Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,792,318 |
C→A |
10.2% |
intergenic (‑464/‑205) |
stpA ← / → alaE |
DNA binding protein, nucleoid‑associated/alanine exporter, alanine‑inducible, stress‑responsive |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,792,318 | 0 | C | A | 10.2%
| 1237.8
/ 72.4
| 380 | intergenic (‑464/‑205) | stpA/alaE | DNA binding protein, nucleoid‑associated/alanine exporter, alanine‑inducible, stress‑responsive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (168/173); new base A (23/16); total (191/189) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.77e-01 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
TGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGAT > CP009273/2792169‑2792467
|
tGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACCCCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATc < 1:557416/150‑1 (MQ=255)
tACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCat > 2:3533685/1‑150 (MQ=255)
aCATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCata < 1:1860400/150‑1 (MQ=255)
aaTTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAatat < 1:929242/149‑1 (MQ=255)
aTTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATc < 1:4545702/150‑1 (MQ=255)
aTTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATc < 1:3109080/150‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCg < 2:721296/150‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCg < 2:5173354/150‑1 (MQ=255)
tCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCa < 1:4080466/150‑1 (MQ=255)
cTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGTCAt > 1:2082002/1‑150 (MQ=255)
cTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCAt > 2:4767232/1‑150 (MQ=255)
atttcATAAAAAATGCTTAAATTGACACAGCTACTACATACTCCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTACTTAGTGATATTAAAGGTAATGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCAt < 1:2996233/146‑1 (MQ=255)
tGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATg < 2:3860090/150‑1 (MQ=255)
ggCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGt > 2:3937478/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAAt < 1:1886118/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATc > 1:1012385/1‑150 (MQ=255)
gAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGt > 2:4140612/1‑150 (MQ=255)
aaTGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTATTGATATTAAAGGTAAGGCCATATATAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACa < 1:4669438/150‑1 (MQ=255)
aaTGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACa > 1:3207895/1‑150 (MQ=255)
aTGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACaa < 2:4991232/150‑1 (MQ=255)
tGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCCAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACaaa > 2:2684313/1‑150 (MQ=255)
gACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTTTAGCGTTACCTCACACCCAACCTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCGTTATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACaaaa < 2:1215444/150‑1 (MQ=255)
ccAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAAc < 1:5322415/150‑1 (MQ=255)
ctactaCATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGc > 1:2242547/1‑150 (MQ=255)
ctactaCATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGc < 1:1467764/150‑1 (MQ=255)
tactacATACACCGAATTCTCTACGATTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTTATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGcc < 1:2002402/150‑1 (MQ=255)
ctacATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGt > 1:734797/1‑150 (MQ=255)
tacatacaCCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGtt < 2:1448885/150‑1 (MQ=255)
cacCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGaa < 2:1794407/150‑1 (MQ=255)
acCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAat < 1:4131799/150‑1 (MQ=255)
gAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATAtt < 1:1934165/150‑1 (MQ=255)
aaTTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTTATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATAttt < 1:477616/150‑1 (MQ=255)
aTTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATAtttt > 1:2747478/1‑150 (MQ=255)
ttCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTa < 2:2946125/150‑1 (MQ=255)
ttCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTa > 2:3383141/1‑150 (MQ=255)
tctcTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTAt > 1:3481454/1‑150 (MQ=255)
tctACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCt < 1:13353/150‑1 (MQ=255)
tctACGCTTATAGAGTTACCTCACCCCCAAAATTACATTAGTGATATTAAAGTTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTTAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCt < 1:3887058/150‑1 (MQ=255)
ctACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTa < 1:1801082/150‑1 (MQ=255)
tACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATCTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTAc > 2:1865055/1‑150 (MQ=255)
ataGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACt > 1:2649209/1‑150 (MQ=255)
ttACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATTAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACtaa < 2:1468433/150‑1 (MQ=255)
aCCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGTTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACtaaat < 1:4515873/150‑1 (MQ=255)
ccTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACtaaata < 2:4449726/150‑1 (MQ=255)
tCACCCCAAAACTTTCATTATTGATATTAAAGTTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACtaaataaa < 2:5121969/150‑1 (MQ=255)
cccccAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTTAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAAt < 1:330334/150‑1 (MQ=255)
ccccAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAAtt < 1:789681/150‑1 (MQ=255)
ccccAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAAtt > 1:1052016/1‑150 (MQ=255)
ccAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAAtttt < 2:2184398/150‑1 (MQ=255)
ccAAAATTTCATTAGTTATATTAAAGCTAAGGCCATATCTAATTGATTTATTTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAAtttt < 2:4020527/150‑1 (MQ=255)
cAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAAttttt > 2:2071405/1‑150 (MQ=255)
aatttAATTATTGATATTAAAGGTAAGGACATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCAc < 1:4970598/148‑1 (MQ=255)
tttAATTAGTTATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTa < 1:1512495/150‑1 (MQ=255)
ttCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTaa > 2:3634980/1‑150 (MQ=255)
cATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAAtt < 2:851570/150‑1 (MQ=255)
aTTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTg > 1:3815989/1‑150 (MQ=255)
tattGATATTAAATGTAAGGCAATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAATAATCCACAATGTACAAATAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGAt < 2:2899777/147‑1 (MQ=255)
aGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGAtt > 1:4448304/1‑150 (MQ=255)
aGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGAtt > 1:4844790/1‑150 (MQ=255)
aGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGAtt < 1:1272762/150‑1 (MQ=255)
gATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGt < 2:3736523/150‑1 (MQ=255)
gATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGt > 1:5257534/1‑150 (MQ=255)
tatTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCa > 2:1116875/1‑150 (MQ=255)
tatTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCa < 1:4659074/150‑1 (MQ=255)
atTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCAt > 1:417069/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATa > 2:2528014/1‑150 (MQ=255)
aaaGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGc > 2:3442345/1‑150 (MQ=255)
aaGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGcc > 2:3172442/1‑150 (MQ=255)
aGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCa > 2:4886520/1‑150 (MQ=255)
ggTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAg < 2:4834172/150‑1 (MQ=255)
ggTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAg < 1:579074/150‑1 (MQ=255)
ggTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATAATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAg > 2:903956/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGc < 1:5127280/150‑1 (MQ=255)
tAAGGCAATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAACACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCg < 1:2277874/150‑1 (MQ=255)
aGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGat > 2:4243366/1‑150 (MQ=255)
gCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGatat > 1:4384098/1‑150 (MQ=255)
cATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATAc < 2:4344413/150‑1 (MQ=255)
atatCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACg < 2:526100/150‑1 (MQ=255)
atatCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACg > 1:196215/1‑150 (MQ=255)
atatCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACg < 1:1213307/150‑1 (MQ=255)
atCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCt < 2:4723291/150‑1 (MQ=255)
atCTAATAGAATTAATTAAAAATAAATCATATAGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTAAGGAATATTTTATCTACAAAAACTGAATAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATATCCAGCGATATACgat > 2:2608130/1‑148 (MQ=255)
cTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTAt > 1:2616066/1‑150 (MQ=255)
aaTTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCTCTAATGGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGc > 2:2800875/1‑150 (MQ=255)
tGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGaa > 1:4625604/1‑150 (MQ=255)
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cATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGACATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGAt > 1:5216059/1‑150 (MQ=255)
|
TGTACATTGTCTGGCATAAAAAATGCTGAAAATGACCCAGCTACTACATACACCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGAT > CP009273/2792169‑2792467
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
