Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,543,190 |
C→A |
18.3% |
L80L (CTG→CTT) |
malQ ← |
4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,543,190 | 0 | C | A | 18.3%
| 525.2
/ 70.1
| 184 | L80L (CTG→CTT) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/79); new base A (20/14); total (91/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTT > CP009273/3543043‑3543335
|
ttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTca > 1:77407/1‑148 (MQ=255)
tCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTaag < 1:3476740/148‑1 (MQ=255)
gggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTcagcag > 2:3368743/1‑148 (MQ=255)
gCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGcagcc < 1:1643583/148‑1 (MQ=255)
cGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGcagcca > 1:914900/1‑148 (MQ=255)
aCAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGcagccagc > 2:2992984/1‑148 (MQ=255)
aTCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCtat > 1:2478277/1‑148 (MQ=255)
aCCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATAtt < 2:2423143/148‑1 (MQ=255)
gCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTcgccg > 2:369134/1‑148 (MQ=255)
cAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTcgccgc > 2:188924/1‑148 (MQ=255)
cTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTCTATTCGCCGCTGCCCTccacc > 2:573233/1‑148 (MQ=255)
gtcgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccacc > 1:2951856/1‑148 (MQ=255)
tcgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccacca < 2:1468269/148‑1 (MQ=255)
cgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCAt > 2:346751/1‑148 (MQ=255)
cgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCAt < 1:3332178/148‑1 (MQ=255)
tcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCg > 1:3399034/1‑148 (MQ=255)
ccTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCgg > 1:2595043/1‑148 (MQ=255)
ccTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCgg > 2:479036/1‑148 (MQ=255)
ccTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCgg > 2:478695/1‑148 (MQ=255)
cTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGc < 1:1411704/148‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtt > 1:2620384/1‑148 (MQ=255)
tGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttt < 2:399835/148‑1 (MQ=255)
tGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttt < 1:2977034/148‑1 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt > 1:984865/1‑148 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt > 1:1616411/1‑148 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt > 1:3381277/1‑148 (MQ=255)
gAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttt < 2:3192309/148‑1 (MQ=255)
aGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAtttttt < 1:585543/148‑1 (MQ=255)
gtgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttttt < 2:1311136/148‑1 (MQ=255)
gtgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCAttttttt < 2:3086188/148‑1 (MQ=255)
tgtCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTg > 2:2086474/1‑148 (MQ=255)
cAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCg > 2:2228154/1‑148 (MQ=255)
gCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCt > 2:1087674/1‑148 (MQ=255)
gCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCt > 1:3196976/1‑148 (MQ=255)
gCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCt > 1:3196977/1‑148 (MQ=255)
gtgtGATAACCTTCCGGCAGCGTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTgg < 1:3135176/148‑1 (MQ=255)
tgtgATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGt > 2:2258821/1‑148 (MQ=255)
gATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGtata < 2:1740296/148‑1 (MQ=255)
tAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATaaa > 2:1040620/1‑148 (MQ=255)
ccTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa < 2:1297007/148‑1 (MQ=255)
cTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCAt < 1:2906500/148‑1 (MQ=255)
tCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCTGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAAcccaga > 1:23649/1‑144 (MQ=255)
ccGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGAc > 2:2153799/1‑148 (MQ=255)
cGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACa < 2:2537929/148‑1 (MQ=255)
ggaaGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACAt > 2:2345156/4‑148 (MQ=255)
ggCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACAt > 2:2032024/1‑148 (MQ=255)
gCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACAtt > 2:1652391/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCa < 1:59989/140‑1 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 1:2846507/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTc > 1:2846022/1‑148 (MQ=255)
aGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCg < 1:348283/148‑1 (MQ=255)
aGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTGTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCg < 1:3298736/148‑1 (MQ=255)
gCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCgg > 1:1034813/1‑148 (MQ=255)
gCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCgg > 2:191644/1‑148 (MQ=255)
gCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCgg < 2:171911/148‑1 (MQ=255)
cTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTTCTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCggg > 1:3498817/1‑148 (MQ=255)
cTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCggg < 2:2368618/148‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGa < 2:3079045/148‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGa < 2:2019328/148‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATAGTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGa < 2:1673463/148‑1 (MQ=255)
cgtagGTAGTTTGAACGCTTTGCCCCCCTTTACATGGCCTTGGTTCTGCGTTCCTTCGTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACt < 1:3425927/148‑1 (MQ=255)
gtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTg < 2:2358537/148‑1 (MQ=255)
gtcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTg < 1:832617/148‑1 (MQ=255)
tcgGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTgg < 1:150475/148‑1 (MQ=255)
gTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGt < 2:909792/148‑1 (MQ=255)
gTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGt < 2:2692643/148‑1 (MQ=255)
aTTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTAcc > 1:269092/1‑148 (MQ=255)
ttGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTACTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCg < 1:1073123/148‑1 (MQ=255)
ttGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCg < 1:389815/148‑1 (MQ=255)
tGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGt < 2:3381393/148‑1 (MQ=255)
gCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTg > 2:2938051/1‑148 (MQ=255)
ccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCg < 1:1928870/148‑1 (MQ=255)
ccccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCg < 1:217351/148‑1 (MQ=255)
ccGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGt > 2:2816872/1‑148 (MQ=255)
cGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTa > 1:3429805/1‑148 (MQ=255)
ttACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACg < 2:589454/148‑1 (MQ=255)
aTGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGa > 1:2532220/1‑148 (MQ=255)
ggCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATg > 2:745236/1‑148 (MQ=255)
tACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGt < 2:499861/148‑1 (MQ=255)
tACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGt < 2:684668/148‑1 (MQ=255)
aCTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATTCATCGCGTc > 2:929854/1‑148 (MQ=255)
cTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCa < 2:1636615/148‑1 (MQ=255)
cTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCa < 1:490182/148‑1 (MQ=255)
ttCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACATACGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCaa > 1:2666864/1‑148 (MQ=255)
ccTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGTCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAAc > 2:1567632/1‑148 (MQ=255)
ttcttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCCCTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCACACGc > 1:3029271/1‑148 (MQ=255)
ttcttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGc < 2:596906/148‑1 (MQ=255)
ttcttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGc < 2:1693240/148‑1 (MQ=255)
cttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGGGTTACCGCCACTTTGGTGGCGGTAGGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCg < 1:2153799/148‑1 (MQ=255)
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ttcGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGt > 2:1992997/1‑148 (MQ=255)
tcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGtt > 2:1849747/1‑148 (MQ=255)
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tggtAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGt > 1:2645844/1‑148 (MQ=255)
gtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGttt < 1:1001721/148‑1 (MQ=255)
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TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTT > CP009273/3543043‑3543335
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
