Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,751,673 |
T→G |
45.1% |
intergenic (+306/‑5) |
pykF → / → lpp |
pyruvate kinase I/murein lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,751,673 | 0 | T | G | 45.1%
| 8.3
/ inf
| 257 | intergenic (+306/‑5) | pykF/lpp | pyruvate kinase I/murein lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/44); new base G (71/45); total (168/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ATTTTTTTATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTG > CP009273/1751525‑1751821
|
ttttATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATtaataa > 1:3692104/1‑150 (MQ=255)
ttATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATg > 1:3939503/1‑150 (MQ=255)
cTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAg > 1:405177/1‑150 (MQ=255)
aaCCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGctac > 1:2465223/1‑150 (MQ=255)
aaCCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGctac < 2:4079018/150‑1 (MQ=255)
aCCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGctact < 1:4578755/150‑1 (MQ=255)
cccAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGctacta > 2:3975006/1‑150 (MQ=255)
cAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTaaa > 1:612190/1‑150 (MQ=255)
cAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTaaa > 1:122591/1‑150 (MQ=255)
gCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACt < 2:504270/150‑1 (MQ=255)
gTTCGATGCTTCTTTGAGCGAAAGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAAATTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCAAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTgg > 2:556192/1‑150 (MQ=255)
ttCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAACTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGt < 2:629456/150‑1 (MQ=255)
ttCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGt < 2:477284/150‑1 (MQ=255)
ttCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGt > 1:3605078/1‑150 (MQ=255)
ttCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGt < 2:1304372/150‑1 (MQ=255)
tCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTa > 1:4268640/1‑150 (MQ=255)
tCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATGAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTa > 1:2746766/1‑150 (MQ=255)
cGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTAc < 1:3306095/150‑1 (MQ=255)
gATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACt > 2:1744461/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATTAAAGCTACTAAACTGGTACTggg > 1:239531/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATTAAAGCTACTAAACTGGTACTggg > 1:2078866/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATTAAAGCTACTAAACTGGTACTggg > 1:2078834/1‑150 (MQ=255)
tGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTa > 1:1037525/1‑150 (MQ=255)
tGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTa > 2:3962675/1‑150 (MQ=255)
aGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAAt > 2:1802955/1‑150 (MQ=255)
cGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATcc > 2:186126/1‑150 (MQ=255)
cGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATcc < 1:2735475/150‑1 (MQ=255)
gAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCt < 2:1149419/150‑1 (MQ=255)
gAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCt < 1:766878/150‑1 (MQ=255)
gAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCt > 1:4530647/1‑150 (MQ=255)
gAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCt > 1:1889277/1‑150 (MQ=255)
aaCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTg > 1:4111088/1‑150 (MQ=255)
aaCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTg > 1:2469601/1‑150 (MQ=255)
aaCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTg > 1:1270924/1‑150 (MQ=255)
aaCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTg > 2:327492/1‑150 (MQ=255)
aaCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTg > 2:127087/1‑150 (MQ=255)
aCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTgg < 2:329491/150‑1 (MQ=255)
cGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCACTCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTggg > 2:1538587/1‑150 (MQ=255)
cGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTggg < 2:2030171/150‑1 (MQ=255)
aaaaTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTAc > 1:1816993/1‑150 (MQ=255)
aaaTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTAct < 2:984211/150‑1 (MQ=255)
aTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTActct < 2:1756481/150‑1 (MQ=255)
aTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTActct < 2:1428333/150‑1 (MQ=255)
aGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTctgct < 1:3404154/150‑1 (MQ=255)
gTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTctgctg < 2:3435583/150‑1 (MQ=255)
tGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTgg > 1:2575847/1‑150 (MQ=255)
tGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTgg > 1:687158/1‑150 (MQ=255)
gCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGc > 2:2703327/1‑150 (MQ=255)
ccTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCa > 1:1604553/1‑150 (MQ=255)
ccTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCa > 1:1604459/1‑150 (MQ=255)
ccTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCa > 2:4478165/1‑150 (MQ=255)
cTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAg > 2:424034/1‑150 (MQ=255)
ccATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTg > 1:1672700/1‑150 (MQ=255)
ccATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTg > 1:3317380/1‑150 (MQ=255)
ccATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATATAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTg > 2:3165254/1‑150 (MQ=255)
tCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTc > 1:3980643/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGc > 1:2848234/1‑150 (MQ=255)
aaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCa > 1:4477841/1‑150 (MQ=255)
aaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCa > 2:3347663/1‑150 (MQ=255)
aaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCa < 1:3867197/150‑1 (MQ=255)
aaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTTGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCaa > 2:3141401/1‑150 (MQ=255)
tatTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGc > 2:4551869/1‑150 (MQ=255)
atTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCt < 1:2621047/150‑1 (MQ=255)
ttCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTa < 2:1341617/150‑1 (MQ=255)
ttCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTa < 2:3053435/150‑1 (MQ=255)
ttCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTa < 1:2173831/150‑1 (MQ=255)
ctcAACATAAAAAACTTTGTTTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTaaa < 2:172872/150‑1 (MQ=255)
cAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAAt > 1:2502855/1‑150 (MQ=255)
cAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAAt < 1:3512259/150‑1 (MQ=255)
cAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAAt > 1:481270/1‑150 (MQ=255)
cAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAAt > 1:1129302/1‑150 (MQ=255)
aaCATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATc < 2:3843589/150‑1 (MQ=255)
aCATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTCAAATCg > 1:784020/1‑150 (MQ=255)
aTAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGAt > 1:282030/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATc > 2:1222745/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATc > 1:4192800/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAg > 2:2112849/1‑150 (MQ=255)
aaaCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTCTGAATAATGAAAGCTACTAAAATGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCt > 2:1998788/1‑150 (MQ=255)
cTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGtc < 2:2352052/150‑1 (MQ=255)
cTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGtc > 1:3044542/1‑150 (MQ=255)
tgtgTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGtcttc < 2:890020/150‑1 (MQ=255)
aaTACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACg < 1:3932639/150‑1 (MQ=255)
gTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGAc > 2:256995/1‑150 (MQ=255)
aaCGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGActc > 1:883596/1‑150 (MQ=255)
gCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCNATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGa < 1:4275642/150‑1 (MQ=255)
tACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAAc > 1:2923410/1‑150 (MQ=255)
aCATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACg > 1:3818530/1‑150 (MQ=255)
agaTTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAg > 1:3737669/1‑150 (MQ=255)
tAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGa > 1:3522768/1‑150 (MQ=255)
tCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAg < 2:3597351/150‑1 (MQ=255)
aaTCTAGAGGGTATGAATACTGACAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCt < 2:3215061/150‑1 (MQ=255)
aaTCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCt > 2:2598022/1‑150 (MQ=255)
tCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGa < 2:1043016/150‑1 (MQ=255)
agagGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCa > 1:200814/1‑150 (MQ=255)
agagGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCa > 2:4061993/1‑150 (MQ=255)
agGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAac > 2:4334394/1‑150 (MQ=255)
gTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAacgac < 1:221645/150‑1 (MQ=255)
tATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAacgacg > 1:3267576/1‑150 (MQ=255)
tATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAacgacg > 1:1310230/1‑150 (MQ=255)
ttAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTg < 2:2910106/150‑1 (MQ=255)
|
ATTTTTTTATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTG > CP009273/1751525‑1751821
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
