Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,259,689 |
C→A |
20.4% |
intergenic (+188/‑35) |
yeiP → / → yeiQ |
elongation factor P‑like protein/putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,259,689 | 0 | C | A | 20.4%
| 589.6
/ 114.7
| 228 | intergenic (+188/‑35) | yeiP/yeiQ | elongation factor P‑like protein/putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/77); new base A (20/26); total (124/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.91e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CTTTTTTAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCTTTCACCGCGCT > CP009273/2259541‑2259837
|
ttttttAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAgt < 1:369649/150‑1 (MQ=255)
tttttAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCgtt > 2:2166467/1‑150 (MQ=255)
ttttAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCGTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCgttg < 1:3372415/150‑1 (MQ=255)
ttAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGGGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAgttgtt < 1:2321652/150‑1 (MQ=255)
ttAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCgttgtt > 2:933492/1‑150 (MQ=255)
ttAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAgttgtt < 1:3215726/150‑1 (MQ=255)
aTTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGttaat < 1:1689898/150‑1 (MQ=255)
tttATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGttaatt < 1:4325054/150‑1 (MQ=255)
tttATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGttaatt < 1:2139996/150‑1 (MQ=255)
tttATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGttaatt > 1:1809974/1‑150 (MQ=255)
tttATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGttaatt < 1:235800/150‑1 (MQ=255)
tagtataCCAATCTTCTATTTAGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATAAACAATCCAGACCAATTACAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGATGataattaa > 2:2660557/4‑150 (MQ=255)
attatACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTtaattaat < 2:1674152/150‑1 (MQ=255)
ataCCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGt < 2:3633257/150‑1 (MQ=255)
aCCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTa < 1:1567171/150‑1 (MQ=255)
ccAATCTTCTATTTTGCGCGTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTAc < 2:2545914/150‑1 (MQ=255)
ccAATCTTCTATTTTGCGCGTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTAc < 2:1515226/150‑1 (MQ=255)
ccAATCTTATATTTTGCGATTCAAGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTAGTTGATTGATCGCCCTCACAATTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATAGTTAc < 2:2345007/150‑1 (MQ=255)
cAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACt > 2:3123871/1‑150 (MQ=255)
aTCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTaa > 1:1949788/1‑150 (MQ=255)
aTCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTaa > 2:4269479/1‑150 (MQ=255)
tcttctATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAg > 2:1356744/1‑150 (MQ=255)
cttctATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGa < 1:2788249/150‑1 (MQ=255)
ctATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGt > 1:349062/1‑150 (MQ=255)
aTTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGa > 2:2340196/1‑150 (MQ=255)
ttttGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGAc > 2:4257084/1‑150 (MQ=255)
ttttGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGAc < 2:2019164/150‑1 (MQ=255)
ttGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTGGTTAATTAATCGTTACTAATACGTGACTc > 1:498563/1‑150 (MQ=255)
gcgcTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAATACGTGACTCCt > 1:463922/1‑150 (MQ=255)
cgcTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTa < 1:414829/150‑1 (MQ=255)
gcTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAAGTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTAt > 2:2481831/1‑150 (MQ=255)
ttCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATAGTTACTAAGACGTGACTCCTATGa > 1:951181/1‑150 (MQ=255)
tCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATTaa > 1:3480309/1‑150 (MQ=255)
ccTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAAt > 1:1595853/1‑150 (MQ=255)
tGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATAGTTTCTAAGAAGTGACTCCTATGAATaa > 2:3467171/1‑149 (MQ=255)
acCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATAGTTACTAAGACGTGACTCCGATGAATACAATCg > 1:2979978/1‑150 (MQ=255)
ccTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGc > 1:3167517/1‑150 (MQ=255)
cTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGcc < 2:1625262/150‑1 (MQ=255)
aCGCCCTCAATTTTCACTGGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCATTTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTcc < 2:2063469/150‑1 (MQ=255)
cGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGTTCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCAAGACCAATTTCATTTGCTGTCATATAACTTTACACTTTCGTTGTTAATTAATCTTTACTAAGACGTTACTCCTATGAATACAATCGCCTCCg < 1:3217350/150‑1 (MQ=255)
gCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGt < 1:254206/150‑1 (MQ=255)
gCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATAGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGt > 2:1739272/1‑150 (MQ=255)
gCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTAATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGt < 1:254240/150‑1 (MQ=255)
gCCCGCAATTTTCCCTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGCCCAATGTCAATGGCTGTCATATAACTTTACACGGTCTTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGt < 1:4099997/150‑1 (MQ=255)
cAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATATCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGc > 2:3513536/1‑150 (MQ=255)
cACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACAAAAAAGTTAATACAATGAAAAAAAAACCCACCGTTACTCACCCGca > 1:1928221/1‑150 (MQ=255)
cTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGcatc < 2:3902560/150‑1 (MQ=255)
cTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGcatc < 2:868963/150‑1 (MQ=255)
cTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAAGTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCGATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGcatc < 2:3902582/150‑1 (MQ=255)
tCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGcatca < 2:612387/150‑1 (MQ=255)
gTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATg > 2:4249565/1‑150 (MQ=255)
ttgattgaTCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGt < 2:2822446/150‑1 (MQ=255)
tgattgatCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTa < 1:3073428/150‑1 (MQ=255)
gattgatCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTac < 2:1224687/150‑1 (MQ=255)
tCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTc < 1:2432745/150‑1 (MQ=255)
tCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTc > 1:1005777/1‑150 (MQ=255)
gCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTAAAAAGACGTGACTCCAATTAATACAATCCCCACCGTTACGCTCCCGCCACAAGTACACGCACCa > 1:3776878/1‑150 (MQ=255)
cccTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTTGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATTAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCAc < 1:2972804/150‑1 (MQ=255)
cacTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATg > 2:3152492/1‑150 (MQ=255)
cacTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATg < 1:3943918/150‑1 (MQ=255)
ttCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATc < 1:618616/150‑1 (MQ=255)
ttCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATc < 2:2442512/150‑1 (MQ=255)
ttCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATAGTTACAAAGACGTGACACCTATGAAAAAAATAGCCACCGTTACGCTCCCCCAACATGTACACCCTCCACGCAATGaac > 1:817838/1‑148 (MQ=255)
tCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGGGAATTAATAGTTACTAAGAAGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCca > 1:1093801/1‑150 (MQ=255)
cGCATTAACAATCCAGACCAATTTCATTTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCcag < 1:3531861/150‑1 (MQ=255)
cATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCcagca < 2:1358307/150‑1 (MQ=255)
tAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGtt < 1:1277709/150‑1 (MQ=255)
aCAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGGTGc > 2:3862683/1‑150 (MQ=255)
aTCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCCGCAGTTGCAAt > 2:1831611/1‑150 (MQ=255)
aTCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAAt > 2:3198413/1‑150 (MQ=255)
tCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATc > 2:3608864/1‑150 (MQ=255)
cAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCAc < 2:1949788/150‑1 (MQ=255)
aGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAATACGTGACTCCTATGAATACAATAGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATTTAAACGCTCCACGCTATGATAGCCAGCAGTTTCAATCACg > 1:613474/1‑150 (MQ=255)
gACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGt < 2:3769992/150‑1 (MQ=255)
gACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACAAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTAAGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGt > 2:2866604/1‑150 (MQ=255)
aaTTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCAAGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCg > 1:1391054/1‑150 (MQ=255)
tttCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGtt > 2:530630/1‑150 (MQ=255)
tttCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGtt < 2:3876538/150‑1 (MQ=255)
cAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCCCGTATCGTTCAt > 2:195868/1‑150 (MQ=255)
cAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCAt > 2:1710426/1‑150 (MQ=255)
cAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGGTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCAt > 2:1710225/1‑150 (MQ=255)
cAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCAt > 1:3139163/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTGGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCAtt > 2:2945630/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCAtt > 2:641597/1‑150 (MQ=255)
aTTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCAttt < 1:2666339/150‑1 (MQ=255)
gCTGTCATATAACTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTgg > 2:3248561/1‑150 (MQ=255)
cTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAAAACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATAGTTCATTTTGGc > 1:277958/1‑150 (MQ=255)
cATATAATTTTACACTGTCGTGGTTTATTAATAGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATAGCCACCGTTACGCTCCCGCATCATGTAAACGCTCCACGCTATGATAGCCAGCAGTTGCCATCACGTATCGTTCATTTTTGCTTTg > 1:1884091/1‑150 (MQ=255)
atatAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTgg < 1:1204668/150‑1 (MQ=255)
tataACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAATACGTGACTCCAATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCACCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAAACACGTATCGTTCATTTTGGCGTTTGa > 2:21589/1‑150 (MQ=255)
tataACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGa < 2:1106442/150‑1 (MQ=255)
ataACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAg > 2:2535802/1‑150 (MQ=255)
taACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTAAGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTTGCGTTGGAGc > 1:4199152/1‑150 (MQ=255)
aCTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCt > 2:3074172/1‑150 (MQ=255)
cTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCtt < 1:3289987/150‑1 (MQ=255)
cTTTACACTGTCGTTGTTAAATAATAGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATTTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTTGAGCCtt > 2:2351760/1‑150 (MQ=255)
cTTTACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCtt < 2:95729/150‑1 (MQ=255)
ttACACTGTAGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCTTTc > 1:2692880/1‑150 (MQ=255)
acacTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATAGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCACCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCTTTCAc > 2:1315441/1‑150 (MQ=255)
tCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCTTTCACCGCGCt < 2:463922/150‑1 (MQ=255)
|
CTTTTTTAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAACTTTACACTGTCGTTGTTAATTAATCGTTACTAAGACGTGACTCCTATGAATACAATCGCCTCCGTTACGCTCCCGCATCATGTACACGCTCCACGCTATGATCGCCAGCAGTTGCAATCACGTATCGTTCATTTTGGCTTTGGAGCCTTTCACCGCGCT > CP009273/2259541‑2259837
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
