Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,552,461 |
A→G |
58.1% |
N82S (AAT→AGT) |
intZ → |
CPZ‑55 prophage; putative phage integrase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,552,461 | 0 | A | G | 58.1%
| 238.0
/ inf
| 318 | N82S (AAT→AGT) | intZ | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/74); new base G (100/84); total (160/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC > CP009273/2552313‑2552608
|
cTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGa > 2:2781911/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGa > 1:298737/1‑150 (MQ=255)
tGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGaa > 2:2153728/1‑150 (MQ=255)
tGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTa < 2:2606188/150‑1 (MQ=255)
gCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTaa < 1:3313324/150‑1 (MQ=255)
aTCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAAcc > 1:34326/1‑150 (MQ=255)
aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTg > 1:3274967/1‑150 (MQ=255)
aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg < 2:1598620/150‑1 (MQ=255)
aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg < 2:5088185/150‑1 (MQ=255)
aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg < 2:664244/150‑1 (MQ=255)
aaCGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTg > 2:3937773/1‑150 (MQ=255)
gTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAAc < 2:4481502/150‑1 (MQ=255)
cGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAg > 1:2864035/1‑150 (MQ=255)
aaTACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGccc < 1:157638/150‑1 (MQ=255)
aaTACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCAATGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGACAGTGGAATTAACCCAGTGGAAAAAGccc > 1:2778881/1‑150 (MQ=255)
aCTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCa < 1:1677376/150‑1 (MQ=255)
aCTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCa > 2:1781612/1‑150 (MQ=255)
gCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGa > 2:3244658/1‑150 (MQ=255)
aTTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGaaaa > 1:5087660/1‑150 (MQ=255)
ttCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGaaaaa < 1:3496500/150‑1 (MQ=255)
tCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAATGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAg < 2:1906315/150‑1 (MQ=255)
tCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAg < 1:4426293/150‑1 (MQ=255)
catgTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTGACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGc < 1:4506562/147‑1 (MQ=255)
gTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCAt < 2:5046968/150‑1 (MQ=255)
gTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCAt < 1:1465012/150‑1 (MQ=255)
gTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCAt > 1:828199/1‑150 (MQ=255)
tATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCAtt < 1:4697720/150‑1 (MQ=255)
tATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCAtt > 1:3659498/1‑150 (MQ=255)
aTTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTg < 2:876344/150‑1 (MQ=255)
aTTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTg > 1:5043764/1‑150 (MQ=255)
aTTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTg < 2:1564320/150‑1 (MQ=255)
tGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTTCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCTCAACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACACAGTGGAACAAGCCAGCAAGGAAAAAGACATAGAt > 1:377833/1‑150 (MQ=255)
tGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGAt < 2:2873354/150‑1 (MQ=255)
ggttGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATg < 2:570646/147‑1 (MQ=255)
ggCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATg < 1:533849/150‑1 (MQ=255)
gCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATgc < 2:1110254/150‑1 (MQ=255)
cTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATgcg < 2:1288526/150‑1 (MQ=255)
gAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCt > 2:1094034/1‑150 (MQ=255)
gAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCt > 1:3102254/1‑150 (MQ=255)
aTAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCCGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCa < 1:3748194/150‑1 (MQ=255)
tAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCaa > 2:4940501/1‑150 (MQ=255)
aaaCGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAAc > 2:4283633/1‑150 (MQ=255)
aaaCGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAAc > 1:70287/1‑150 (MQ=255)
aaaCGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAAc > 1:1340350/1‑150 (MQ=255)
aCGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACAt < 1:1278168/150‑1 (MQ=255)
cGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATg < 1:1928035/150‑1 (MQ=255)
cGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATg < 2:1405191/150‑1 (MQ=255)
agagTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATggc < 1:2531670/150‑1 (MQ=255)
agTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATggcgg < 1:1013082/150‑1 (MQ=255)
ttttGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAg < 2:81517/150‑1 (MQ=255)
gCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGAtt < 2:4119526/150‑1 (MQ=255)
gCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGAtt > 2:2072300/1‑150 (MQ=255)
gCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTaag < 1:2348398/150‑1 (MQ=255)
cATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTaagaa > 1:5204112/1‑150 (MQ=255)
aTTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTaagaag > 1:5245782/1‑150 (MQ=255)
tGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGt > 2:2226367/1‑150 (MQ=255)
ggAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTg < 1:426349/150‑1 (MQ=255)
tACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGaa > 1:212146/1‑150 (MQ=255)
ccGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGAc > 2:3186115/1‑150 (MQ=255)
cGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACt < 1:1908589/150‑1 (MQ=255)
tAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGt > 2:2716147/1‑150 (MQ=255)
tAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGt < 1:4822171/150‑1 (MQ=255)
aTCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGttt < 1:3201950/150‑1 (MQ=255)
aTCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGttt > 2:2750950/1‑150 (MQ=255)
acTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTAc < 2:4228301/150‑1 (MQ=255)
cTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTAcc > 2:5156010/1‑150 (MQ=255)
cTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTAcc < 1:2153728/150‑1 (MQ=255)
cAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATGTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAg > 2:3733097/1‑150 (MQ=255)
aagaagCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAggg > 2:3035133/1‑150 (MQ=255)
aagaagCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAggg < 2:4761156/150‑1 (MQ=255)
aagaagCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAggg < 2:1498378/150‑1 (MQ=255)
agaagCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGt > 1:2565385/1‑150 (MQ=255)
aagCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTg < 2:1964813/150‑1 (MQ=255)
agCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTgg < 1:5015007/150‑1 (MQ=255)
gCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGggt < 2:2009547/150‑1 (MQ=255)
cAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGggtg < 1:2792990/150‑1 (MQ=255)
cgcCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGa < 1:2436888/150‑1 (MQ=255)
gcCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGaa > 1:4116564/1‑150 (MQ=255)
aCGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATcc > 2:5039523/1‑150 (MQ=255)
aCGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATcc > 2:5322574/1‑150 (MQ=255)
aCGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATcc > 1:2038421/1‑150 (MQ=255)
ggAGAGCAGATCCCTTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCGCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTa > 1:1369044/1‑150 (MQ=255)
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agagCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACCTGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATg < 1:4629460/150‑1 (MQ=255)
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TTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCA < SRR19973062.2682001/150‑1 (MQ=60)
TTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCA < SRR19973062.4668573/150‑1 (MQ=60)
TTATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGCAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATATAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTAGCTACCAGGGAAGGAGGGTGGTCGGAAACCTATGCAAAACAGGACA > SRR19973062.4827692/1‑150 (MQ=60)
TTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCA < SRR19973062.5131654/150‑1 (MQ=60)
TATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAG < SRR19973062.2237509/150‑1 (MQ=60)
TATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAG > SRR19973062.1334256/1‑150 (MQ=60)
TATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAG > SRR19973062.3152067/1‑150 (MQ=60)
ATTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGA < SRR19973062.4547904/150‑1 (MQ=60)
GTGCCAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGAT < SRR19973062.982825/150‑1 (MQ=60)
TGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATC < SRR19973062.3560333/150‑1 (MQ=60)
CCAGTGGAGTTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGG > SRR19973062.2557064/1‑150 (MQ=60)
CAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC < SRR19973062.5304423/150‑1 (MQ=60)
CAGTGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC < SRR19973062.5304378/150‑1 (MQ=60)
CAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGATGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC < SRR19973062.4890554/150‑1 (MQ=60)
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TTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCTGAATAAACGAGAGTTTTTGCAGGCCATTGGAGTTTACCCGCTAATCACACTCAAAGAAGCACGCAGGCGCGCCACGGAGAGCAGATCCCTTATTGCCAATGGAATTAACCCAGTGGAACAAGCCCGCAAGGAAAAAGCCATTGATGCGCTCAACATGGCGGCAGGATTTAAGAAGGTGGCGGAAGACTGGTTTGCTACCAGGGTTGGAGGGTGGTCGGAATCCTATGCAAAACAGGTCAGATCGGC > CP009273/2552313‑2552608
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |