Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
614,726 |
G→T |
100% |
A339A (GCG→GCT) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 614,726 | 0 | G | T | 98.0%
| 689.2
/ 3.4
| 229 | A339A (GCG→GCT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/0); new base T (90/133); total (96/133) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGT > CP009273/614581‑614870
|
ttGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTat < 1:287795/148‑1 (MQ=255)
gCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTatta < 1:3410332/148‑1 (MQ=255)
aaCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgt < 2:3325460/148‑1 (MQ=255)
aaCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgt > 2:3378290/1‑148 (MQ=255)
aaCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATtgt > 1:2013450/1‑148 (MQ=255)
cTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGa < 1:2408332/148‑1 (MQ=255)
gAACGGTTAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATTTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATc < 1:3335083/148‑1 (MQ=255)
aaCGGTGATTTACGTAATCGGCTGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCTTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTTATcc < 1:3491319/148‑1 (MQ=255)
aaCGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACTCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATcc > 2:2881459/1‑148 (MQ=255)
aaCGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATcc > 2:317326/1‑148 (MQ=255)
aCGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCt > 1:2137152/1‑148 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCtt > 2:2027177/1‑148 (MQ=255)
gTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTc < 2:599492/148‑1 (MQ=255)
gAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCcg > 2:729636/1‑148 (MQ=255)
gAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCcg > 1:3550762/1‑148 (MQ=255)
ttACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGt < 2:1787260/148‑1 (MQ=255)
tACGTAATCGACAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGtt < 1:3514214/148‑1 (MQ=255)
aCGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTg < 2:3091154/148‑1 (MQ=255)
gTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGAt < 2:3489872/148‑1 (MQ=255)
gTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGAt < 1:1552112/148‑1 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcgg < 2:1246044/148‑1 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcgg > 1:516876/1‑148 (MQ=255)
tCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggc > 2:3057503/1‑148 (MQ=255)
cGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggcg < 1:1023634/148‑1 (MQ=255)
cGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggcg < 1:892512/148‑1 (MQ=255)
cGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggcg < 1:2807408/148‑1 (MQ=255)
gCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATAGGCggg > 1:1532855/1‑148 (MQ=255)
cAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGa > 2:456818/1‑148 (MQ=255)
gTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAtg < 2:833310/148‑1 (MQ=255)
aTCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTCTTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAtggt > 1:395756/1‑148 (MQ=255)
aTCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAtggt < 2:1675333/148‑1 (MQ=255)
tGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCt > 1:1952896/1‑148 (MQ=255)
gAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTtgtg < 2:1443651/148‑1 (MQ=255)
gCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtggt > 1:2750113/1‑148 (MQ=255)
aTTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGc < 2:2350451/148‑1 (MQ=255)
aTTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGc > 2:2160336/1‑148 (MQ=255)
ttAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCg > 1:551590/1‑148 (MQ=255)
ttAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCg > 2:2569220/1‑148 (MQ=255)
tAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt < 2:930576/148‑1 (MQ=255)
aaCAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCTGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg < 2:1262177/148‑1 (MQ=255)
aaCAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg < 1:2264185/148‑1 (MQ=255)
aaCAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg < 2:1135640/148‑1 (MQ=255)
aaCAAAAGCACATGACAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg < 1:1965917/148‑1 (MQ=255)
aCAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc < 2:2796629/148‑1 (MQ=255)
aCAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc < 2:1015356/148‑1 (MQ=255)
aaaaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTg > 1:671707/1‑148 (MQ=255)
aaaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 2:1595499/148‑1 (MQ=255)
aaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGtt > 1:463409/1‑148 (MQ=255)
aTGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa < 2:2920676/148‑1 (MQ=255)
tGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTAt < 1:1133191/148‑1 (MQ=255)
gTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcg > 1:138281/1‑143 (MQ=255)
gTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcg < 2:138281/143‑1 (MQ=255)
gTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATg < 1:3562977/148‑1 (MQ=255)
tCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc > 1:2189941/1‑148 (MQ=255)
aaCGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:3560532/148‑1 (MQ=255)
aCGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGAt < 1:74267/148‑1 (MQ=255)
gtgAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCAt > 1:426958/1‑148 (MQ=255)
gAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATcc < 1:2721749/148‑1 (MQ=255)
aTTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAg > 2:869403/1‑148 (MQ=255)
aTTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAg > 2:2655013/1‑148 (MQ=255)
aTTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAg > 1:3151056/1‑148 (MQ=255)
aCGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAAc < 1:607868/148‑1 (MQ=255)
tttAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATg > 1:2029460/1‑148 (MQ=255)
aaaTATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa < 1:2355498/148‑1 (MQ=255)
aaaTATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa < 2:625165/148‑1 (MQ=255)
aaaTATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa < 1:2937815/148‑1 (MQ=255)
tatCTGTGAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 2:1140997/148‑1 (MQ=255)
tatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 2:2070236/148‑1 (MQ=255)
tatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga > 1:1669623/1‑148 (MQ=255)
tatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga > 2:3253136/1‑148 (MQ=255)
tatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 2:269883/148‑1 (MQ=255)
tCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgatg > 1:1585077/1‑148 (MQ=255)
ttAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAg > 1:2621176/1‑148 (MQ=255)
tAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 2:3563237/1‑148 (MQ=255)
gCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCa > 1:846037/1‑148 (MQ=255)
cccGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCAc > 1:1733211/1‑148 (MQ=255)
gTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTa < 1:2569220/148‑1 (MQ=255)
gTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTa < 1:1425341/148‑1 (MQ=255)
cATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt < 2:2763111/148‑1 (MQ=255)
cATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt < 2:1282834/148‑1 (MQ=255)
cATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt > 2:1982194/1‑148 (MQ=255)
cATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt < 2:2750113/148‑1 (MQ=255)
ttGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt > 2:2815961/1‑148 (MQ=255)
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tGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTa < 2:3514650/148‑1 (MQ=255)
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GACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAG > CP009273/614577‑614875
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
