Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,643,336 |
C→A |
100% |
D771Y (GAC→TAC) |
yfhM ← |
bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,643,336 | 0 | C | A | 98.9%
| 595.3
/ ‑1.7
| 183 | D771Y (GAC→TAC) | yfhM | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM; anti‑host protease defense factor; periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (101/80); total (103/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTC > CP009273/2643191‑2643477
|
ccAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCa < 1:1897199/148‑1 (MQ=255)
ttATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGAt < 2:2650628/148‑1 (MQ=255)
tATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATa > 2:1766478/1‑148 (MQ=255)
tATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATa < 1:1806261/148‑1 (MQ=255)
tCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAAc > 1:45025/1‑148 (MQ=255)
gACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTg < 1:3416784/148‑1 (MQ=255)
ccGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGc > 1:2963994/1‑148 (MQ=255)
ccGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGc > 1:2964024/1‑148 (MQ=255)
cGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCt < 1:2046383/148‑1 (MQ=255)
gAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCttt < 1:3113148/148‑1 (MQ=255)
aaTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTa > 1:787494/1‑148 (MQ=255)
aaTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTa > 1:787872/1‑148 (MQ=255)
aTCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTAt > 1:1059982/1‑148 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc < 2:1485190/148‑1 (MQ=255)
tCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATc > 2:1640757/1‑148 (MQ=255)
gTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCa < 2:3330720/148‑1 (MQ=255)
tCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATAGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAg > 2:2955671/1‑148 (MQ=255)
tCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCa > 2:114405/1‑148 (MQ=255)
aGCCCTTGAGCCCGAACATCACTCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCg < 2:3410567/148‑1 (MQ=255)
aGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCCTCGCATAACCTTTACCCGCGGGTGGCGCGGCGATATGCGACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTGTCTCGAGTGTCAGCg > 2:2328104/1‑148 (MQ=255)
aGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCg < 2:948572/148‑1 (MQ=255)
gCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGt > 1:1227116/1‑148 (MQ=255)
gCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGt > 1:2271002/1‑148 (MQ=255)
gCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGACCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGt > 1:3373364/1‑148 (MQ=255)
cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg > 2:1276005/1‑148 (MQ=255)
cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg > 1:2655552/1‑148 (MQ=255)
cccTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTg > 2:222563/1‑148 (MQ=255)
cTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGac > 2:239114/1‑148 (MQ=255)
cTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGac > 2:239113/1‑148 (MQ=255)
cTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGac > 1:1592681/1‑148 (MQ=255)
cTTGAGCCCGAACATCAATCTCGTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGac < 1:2526265/148‑1 (MQ=255)
ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca < 1:3167663/148‑1 (MQ=255)
ttGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGaca > 1:3408966/1‑148 (MQ=255)
tGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGacac > 2:2873532/1‑148 (MQ=255)
aGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACgg < 1:2387687/148‑1 (MQ=255)
aGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACgg < 2:118149/148‑1 (MQ=255)
gCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggt < 2:3268912/148‑1 (MQ=255)
gCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggt > 1:813544/1‑148 (MQ=255)
gCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggt > 2:975121/1‑148 (MQ=255)
gAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTGACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcggg < 2:490065/148‑1 (MQ=255)
aaCATCAATCTCTTGCCACCACCGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACggtcgggt < 1:220268/148‑1 (MQ=255)
aTCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAAACTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGc > 2:982416/1‑148 (MQ=255)
tCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCa < 2:3188092/148‑1 (MQ=255)
cAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCGTAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCAc > 2:1833120/1‑148 (MQ=255)
cAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCAc > 2:1508071/1‑148 (MQ=255)
ctctTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgcg > 2:844819/1‑148 (MQ=255)
tctTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTgcgc > 2:632673/1‑148 (MQ=255)
tGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGGCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGcgccgc > 1:1814537/1‑148 (MQ=255)
accacAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTAcc > 1:2697696/1‑148 (MQ=255)
ccccaGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCg < 1:352298/145‑1 (MQ=255)
ccacAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCg < 1:2123197/148‑1 (MQ=255)
cacaGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGt > 2:388535/1‑148 (MQ=255)
caGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCg < 1:2986307/148‑1 (MQ=255)
caGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCg > 2:2476319/1‑148 (MQ=255)
aGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGc > 2:515671/1‑148 (MQ=255)
cTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATCTGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTc > 2:2552396/1‑148 (MQ=255)
cTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTc < 1:40761/148‑1 (MQ=255)
ttCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTcc > 2:643915/1‑148 (MQ=255)
ttCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTcc > 1:96911/1‑148 (MQ=255)
ttCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGTTGTcc > 1:1510893/1‑148 (MQ=255)
tCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACAGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTcca > 2:3015430/1‑147 (MQ=255)
gACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGc > 2:1949145/1‑148 (MQ=255)
aCTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCt < 2:1023644/148‑1 (MQ=255)
aCTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCt < 1:91802/148‑1 (MQ=255)
cTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCta < 1:242537/148‑1 (MQ=255)
cTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCta < 1:1022985/148‑1 (MQ=255)
cTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCta < 2:100760/148‑1 (MQ=255)
tCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCtat > 2:2674737/1‑148 (MQ=255)
tCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCtat > 1:2883673/1‑148 (MQ=255)
ccATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATagcc > 2:3258625/1‑148 (MQ=255)
ccATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATagcc < 1:1353987/148‑1 (MQ=255)
ccATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATagcc > 2:3258629/1‑148 (MQ=255)
aCCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGaaa < 2:1968946/148‑1 (MQ=255)
ccTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGGTGTGGTTCCAGCTATATCCCGCCCAGaaaa > 1:2156563/1‑147 (MQ=255)
tttACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGa < 2:1248301/148‑1 (MQ=255)
ttACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGaa > 1:528221/1‑148 (MQ=255)
ccgccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACact > 2:1753290/1‑148 (MQ=255)
cgccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACacta < 1:632673/148‑1 (MQ=255)
cgccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCGATATCCAGCCCCGAAACGAACacta > 1:2025048/1‑148 (MQ=255)
ccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACactact < 1:1660993/148‑1 (MQ=255)
ccgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGACAGGGCGTTAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACTGTCGGGTCGCACTGCGGCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACactact < 1:2113069/148‑1 (MQ=255)
cgTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTCTAGCCAGCCCAGAAACGAACCCTACTg > 2:316448/1‑148 (MQ=255)
gTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGNTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGa < 1:1784730/148‑1 (MQ=255)
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CCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAG < SRR19973065.1362956/150‑1 (MQ=60)
CCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAG < SRR19973065.2798457/150‑1 (MQ=60)
CATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTGCTGCCACCTATAGCCACC > SRR19973065.632947/1‑150 (MQ=60)
CATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCGATAGCCAGC > SRR19973065.502463/1‑150 (MQ=60)
AACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTttccagcccgctaaatcccgcccacaaac > SRR19973065.2170435/1‑121 (MQ=60)
AACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGGTGTGGTTCCAGCTATATCCCGCCCAGAAAA > SRR19973065.2170430/1‑150 (MQ=60)
AACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGGTGTCCTGCCCGCTATAtcccgcccacaaaa > SRR19973065.2170327/1‑136 (MQ=60)
CTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAA > SRR19973065.2308174/1‑150 (MQ=60)
CTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCGATAGCCAGCCCAGAAACGAA > SRR19973065.531684/1‑150 (MQ=60)
ACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCGGTTGTCCAGCCAGCGAAAGCCAGCCCAGAAACCAACACT > SRR19973065.3492106/1‑150 (MQ=60)
CCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCGATATCCAGCCCCGAAACGAACACTA > SRR19973065.2038064/1‑150 (MQ=60)
CGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACT < SRR19973065.636795/150‑1 (MQ=60)
CCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGA < SRR19973065.1672120/150‑1 (MQ=60)
CCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGA < SRR19973065.1672146/150‑1 (MQ=60)
CCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGACAGGGCGTTAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACTGTCGGGTCGCACTGCGGCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGA < SRR19973065.2126669/150‑1 (MQ=60)
GTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGNTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACC < SRR19973065.1796406/150‑1 (MQ=60)
GTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGTCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACC > SRR19973065.1269244/1‑150 (MQ=60)
TGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTAAAGACCGC > SRR19973065.286755/1‑150 (MQ=60)
GCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTT < SRR19973065.2408909/150‑1 (MQ=60)
GCGATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTC < SRR19973065.1180440/150‑1 (MQ=60)
GATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGG < SRR19973065.1303262/150‑1 (MQ=60)
GATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGG < SRR19973065.1303482/150‑1 (MQ=60)
ATATGCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACAACTGACCGCTTCATTCGGC > SRR19973065.3533903/1‑150 (MQ=60)
GCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTAATGACCGCTTCATTCGGCGCTT > SRR19973065.1478490/1‑150 (MQ=60)
GCAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAAAACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTT > SRR19973065.1478893/1‑150 (MQ=60)
CAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGTTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTT < SRR19973065.989375/150‑1 (MQ=60)
CAACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTT < SRR19973065.1966839/150‑1 (MQ=60)
AACTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCCGCCCAGAAACCAACACAACAGACCCCGTCATTAGGCGCGTTG > SRR19973065.158991/1‑150 (MQ=60)
CTTAATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGAC < SRR19973065.3194159/150‑1 (MQ=60)
AATGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTC < SRR19973065.2041834/150‑1 (MQ=60)
TGGTGTAGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCA < SRR19973065.1636865/150‑1 (MQ=60)
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ACGATTCCAGGTTTTATCGACCGGAATCGTCAGATCCAGCCCTTGAGCCCGAACATCAATCTCTTGCCACCACAGCGGCCCTTCACTGGACTCGACCATCGCATAACCTTTACCCGCCGTTGGCGCGGCGATATGCAACTTAATGGTGTCGCCAGGGCGATAACTGGCTTTATCCAGTTTCAGCGTGACACGGTCGGGTCGCACTGCGCCGCTACCGTCGCTGTTGTCCTGCCAGCTATAGCCAGCCCAGAAACGAACACTACTGACCGCTTCATTCGGCGCTTTGACTTCCA > CP009273/2643187‑2643479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
