Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,764,150 |
G→T |
45.5% |
D274Y (GAT→TAT) |
ydiK → |
UPF0118 family inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,764,150 | 0 | G | T | 45.5%
| 277.8
/ inf
| 393 | D274Y (GAT→TAT) | ydiK | UPF0118 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/137); new base T (70/109); total (147/246) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
TACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCG > CP009273/1764001‑1764297
|
aCAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGa > 1:1494725/1‑150 (MQ=255)
aCAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGa > 1:2695340/1‑150 (MQ=255)
gTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATaccacc < 2:1706225/150‑1 (MQ=255)
cTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTgg < 1:4723240/150‑1 (MQ=255)
ggCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGa < 2:1491317/150‑1 (MQ=255)
ggCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCGTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATTATCCTCACCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGa > 1:862700/1‑150 (MQ=255)
gCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGaa < 2:1628311/150‑1 (MQ=255)
tATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGt > 2:4702141/1‑150 (MQ=255)
cGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTAtt < 2:2762391/150‑1 (MQ=255)
gCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGt < 1:1105117/150‑1 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTa < 2:3181760/150‑1 (MQ=255)
cTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTa < 2:4100704/150‑1 (MQ=255)
tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAg > 2:1139150/1‑150 (MQ=255)
cGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAgt < 1:746714/150‑1 (MQ=255)
ccGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAgtgt < 1:2569127/150‑1 (MQ=255)
gTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTgg > 1:2397871/1‑150 (MQ=255)
tCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGc > 1:2912612/1‑150 (MQ=255)
tCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGc > 2:174475/1‑150 (MQ=255)
ccGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCg > 1:2997135/1‑150 (MQ=255)
cGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCgg > 2:1832257/1‑150 (MQ=255)
cGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCgg > 2:4764682/1‑150 (MQ=255)
ggCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGACCGGTATTGTTAGTGTGGAGCGgt > 2:3325984/1‑150 (MQ=255)
gCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGgtg < 2:1850294/150‑1 (MQ=255)
gCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGgtg < 2:3875042/150‑1 (MQ=255)
cGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGgtgt < 1:4294607/150‑1 (MQ=255)
cGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATATGGCTCTAATGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGgtgt > 2:3079061/1‑150 (MQ=255)
cGTACCTTAAGCAACGTTGCTAACGTTGTTAATGATCCTCTCCTGACTTGTCCAGATTGGCCCGTTGCCGGTACTGATACCGGTGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGgtgt > 2:1533670/1‑150 (MQ=255)
gTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGtgtg < 2:780028/150‑1 (MQ=255)
gTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGtgtg < 1:160298/150‑1 (MQ=255)
gTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGtgtg < 1:2554268/150‑1 (MQ=255)
tACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTgg < 2:3926177/150‑1 (MQ=255)
aCCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGt < 2:1794375/150‑1 (MQ=255)
aCCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGt < 1:2686813/150‑1 (MQ=255)
aCCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGt > 2:3546797/1‑150 (MQ=255)
aaCGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCt < 2:486833/150‑1 (MQ=255)
aaCGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCt < 1:3769495/150‑1 (MQ=255)
aaCGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCt < 2:2469721/150‑1 (MQ=255)
ttGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGAt < 1:1832257/150‑1 (MQ=255)
gCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATaa < 2:3766436/150‑1 (MQ=255)
cTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAAc < 1:3116088/150‑1 (MQ=255)
cTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAAc < 1:4656348/150‑1 (MQ=255)
aaCGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTCGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGt > 2:2531277/1‑150 (MQ=255)
aCGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTc < 1:3485627/150‑1 (MQ=255)
aCGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTc < 1:1015867/150‑1 (MQ=255)
gtTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCg > 2:2690047/1‑150 (MQ=255)
ttAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGc > 2:316713/1‑150 (MQ=255)
aaTGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGccc > 1:1139975/1‑150 (MQ=255)
aaTGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGccc < 1:239081/150‑1 (MQ=255)
aTCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATg < 1:2841466/150‑1 (MQ=255)
aTCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATg < 2:3724882/150‑1 (MQ=255)
aTCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATg < 2:1315133/150‑1 (MQ=255)
aTCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGACCGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATg > 1:562530/1‑150 (MQ=255)
aTCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATg > 1:944756/1‑150 (MQ=255)
tCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGt < 2:4549261/150‑1 (MQ=255)
ccTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGtt < 1:4153030/150‑1 (MQ=255)
ccTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGtt < 2:2342533/150‑1 (MQ=255)
ctctCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTa < 1:1670186/150‑1 (MQ=255)
ctctCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTa < 1:452219/150‑1 (MQ=255)
tctcCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTaa > 2:463591/1‑150 (MQ=255)
tctcCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTaa < 2:1025356/150‑1 (MQ=255)
tctcCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTaa > 1:1994042/1‑150 (MQ=255)
ctcCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGAGTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAAt < 2:4241205/150‑1 (MQ=255)
ccTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTc > 1:2243370/1‑150 (MQ=255)
cTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCg > 2:3399716/1‑150 (MQ=255)
cTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATg > 1:4614657/1‑150 (MQ=255)
cTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATg > 1:1754336/1‑150 (MQ=255)
cTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATg < 2:1442841/150‑1 (MQ=255)
tGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATggg < 2:2251954/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTg < 1:2492124/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACTTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTg > 2:1984068/1‑150 (MQ=255)
tCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTg > 2:1977126/1‑150 (MQ=255)
ccAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGc > 1:1400312/1‑150 (MQ=255)
cAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGcc < 2:29730/150‑1 (MQ=255)
cAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGcc < 2:2386739/150‑1 (MQ=255)
ggCCCGTTGCCGGTACTGGTTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTa < 2:2827455/150‑1 (MQ=255)
ggCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTa < 1:388627/150‑1 (MQ=255)
gCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACAGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTAc < 2:4535095/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTg < 2:1194176/150‑1 (MQ=255)
gCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGAt < 1:2743790/150‑1 (MQ=255)
ggTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCt < 1:2187989/150‑1 (MQ=255)
ggTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCt > 2:2169327/1‑150 (MQ=255)
ggTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCt < 2:1916864/150‑1 (MQ=255)
tGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATtc > 1:3743930/1‑150 (MQ=255)
gATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATtct < 1:1657161/150‑1 (MQ=255)
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aTTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATtctc < 2:4382196/150‑1 (MQ=255)
gtCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTGAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATtctct < 2:3292613/149‑1 (MQ=255)
cGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTg > 1:30953/1‑150 (MQ=255)
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ggCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTgg > 1:4001/1‑150 (MQ=255)
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ctACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGttt < 1:2974502/150‑1 (MQ=255)
actggactggCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGa < 1:726597/150‑1 (MQ=255)
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actggCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTAGTGGTGGTTTGATTGCt > 2:3187828/1‑150 (MQ=255)
actggCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCt > 2:4195876/1‑150 (MQ=255)
|
TACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCG > CP009273/1764001‑1764297
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
