Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,751,673 |
T→G |
39.2% |
intergenic (+306/‑5) |
pykF → / → lpp |
pyruvate kinase I/murein lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,751,673 | 0 | T | G | 39.2%
| 101.5
/ inf
| 240 | intergenic (+306/‑5) | pykF/lpp | pyruvate kinase I/murein lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/57); new base G (54/40); total (143/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AATTTTTTTATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTGA > CP009273/1751524‑1751822
|
aTCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTCTGAATAATGaa > 1:1636810/1‑150 (MQ=255)
aTCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGaa > 2:2110131/1‑150 (MQ=255)
tAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGc > 2:1095927/1‑150 (MQ=255)
tAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGc > 2:1095868/1‑150 (MQ=255)
aaaaCCCAGCGTTCGATGCATCTTTGAGCGACCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAACAATATTCTCAACATAAAAAACTTAGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAGTCTAGAGGGTATTAATATTGAAAGct > 2:1673804/1‑150 (MQ=255)
aaCCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGctac > 2:1890639/1‑150 (MQ=255)
cccAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGctacta > 2:117190/1‑150 (MQ=255)
ccAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTaa > 1:2884326/1‑150 (MQ=255)
aGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATACAAAACTTTGTGTAATACTTTTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAAc < 2:286652/150‑1 (MQ=255)
tCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTa > 2:1348249/1‑150 (MQ=255)
cGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTAc < 1:956641/150‑1 (MQ=255)
cGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTAc < 1:1870475/150‑1 (MQ=255)
cGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTAc < 2:1569968/150‑1 (MQ=255)
gATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACt > 2:1518331/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTg > 1:2663084/1‑150 (MQ=255)
cttcttTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGgc > 1:3580901/1‑150 (MQ=255)
cttcttTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGgc > 1:212140/1‑150 (MQ=255)
ttcttTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGgcg < 1:114385/150‑1 (MQ=255)
ttatttGAGCGTACGATCAAAAATATGTGCCTTCCCATCAAAATAATATTCTCAACATAATATTCTTTGTGTAATTCTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTTGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTTGTACTGGgcg < 1:521989/147‑1 (MQ=255)
tttGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCgg < 1:232441/150‑1 (MQ=255)
tttGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCgg < 2:3186807/150‑1 (MQ=255)
ttGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGt < 2:2191441/150‑1 (MQ=255)
tGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTa > 2:3612691/1‑150 (MQ=255)
tGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTa < 2:2462876/150‑1 (MQ=255)
cGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATcc < 1:3392971/150‑1 (MQ=255)
cGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTATGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGAACTGGGCGCGGTAATca > 1:1429777/1‑149 (MQ=255)
gAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCt < 1:2390252/150‑1 (MQ=255)
gAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAAGACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCt < 2:3944629/150‑1 (MQ=255)
aCGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTgg > 1:3833651/1‑150 (MQ=255)
cGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTggg > 1:523122/1‑150 (MQ=255)
gATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGt > 1:876325/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTa > 1:1260570/1‑150 (MQ=255)
aaaaTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCCACATAATAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAACGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTAc < 1:3467766/150‑1 (MQ=255)
aaaaTAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTAc > 2:3643624/1‑150 (MQ=255)
tAAGTGCCTACCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGAAATCCTTGAAACGCTACAGTGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAACCTACTAAACAGGAACTGGGCGCGGAAATACTCGCTTCAACTctg > 2:1461522/1‑150 (MQ=255)
tGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTgg > 2:700580/1‑150 (MQ=255)
gCCTTCCAATCAAAAAATTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGc < 1:102383/150‑1 (MQ=255)
tCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGt > 1:3724544/1‑150 (MQ=255)
tCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTCGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGt > 2:2533742/1‑150 (MQ=255)
tCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGt < 2:2790196/150‑1 (MQ=255)
cccATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGtt > 2:2454121/1‑150 (MQ=255)
cccATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGtt < 2:4076512/150‑1 (MQ=255)
cccATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGtt > 2:431179/1‑150 (MQ=255)
aTCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCt > 1:2890726/1‑150 (MQ=255)
aTCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCt < 2:3048244/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTcc > 2:301334/1‑150 (MQ=255)
cAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTcc > 1:2206377/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCa > 2:2287615/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCa < 1:1581632/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAg > 1:1034011/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAg > 1:3249583/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGc > 1:342796/1‑150 (MQ=255)
aaaaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCa > 2:3433632/1‑150 (MQ=255)
aaTATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAAc > 1:3606194/1‑150 (MQ=255)
cAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAAt < 1:664138/150‑1 (MQ=255)
cAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAAt > 2:2513227/1‑150 (MQ=255)
aCATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCg > 1:2242604/1‑150 (MQ=255)
aCATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCg > 1:668856/1‑150 (MQ=255)
cATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGa < 1:389971/150‑1 (MQ=255)
cATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGa > 2:4034330/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAg > 1:3272153/1‑150 (MQ=255)
aaaaCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGc > 2:206336/1‑150 (MQ=255)
aaCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGGTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTg > 2:2387465/1‑150 (MQ=255)
aCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGt > 2:625564/1‑150 (MQ=255)
aCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGt < 1:1426718/150‑1 (MQ=255)
aCTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGt > 1:3212286/1‑150 (MQ=255)
tttGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGtct < 1:2968575/150‑1 (MQ=255)
tgtgTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGtcttc > 2:1845725/1‑150 (MQ=255)
gtgtAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGtcttct < 1:4012291/150‑1 (MQ=255)
gtAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCCAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGa > 2:2768631/1‑150 (MQ=255)
aaTACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACg > 1:3292184/1‑150 (MQ=255)
aaTACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACg < 1:2729725/150‑1 (MQ=255)
tACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGtt < 1:3843961/150‑1 (MQ=255)
aCTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTc > 2:3058945/1‑150 (MQ=255)
cTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCa < 2:2920730/150‑1 (MQ=255)
cTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCa < 2:1834876/150‑1 (MQ=255)
gTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGAc < 2:2727688/150‑1 (MQ=255)
tAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGAct > 2:180148/1‑150 (MQ=255)
aCGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGActct < 1:4119725/150‑1 (MQ=255)
cTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGaa > 1:169171/1‑150 (MQ=255)
tACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAAc < 1:3027406/150‑1 (MQ=255)
tACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAAc < 1:2576636/150‑1 (MQ=255)
aCATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACg < 1:1058515/150‑1 (MQ=255)
aCATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACg < 1:1562056/150‑1 (MQ=255)
cATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGc > 1:3133208/1‑150 (MQ=255)
tGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTa < 2:3588021/150‑1 (MQ=255)
tGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTa < 2:3873260/150‑1 (MQ=255)
gaTTAACTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGt < 1:671866/150‑1 (MQ=255)
aaCTCAATCTAGATGCTATGAATAATCAAAGCTACAAAACTGGAACTGGGCGCGGAAATCCAGCTATCTACTATGAAGGCAGGTTGATCAAGCAACTCAAAAATCGATCAGCAGACTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGAc > 2:1789370/1‑150 (MQ=255)
cTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCa < 1:2969985/150‑1 (MQ=255)
cTCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCa < 1:2405061/150‑1 (MQ=255)
tCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAg > 1:4135614/1‑150 (MQ=255)
tCAATCTAGAGGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAg > 1:160385/1‑150 (MQ=255)
aTCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTg > 1:3152389/1‑150 (MQ=255)
tAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAATCTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGc < 2:3478678/150‑1 (MQ=255)
agagGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCa > 2:2705831/1‑150 (MQ=255)
gagGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCaa > 1:1785306/1‑150 (MQ=255)
agGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAac > 1:1928314/1‑150 (MQ=255)
agGGTATGAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAac > 2:2036852/1‑150 (MQ=255)
gggTATTAATAATGAAAGCGACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTTAAATCGATCAGGTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAATGTTGACCAGCTGAGCAacg < 2:3142892/150‑1 (MQ=255)
|
AATTTTTTTATCTAAAACCCAGCGTTCGATGCTTCTTTGAGCGAACGATCAAAAATAAGTGCCTTCCCATCAAAAAAATATTCTCAACATAAAAAACTTTGTGTAATACTTGTAACGCTACATGGAGATTAACTCAATCTAGAGGGTATTAATAATGAAAGCTACTAAACTGGTACTGGGCGCGGTAATCCTGGGTTCTACTCTGCTGGCAGGTTGCTCCAGCAACGCTAAAATCGATCAGCTGTCTTCTGACGTTCAGACTCTGAACGCTAAAGTTGACCAGCTGAGCAACGACGTGA > CP009273/1751524‑1751822
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
