Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,643,336 |
C→A |
100% |
D771Y (GAC→TAC) |
yfhM ← |
bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,643,336 | 0 | C | A | 96.0%
| 522.4
/ 12.4
| 173 | D771Y (GAC→TAC) | yfhM | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/1); new base A (75/91); total (81/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCC > CP009273/2643191‑2643478
|
ttCCAGGTTTTATCGATCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGc < 1:2810990/148‑1 (MQ=255)
ttCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCCACTTAATGGTGTAGc > 2:1719975/1‑148 (MQ=255)
ttCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGc < 1:1540425/148‑1 (MQ=255)
cAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAg < 1:1084906/148‑1 (MQ=255)
cAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAg < 2:3165110/148‑1 (MQ=255)
ggTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAggg > 1:1627873/1‑148 (MQ=255)
tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGa < 1:3520210/148‑1 (MQ=255)
tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGa < 1:3520907/148‑1 (MQ=255)
tttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTCGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGATGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGa > 2:3226042/1‑148 (MQ=255)
tATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATa < 1:278497/148‑1 (MQ=255)
aTCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATaa < 1:1050921/148‑1 (MQ=255)
tCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAAc > 2:2721075/1‑148 (MQ=255)
tCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAAc < 1:2338658/148‑1 (MQ=255)
gACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTg < 2:842093/148‑1 (MQ=255)
aCCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCTACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTgg < 2:2203866/148‑1 (MQ=255)
aaTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTa > 2:1953312/1‑148 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 2:3224788/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 2:562783/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 1:3291221/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 1:2812071/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc > 2:933087/1‑148 (MQ=255)
gTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCa < 1:260737/148‑1 (MQ=255)
aGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGtt > 2:1028825/1‑148 (MQ=255)
aGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGtt < 2:3443585/148‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTc > 1:1462622/1‑148 (MQ=255)
tCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCa > 1:498792/1‑148 (MQ=255)
tCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCa > 1:1626325/1‑148 (MQ=255)
cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg > 2:2689784/1‑148 (MQ=255)
cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg < 1:1880518/148‑1 (MQ=255)
ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca > 2:1037031/1‑148 (MQ=255)
gAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACg < 1:935083/148‑1 (MQ=255)
gAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTGTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACg < 1:495468/148‑1 (MQ=255)
aGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTATCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACgg > 1:2989319/1‑148 (MQ=255)
gCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggt < 2:369621/148‑1 (MQ=255)
gCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggt < 1:668657/148‑1 (MQ=255)
cccGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtc < 1:1787444/148‑1 (MQ=255)
cccGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtc < 1:3548129/148‑1 (MQ=255)
aaCATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggt > 2:281392/1‑148 (MQ=255)
aaCATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggt > 1:2222507/1‑148 (MQ=255)
aaCATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggt < 1:2858601/148‑1 (MQ=255)
aaCATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggt < 2:1935143/148‑1 (MQ=255)
aCATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggtc > 1:2410426/1‑148 (MQ=255)
aTCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGc > 2:774461/1‑148 (MQ=255)
tCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCa > 1:2948020/1‑148 (MQ=255)
tCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCa < 1:1343620/148‑1 (MQ=255)
cAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCAc > 1:3093981/1‑148 (MQ=255)
cAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCAc > 1:2457004/1‑148 (MQ=255)
aaTCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTCATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACt < 1:3290855/148‑1 (MQ=255)
aTCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTg > 1:401834/1‑148 (MQ=255)
tctcTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgc > 2:2302355/1‑148 (MQ=255)
ctctTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgcg > 1:1958134/1‑148 (MQ=255)
ctctTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTGACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgcg < 2:524644/148‑1 (MQ=255)
ctTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgcc > 1:444592/1‑148 (MQ=255)
ttGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgccg < 2:683442/148‑1 (MQ=255)
ccaccaCAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTa < 2:2176585/148‑1 (MQ=255)
cacaGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGt > 1:1292234/1‑148 (MQ=255)
caGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCg > 1:361579/1‑148 (MQ=255)
cGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCtg > 2:1798333/1‑148 (MQ=255)
cGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCtg < 1:1005361/148‑1 (MQ=255)
ggCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCtgt < 1:1775655/148‑1 (MQ=255)
tCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCt > 2:2277959/1‑148 (MQ=255)
cTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGcc > 2:333118/1‑148 (MQ=255)
ggACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAg < 1:2148735/148‑1 (MQ=255)
gACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGc > 1:2556261/1‑148 (MQ=255)
cTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCta < 1:791884/148‑1 (MQ=255)
tCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCtat < 2:1507172/148‑1 (MQ=255)
gACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATag < 1:1987248/148‑1 (MQ=255)
aTCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGGTGTCCTGCCCGCTATagcccg > 2:3355597/1‑146 (MQ=255)
cGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATagccagcc > 2:211505/1‑148 (MQ=255)
gCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGccc < 2:2222507/148‑1 (MQ=255)
gCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGccc > 2:2783651/1‑148 (MQ=255)
cATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCa > 2:130058/1‑148 (MQ=255)
cATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCa < 2:261245/148‑1 (MQ=255)
cATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCa < 2:261607/148‑1 (MQ=255)
tAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGa > 2:1936030/1‑148 (MQ=255)
aaCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCATCCCAGac > 2:2165487/1‑147 (MQ=255)
ccTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAAc > 1:3119054/1‑148 (MQ=255)
tttACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGa < 1:2761290/148‑1 (MQ=255)
tttACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGa < 1:538150/148‑1 (MQ=255)
aCCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAaca < 2:1274736/148‑1 (MQ=255)
cccGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAacac < 2:3038282/148‑1 (MQ=255)
ccgccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGTTGTACTGCCCGCGATAGCCAGCCCAGAAACGAACact > 1:3334393/1‑148 (MQ=255)
cgccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACactc < 2:2965902/148‑2 (MQ=255)
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CGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTT < SRR19973066.1012770/150‑1 (MQ=60)
GGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTG < SRR19973066.1788356/150‑1 (MQ=60)
GGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTG < SRR19973066.1782412/150‑1 (MQ=60)
CCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCC < SRR19973066.704449/150‑1 (MQ=60)
CTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCT > SRR19973066.1002384/1‑150 (MQ=60)
TCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGC > SRR19973066.3347479/1‑150 (MQ=60)
ACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCA < SRR19973066.1830008/150‑1 (MQ=60)
TGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGC > SRR19973066.2573619/1‑150 (MQ=60)
GGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCT < SRR19973066.2163650/150‑1 (MQ=60)
CTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATA < SRR19973066.797704/150‑1 (MQ=60)
CTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATA < SRR19973066.2596784/150‑1 (MQ=60)
GACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCC < SRR19973066.2001256/150‑1 (MQ=60)
CCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAG < SRR19973066.484695/150‑1 (MQ=60)
AACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAAC > SRR19973066.3139881/1‑150 (MQ=60)
AACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAAC > SRR19973066.359927/1‑150 (MQ=60)
TTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAAC < SRR19973066.2780405/150‑1 (MQ=60)
TTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAAC < SRR19973066.542062/150‑1 (MQ=60)
TTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAAC < SRR19973066.2779884/150‑1 (MQ=60)
TTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCgggtgtgcggcccccgatatcccgccccgaaaacaaaa > SRR19973066.2731283/1‑112 (MQ=60)
ACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGTTGTACTGCCCGCGATAGCCAGCCCAGAAACGAACACT > SRR19973066.3356569/1‑150 (MQ=60)
CGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCCGCCCAGAAACGAACACTACTGAC > SRR19973066.2638545/1‑150 (MQ=60)
GGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGAACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATT < SRR19973066.749271/150‑1 (MQ=60)
GGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGAACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATT < SRR19973066.749298/150‑1 (MQ=60)
GGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGAACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATT < SRR19973066.748995/150‑1 (MQ=60)
ATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGTTGTCCTGCCAccgatatcccccccagaaacccacacaaaagaccgcctcaataggc > SRR19973066.336721/1‑104 (MQ=60)
ATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACAACAGACCGCTTCATTCGGCGC > SRR19973066.2307659/1‑150 (MQ=60)
ATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCGATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACAGACCGCTTCATTAGGCGC > SRR19973066.501945/1‑150 (MQ=60)
GCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACCCTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTT < SRR19973066.1105696/150‑1 (MQ=60)
TTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATATCCAGCCCAGAAACGAACACAAAAGACCGCTTCATTAGGCGCTTTGACT > SRR19973066.3178065/1‑150 (MQ=60)
TAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTT < SRR19973066.1910024/150‑1 (MQ=60)
GGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAG < SRR19973066.2617254/150‑1 (MQ=60)
TGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTGCTGCCACCGATATCCCGCCCAGAAACGAACACAACTGACCGCGTCATTCGGCGCgttggcgtgcagac > SRR19973066.1342539/1‑136 (MQ=60)
AGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCCGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTAATGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGAT > SRR19973066.1899801/1‑150 (MQ=60)
|
CGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCAGACGAT > CP009273/2643188‑2643485
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
