Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
614,726 |
G→T |
100% |
A339A (GCG→GCT) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 614,726 | 0 | G | T | 99.6%
| 781.2
/ ‑4.4
| 250 | A339A (GCG→GCT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (129/119); total (131/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTC > CP009273/614580‑614871
|
gTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTat < 1:2510182/149‑1 (MQ=255)
gTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTat > 1:3329685/1‑149 (MQ=255)
ttGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTatt > 1:2600577/1‑149 (MQ=255)
ttGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTatt < 2:2166328/149‑1 (MQ=255)
ttGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTatt > 1:533655/1‑149 (MQ=255)
gAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgt > 2:1498063/1‑149 (MQ=255)
aaCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATtgtg > 2:279922/1‑149 (MQ=255)
aaCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGACCGTCATAGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTAGTATagtg > 2:115199/1‑149 (MQ=255)
aCTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGa > 2:2058276/1‑149 (MQ=255)
aCGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCtt > 1:3730344/1‑149 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCttt > 2:1464402/1‑149 (MQ=255)
ggTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTc < 2:3167490/149‑1 (MQ=255)
ggTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTc < 1:1350742/149‑1 (MQ=255)
aaTTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCcgcg > 2:1952279/1‑149 (MQ=255)
aTTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGt > 1:1962223/1‑149 (MQ=255)
ttACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGtt > 1:1765903/1‑149 (MQ=255)
ttACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGtt < 2:1890766/149‑1 (MQ=255)
tACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTg < 1:399243/149‑1 (MQ=255)
acttAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGa < 1:3283609/146‑1 (MQ=255)
cGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGAt < 2:1616782/149‑1 (MQ=255)
cGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGAt < 1:1204777/149‑1 (MQ=255)
gTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATc < 2:525031/149‑1 (MQ=255)
tAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcg < 2:2976634/149‑1 (MQ=255)
aaTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcgg > 2:1948125/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggc > 2:3984373/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggc > 1:266123/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggc > 2:2769263/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggc > 1:804244/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATcggc > 1:3643196/1‑149 (MQ=255)
gCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGa > 2:630741/1‑149 (MQ=255)
cAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAt > 1:2333770/1‑149 (MQ=255)
aGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAtg < 2:1957296/149‑1 (MQ=255)
tATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAtggt < 2:526554/149‑1 (MQ=255)
aTCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGAtggtg < 2:2600804/149‑1 (MQ=255)
cTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGc < 2:1399410/149‑1 (MQ=255)
tGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCtt > 2:2253054/1‑149 (MQ=255)
cAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGtggtgg < 1:459964/149‑1 (MQ=255)
aTTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCg > 1:1607404/1‑149 (MQ=255)
aaaaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt > 1:3606895/1‑149 (MQ=255)
aaaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGtt > 2:675119/1‑149 (MQ=255)
aaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTg > 1:375172/1‑149 (MQ=255)
aaGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTg > 1:2444568/1‑149 (MQ=255)
gCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTCTTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcg > 1:3897372/1‑149 (MQ=255)
gCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcg > 2:3479574/1‑149 (MQ=255)
cacaTGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc > 2:1846483/1‑149 (MQ=255)
tGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATg > 1:3637800/1‑149 (MQ=255)
tCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCg > 2:2334618/1‑149 (MQ=255)
tgtgAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCAt > 2:3427810/1‑149 (MQ=255)
gtgAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc > 2:1752006/1‑149 (MQ=255)
gtgAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc < 1:2681081/149‑1 (MQ=255)
aaTTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAg > 1:3126726/1‑149 (MQ=255)
aaTTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAg > 2:3802152/1‑149 (MQ=255)
ttACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGGCGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 2:2738954/149‑1 (MQ=255)
tACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAAc < 2:2565502/149‑1 (MQ=255)
aCGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACa < 1:3160108/149‑1 (MQ=255)
ccGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAAAAgta > 1:1884283/1‑147 (MQ=255)
cGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGAt < 2:1774360/149‑1 (MQ=255)
cGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGAt < 2:782873/149‑1 (MQ=255)
gTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATg > 2:926083/1‑149 (MQ=255)
ttAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGcc < 1:3792104/149‑1 (MQ=255)
tAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa < 2:1221484/149‑1 (MQ=255)
atatCAGTTAAGCCCGTCTTTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 2:578891/149‑1 (MQ=255)
atatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGGGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 1:2058276/149‑1 (MQ=255)
atatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 2:109126/149‑1 (MQ=255)
atatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatga < 2:2939/149‑1 (MQ=255)
tatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACTGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgat < 2:3131089/149‑1 (MQ=255)
tatCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgat > 2:589553/1‑149 (MQ=255)
atCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgatg > 1:104647/1‑149 (MQ=255)
atCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgatg > 2:3317988/1‑149 (MQ=255)
atCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgatg > 2:3158354/1‑149 (MQ=255)
ttAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 2:3608668/1‑149 (MQ=255)
tAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGAc > 1:1413383/1‑149 (MQ=255)
aGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCa < 1:237659/149‑1 (MQ=255)
gCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCAc < 2:2570210/149‑1 (MQ=255)
gCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCAc > 2:3686621/1‑149 (MQ=255)
ccGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACtt < 2:1732225/149‑1 (MQ=255)
cGTAATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTa < 1:351717/149‑1 (MQ=255)
tCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt > 1:2431172/1‑149 (MQ=255)
tCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt > 2:3456656/1‑149 (MQ=255)
ccATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt < 2:310442/148‑1 (MQ=255)
cATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt < 1:2847864/149‑1 (MQ=255)
cATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt < 1:1278913/149‑1 (MQ=255)
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GAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAG > SRR19973068.3145889/1‑150 (MQ=60)
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AAGACGGTCCGGGTAAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTG > SRR19973068.1439282/1‑150 (MQ=60)
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AAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGT < SRR19973068.918239/150‑1 (MQ=60)
AAGGCTATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGT > SRR19973068.2867697/1‑150 (MQ=60)
TATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAG > SRR19973068.1423986/1‑150 (MQ=60)
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GACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAGTGAAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAAGGTGCCGTTCGTCCGAG > CP009273/614577‑614875
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
