Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,098,900 |
Δ1 bp |
100% |
intergenic (+29/‑173) |
mltC → / → nupG |
membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,098,900 | 0 | G | . | 93.4%
| 1054.8
/ 68.1
| 227 | intergenic (+29/‑173) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/10); new base . (110/102); total (115/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
ATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACACTCATCCG > CP009273/3098752‑3099049
|
attaACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg > 2:4481311/1‑150 (MQ=255)
attaACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 1:3325268/150‑1 (MQ=255)
taACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggc > 2:4696025/1‑149 (MQ=255)
acacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGACTCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa < 2:3942920/150‑1 (MQ=255)
cacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggcaaa < 1:2211724/150‑5 (MQ=255)
cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAAt < 2:1619020/150‑1 (MQ=255)
cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAAt > 2:4151011/1‑150 (MQ=255)
cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAAt > 2:1572684/1‑150 (MQ=255)
aTGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATg < 2:2264798/150‑1 (MQ=255)
tGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGt < 2:340541/150‑1 (MQ=255)
tGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGt > 1:315782/1‑150 (MQ=255)
tGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGt < 1:2474292/150‑1 (MQ=255)
aCGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTa < 2:1961172/150‑1 (MQ=255)
aCGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTa < 1:3615660/150‑1 (MQ=255)
cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt > 1:4520829/1‑150 (MQ=255)
cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt > 2:306318/1‑150 (MQ=255)
cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCGACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt < 2:1074647/150‑1 (MQ=255)
cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCCACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt > 2:5000369/1‑150 (MQ=255)
gCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATc > 1:3700123/1‑150 (MQ=255)
ccGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGAAAAAATGTTATcc < 1:1315861/150‑1 (MQ=255)
gggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcac > 1:2091554/1‑150 (MQ=255)
ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca > 2:3986780/1‑150 (MQ=255)
ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca < 2:1850798/150‑1 (MQ=255)
ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca < 1:1987887/150‑1 (MQ=255)
ttATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAtt < 1:291817/150‑1 (MQ=255)
tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAtt < 2:264569/150‑1 (MQ=255)
tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt > 1:2998538/1‑150 (MQ=255)
tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt < 1:823997/150‑1 (MQ=255)
tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt > 1:2987505/1‑150 (MQ=255)
aTCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTc > 1:1969584/1‑150 (MQ=255)
aGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt < 1:4654538/150‑1 (MQ=255)
gACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGttt < 1:3725043/150‑1 (MQ=255)
tGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCa < 2:2525802/150‑1 (MQ=255)
cgacCCGCCATCCCTCTGCGTAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt < 1:640919/150‑1 (MQ=255)
cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt < 1:3306240/150‑1 (MQ=255)
cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt > 2:3481974/1‑150 (MQ=255)
gacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACACTTTCGTTTTGCAAATTg > 2:3629505/1‑150 (MQ=255)
acCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgg < 2:827860/150‑1 (MQ=255)
cccGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTggg > 1:826120/1‑150 (MQ=255)
ccGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGa < 1:2041846/150‑1 (MQ=255)
cGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:3011189/150‑1 (MQ=255)
cGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:423093/150‑1 (MQ=255)
gCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa > 1:260255/1‑150 (MQ=255)
ccATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgatgaat < 2:1032022/150‑7 (MQ=255)
ccATCCCTCGGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAAt < 2:4354801/150‑1 (MQ=255)
cATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 2:3327462/1‑150 (MQ=255)
cccTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTg < 2:4863445/150‑1 (MQ=255)
cGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattat > 1:1528712/1‑150 (MQ=255)
gAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTAttt < 1:1010252/150‑1 (MQ=255)
aaTCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTg > 2:2862827/1‑150 (MQ=255)
ctcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCca < 2:3287629/150‑1 (MQ=255)
ctcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCca < 1:3293652/150‑1 (MQ=255)
tcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCcac < 1:538949/150‑1 (MQ=255)
tcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTGATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCcac < 1:2295926/150‑1 (MQ=255)
cGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCcaca > 2:4609843/1‑150 (MQ=255)
gCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCAACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAg > 2:1925060/1‑150 (MQ=255)
ccGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAgg > 1:5070238/1‑150 (MQ=255)
ccGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAgg < 2:4119518/150‑1 (MQ=255)
cGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGTAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGt > 2:2151265/1‑150 (MQ=255)
cGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGNt < 1:4906488/150‑1 (MQ=255)
cGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGt > 1:125317/1‑150 (MQ=255)
cGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGt < 2:1411048/150‑1 (MQ=255)
aTCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACa < 1:4585514/150‑1 (MQ=255)
tttATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaa < 1:4785199/150‑1 (MQ=255)
ttATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaaa < 1:1736223/150‑1 (MQ=255)
aaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAg < 2:742465/150‑1 (MQ=255)
aaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAg < 2:2892354/150‑1 (MQ=255)
tGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTcc < 2:4398206/150‑1 (MQ=255)
gAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCcg > 1:382903/1‑150 (MQ=255)
gcgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGtt < 2:219429/150‑1 (MQ=255)
cgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTg > 2:1969809/1‑150 (MQ=255)
cgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTg < 1:2846587/150‑1 (MQ=255)
cgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTg < 1:4089851/150‑1 (MQ=255)
gcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGa > 1:4483675/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATa > 2:584770/1‑150 (MQ=255)
aaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGa > 2:3124117/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGaa > 2:1630673/1‑150 (MQ=255)
aTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAAt > 2:696059/1‑150 (MQ=255)
tCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATc > 2:2472610/1‑150 (MQ=255)
ccTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATcc > 1:4100774/1‑150 (MQ=255)
tACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATccc < 1:4130180/150‑1 (MQ=255)
tACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCca > 1:4643103/1‑150 (MQ=255)
cgccgccgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCcatca < 2:4967098/150‑1 (MQ=255)
cgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCg > 2:1497049/1‑150 (MQ=255)
cgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGc > 1:1644974/1‑150 (MQ=255)
aagtCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACgg < 1:892095/147‑1 (MQ=255)
gtCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTc < 2:4302625/149‑1 (MQ=255)
cATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATATCACCCGGTcggc > 1:3686452/1‑147 (MQ=255)
cATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATATCACCCGGTcggc > 1:3594838/1‑147 (MQ=255)
aTTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTAATCCACATCACAATTTCGGTTTGCCAATTGGGAATGGTTGCAATTATTTGCCACAGGAAACAAACAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCAGCATCTCGCCCGGTCAAAt > 1:2657354/1‑150 (MQ=255)
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gCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACACTCa > 2:2104796/1‑150 (MQ=255)
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ATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACACTCATCCG > CP009273/3098752‑3099049
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
