Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F534 I1 R1
|
1235 |
230.2 |
7611948 |
95.1% |
7238962 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,601,496 |
T→A |
F407L (TTT→TTA) |
hyfF → |
hydrogenase 4, membrane subunit |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,601,496 | 0 | T | A | 99.5%
| 718.0
/ NA
| 216 | F407L (TTT→TTA) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (109/106); total (109/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CGGCAATGTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGA > CP009273/2601349‑2601642
|
cGGCAATGTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAAt > 1:897429/1‑150 (MQ=255)
ggCAATGTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATg < 1:837592/150‑1 (MQ=255)
cAATGTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGAc > 1:1731469/1‑150 (MQ=255)
aTGTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCa > 2:18285/1‑150 (MQ=255)
gTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCAtt > 2:1715872/1‑150 (MQ=255)
aCTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAc > 1:3105209/1‑150 (MQ=255)
aCTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAc < 1:1728435/150‑1 (MQ=255)
cTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAAAGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATTCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAcc > 1:354329/1‑150 (MQ=255)
tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAccg < 2:1015086/150‑1 (MQ=255)
tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAccg < 1:2765403/150‑1 (MQ=255)
gCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAccgc > 1:1031101/1‑150 (MQ=255)
cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAccgcc > 1:1177030/1‑150 (MQ=255)
tCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTAccgccg > 1:1925900/1‑150 (MQ=255)
gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACt < 2:616968/150‑1 (MQ=255)
gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACt < 2:602799/150‑1 (MQ=255)
gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACt > 2:338129/1‑150 (MQ=255)
tACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAATTCATGCCATTTACCGCAGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGAGAATTTATGACCATTACCGCCTGACTg < 2:519387/150‑1 (MQ=255)
tACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTg < 2:433067/150‑1 (MQ=255)
cGGCACGCGCGTTCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTgg < 2:2805833/150‑1 (MQ=255)
cGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGc > 1:3568811/1‑150 (MQ=255)
cACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACg < 2:3023065/150‑1 (MQ=255)
cACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACg > 1:2719613/1‑150 (MQ=255)
cgcgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTa < 2:3333920/150‑1 (MQ=255)
gATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCAc < 2:3300726/150‑1 (MQ=255)
gATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCAc < 1:2417951/150‑1 (MQ=255)
aaCGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACctgctg < 1:1703981/150‑1 (MQ=255)
aCGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGa < 1:3281232/150‑1 (MQ=255)
aCGTCGTCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGa < 1:1382216/150‑1 (MQ=255)
cgtcgtCTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGAt < 2:3496535/150‑1 (MQ=255)
cgtcTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTAt > 1:3694350/1‑150 (MQ=255)
tcTGTGGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCg < 1:668800/150‑1 (MQ=255)
tgtgGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTc < 1:1939067/150‑1 (MQ=255)
gtgGGATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTcc < 1:3728700/150‑1 (MQ=255)
gggATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCctg < 1:2600815/150‑1 (MQ=255)
gggATGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCctg > 2:3272934/1‑150 (MQ=255)
aTGCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCctgctg < 2:1651352/150‑1 (MQ=255)
gCTC‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGtt > 2:1476421/1‑150 (MQ=255)
c‑AAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTAtt < 1:519481/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGTCCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTg > 1:292014/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTg > 1:2201395/1‑150 (MQ=255)
aaTCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCt < 1:2310468/150‑1 (MQ=255)
aTGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTa < 2:2220658/150‑1 (MQ=255)
aTGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTa < 2:3639786/150‑1 (MQ=255)
tGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTaa < 2:265336/150‑1 (MQ=255)
gCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAc > 2:3526447/1‑150 (MQ=255)
ccATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACg > 1:3800236/1‑150 (MQ=255)
aTTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACAAAAACCGCCGGACTGGCACGTAAACACCAGCTGATTATCGTCCTGCAGTAATTTCTGTTAACGCt > 1:2747677/1‑150 (MQ=255)
tttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTg < 1:3499981/150‑1 (MQ=255)
tttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTg < 1:3232003/150‑1 (MQ=255)
tttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTg < 2:269163/150‑1 (MQ=255)
tttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTg < 1:2013279/150‑1 (MQ=255)
ttACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTgg < 1:2208918/150‑1 (MQ=255)
cgTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGc < 2:818937/150‑1 (MQ=255)
cgTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGc < 2:1695548/150‑1 (MQ=255)
cgTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGc < 2:3591888/150‑1 (MQ=255)
tGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCgg < 2:2072648/150‑1 (MQ=255)
gCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCggg > 1:2213327/1‑150 (MQ=255)
gTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCt < 1:1845355/150‑1 (MQ=255)
gTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCt < 1:3537742/150‑1 (MQ=255)
tttGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTg > 2:2609472/1‑150 (MQ=255)
tGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGt < 1:2586410/150‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGt > 2:1967182/1‑150 (MQ=255)
ggcggcGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTa > 2:1175441/1‑150 (MQ=255)
ggcggcGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTa > 2:2500444/1‑150 (MQ=255)
gcggTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGa < 2:594309/150‑1 (MQ=255)
ggTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATg < 1:1735136/150‑1 (MQ=255)
ggTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATg > 2:2422640/1‑150 (MQ=255)
tGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGc < 1:3019525/150‑1 (MQ=255)
ctggcgctggcAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcg < 1:2023521/150‑1 (MQ=255)
ctggcgctggcAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcg < 1:111018/150‑1 (MQ=255)
tggcgctggcAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcgc > 1:549696/1‑150 (MQ=255)
tggcAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGgtgt < 1:338129/150‑1 (MQ=255)
aGGGATGCCGCCCTTCACCATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAAt > 2:3335032/1‑150 (MQ=255)
gccgccCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGaa < 1:1341702/150‑1 (MQ=255)
ccTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAAccgc > 2:3469331/1‑150 (MQ=255)
ccTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAAccgc > 1:1259714/1‑150 (MQ=255)
cTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAAccgcc > 1:1427479/1‑150 (MQ=255)
tCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATCATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACcgccgc > 2:1406118/1‑150 (MQ=255)
cAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCa > 2:2612352/1‑150 (MQ=255)
aCATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAgg < 2:1925900/150‑1 (MQ=255)
aCATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAgg < 1:496996/150‑1 (MQ=255)
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cATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGc > 2:3227402/1‑150 (MQ=255)
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GGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATG < SRR19973061.1739241/150‑1 (MQ=60)
GGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATG < SRR19973061.1739496/150‑1 (MQ=60)
TGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGC < SRR19973061.3027320/150‑1 (MQ=60)
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CTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCG < SRR19973061.2028604/150‑1 (MQ=60)
CTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCG < SRR19973061.111388/150‑1 (MQ=60)
TGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGC > SRR19973061.551145/1‑150 (MQ=60)
TGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGT < SRR19973061.339016/150‑1 (MQ=60)
AGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAAT < SRR19973061.3115688/150‑1 (MQ=60)
GCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAA < SRR19973061.1345074/150‑1 (MQ=60)
GCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAA < SRR19973061.1345084/150‑1 (MQ=60)
CCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGC > SRR19973061.696108/1‑150 (MQ=60)
CCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGC > SRR19973061.1262827/1‑150 (MQ=60)
CTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCC > SRR19973061.1431073/1‑150 (MQ=60)
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TTCTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTA > SRR19973061.3702930/1‑150 (MQ=60)
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CTTAGCGAATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAAC > SRR19973061.2833752/1‑150 (MQ=60)
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AATTAATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTG > SRR19973061.2177264/1‑150 (MQ=60)
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AATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATNT < SRR19973061.986686/150‑1 (MQ=60)
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AATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCT < SRR19973061.1756239/150‑1 (MQ=60)
AATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCT < SRR19973061.1756215/150‑1 (MQ=60)
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TCCGGCAATGTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCT > CP009273/2601347‑2601645
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |