Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,526,794 |
C→T |
100% |
intergenic (+55/‑329) |
cysK → / → ptsH |
cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,526,794 | 0 | C | T | 98.8%
| 796.5
/ ‑0.1
| 242 | intergenic (+55/‑329) | cysK/ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (102/137); total (103/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCC > CP009273/2526649‑2526938
|
tatTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCt > 1:1601076/1‑148 (MQ=255)
atTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTg > 1:1094512/1‑148 (MQ=255)
atTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTg < 2:574871/148‑1 (MQ=255)
atTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTg > 1:2621042/1‑148 (MQ=255)
tgttgtTATTATACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCTCATTGTTTGCCTATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCATTTTTGTGGTCTGCt < 1:1966372/148‑1 (MQ=255)
tgtgGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCt > 2:133781/1‑148 (MQ=255)
tgtgGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCACATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCt > 2:726157/1‑148 (MQ=255)
gtgGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCtt < 1:1754953/148‑1 (MQ=255)
gTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCaa < 2:415619/148‑1 (MQ=255)
ttATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCaaa < 1:84556/148‑1 (MQ=255)
ttCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACtt < 2:1178094/148‑1 (MQ=255)
ttCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACtt < 1:2023193/148‑1 (MQ=255)
ttCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACtt < 1:2123724/148‑1 (MQ=255)
catcatCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGccc < 2:951447/148‑1 (MQ=255)
catcatCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGccc < 1:1254788/148‑1 (MQ=255)
atcatcGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGcccc > 1:270042/1‑148 (MQ=255)
tcatcGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCcc‑t > 1:1928646/1‑148 (MQ=255)
catcGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCcc‑tc < 1:771562/148‑1 (MQ=255)
catcGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCcc‑tc > 2:2453922/1‑148 (MQ=255)
catcGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCcc‑tc < 1:1345747/148‑1 (MQ=255)
ggTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGc > 1:750294/1‑148 (MQ=255)
gCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGa < 2:3133885/148‑1 (MQ=255)
tATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCa > 1:1632570/1‑148 (MQ=255)
aTTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAg < 2:1416348/148‑1 (MQ=255)
tttAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGc < 1:118313/148‑1 (MQ=255)
aaGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTg < 1:429292/148‑1 (MQ=255)
gCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTc > 1:537400/1‑148 (MQ=255)
gCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTc > 1:3402191/1‑148 (MQ=255)
ccGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGa > 2:1257949/1‑148 (MQ=255)
gCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCGGTCGGAAc > 2:1793280/1‑148 (MQ=255)
cATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACt > 2:635637/1‑148 (MQ=255)
ttGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTgg > 1:3240536/1‑148 (MQ=255)
tGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGt > 2:386434/1‑148 (MQ=255)
tGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTAttt < 2:2817465/148‑1 (MQ=255)
aTCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCa > 1:2419655/1‑148 (MQ=255)
tctcTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAg > 1:518236/1‑148 (MQ=255)
gtCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTa < 2:2113460/147‑1 (MQ=255)
tCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTaa > 2:328382/1‑148 (MQ=255)
tCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTaa > 2:874083/1‑148 (MQ=255)
tCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGATTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTaa < 1:1351808/148‑1 (MQ=255)
aCTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAatt < 2:2221381/148‑1 (MQ=255)
aCTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAatt < 2:2031832/148‑1 (MQ=255)
tGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAattat > 1:2458543/1‑148 (MQ=255)
agaaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTAttt < 1:825493/148‑1 (MQ=255)
agaaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTAttt > 2:3178136/1‑148 (MQ=255)
gaaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTAtttt > 1:3115345/1‑148 (MQ=255)
aaagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTg < 1:653162/148‑1 (MQ=255)
aagaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGa < 1:3686461/148‑1 (MQ=255)
gaaTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATg < 1:3576606/148‑1 (MQ=255)
aTTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATgcg < 1:2904260/148‑1 (MQ=255)
tGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGcgcg > 1:3301686/1‑148 (MQ=255)
tGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGcgcg > 2:3505171/1‑148 (MQ=255)
cAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGaa < 1:593564/148‑1 (MQ=255)
aaCAGTAACGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAACCAGCACCTGTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACGGTCGCCCC‑TCCTGGCATTGAGTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGaaa < 1:2037429/148‑1 (MQ=255)
aGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTa > 1:2547169/1‑148 (MQ=255)
gTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTaa > 2:236133/1‑148 (MQ=255)
gTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGAGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTaa < 1:2852523/148‑1 (MQ=255)
tAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAAt > 2:3089875/1‑148 (MQ=255)
tAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAAt > 2:499256/1‑148 (MQ=255)
aaTGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATc < 1:2175366/148‑1 (MQ=255)
aaTGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATc < 2:2580546/148‑1 (MQ=255)
tgtcAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGt > 2:190227/4‑148 (MQ=255)
ccAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTa < 2:184340/148‑1 (MQ=255)
ccAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTa < 2:2074355/148‑1 (MQ=255)
aGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACa > 2:2402825/1‑148 (MQ=255)
tAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAg < 2:2569305/148‑1 (MQ=255)
aaaaTGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGcc > 1:457707/1‑148 (MQ=255)
aaTGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCaa < 1:354262/148‑1 (MQ=255)
aTGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAACAGCCaaa > 2:3651497/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGaa > 1:3133679/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGaa < 2:139230/148‑1 (MQ=255)
aaaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAAt < 1:693337/148‑1 (MQ=255)
aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATc > 1:2480589/1‑148 (MQ=255)
aaaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATc > 2:2237993/1‑148 (MQ=255)
aaaGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCg > 2:52983/1‑148 (MQ=255)
aGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAt > 1:2648529/1‑148 (MQ=255)
aGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAt < 2:1094512/148‑1 (MQ=255)
gCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAGATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAtt < 2:1601076/148‑1 (MQ=255)
gCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAtt < 1:965305/148‑1 (MQ=255)
ccTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGACTCGATTTTa > 2:264819/1‑148 (MQ=255)
ccTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTa > 2:2542663/1‑148 (MQ=255)
ccTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCC‑TCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTa > 2:1008732/1‑148 (MQ=255)
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GAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTT > SRR19973069.3136084/1‑150 (MQ=60)
GAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTT > SRR19973069.3135819/1‑150 (MQ=60)
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AAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATG < SRR19973069.2504600/150‑1 (MQ=60)
AAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATG < SRR19973069.3710572/150‑1 (MQ=60)
AAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATG < SRR19973069.1808755/150‑1 (MQ=60)
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ATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCG > SRR19973069.3323310/1‑150 (MQ=60)
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CAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAAT > SRR19973069.550336/1‑150 (MQ=60)
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ACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTA > SRR19973069.2564008/1‑150 (MQ=60)
ACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTA > SRR19973069.734169/1‑150 (MQ=60)
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GTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATC < SRR19973069.2007302/150‑1 (MQ=60)
GTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGAGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATC < SRR19973069.2871304/150‑1 (MQ=60)
AATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGT < SRR19973069.2190210/150‑1 (MQ=60)
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GCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTAC < SRR19973069.1985299/150‑1 (MQ=60)
AGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGG > SRR19973069.500806/1‑150 (MQ=60)
CTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAA > SRR19973069.2082399/1‑150 (MQ=60)
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GGTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTT > SRR19973069.3008839/1‑150 (MQ=60)
GTCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTA < SRR19973069.639823/150‑1 (MQ=60)
TCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAG < SRR19973069.3785527/150‑1 (MQ=60)
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AGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAG > CP009273/2526645‑2526943
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |