‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTc > 2:1080063/1‑148 (MQ=255)
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TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTCG > CP009273/3543043‑3543337
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
