Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,985,472 |
T→A |
26.5% |
F7Y (TTC→TAC) |
ygeH → |
putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,985,472 | 0 | T | A | 26.5%
| 658.3
/ 280.3
| 369 | F7Y (TTC→TAC) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (129/142); new base A (40/58); total (169/200) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
TTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATGATCA > CP009273/2985323‑2985621
|
ttAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAAtt < 2:657268/150‑1 (MQ=255)
gAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCat > 1:3813793/1‑150 (MQ=255)
aaCACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCata < 1:2338343/150‑1 (MQ=255)
acacAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCatat < 2:2903806/150‑1 (MQ=255)
acacAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCatat < 1:1485450/150‑1 (MQ=255)
cacaACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATc < 2:816036/150‑1 (MQ=255)
acaACCATAGATATGTCAAATTTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCa < 1:3380044/150‑1 (MQ=255)
acaACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCa < 2:185550/150‑1 (MQ=255)
caACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCAt > 2:4792428/1‑150 (MQ=255)
ccATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCAtttt > 1:4381886/1‑150 (MQ=255)
aTAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCt > 1:4925825/1‑150 (MQ=255)
aTAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCt < 2:173184/150‑1 (MQ=255)
aGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTg > 2:2801961/1‑150 (MQ=255)
aGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTg < 1:2476850/150‑1 (MQ=255)
gATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGa > 2:2752186/1‑150 (MQ=255)
atatGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAg > 1:3538082/1‑150 (MQ=255)
atatGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAg < 2:2945396/150‑1 (MQ=255)
tatGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAgg < 1:2648399/150‑1 (MQ=255)
cAAATGTAAGTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGACTAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAATAAACCACTTTTTTCCTAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTa < 2:4574551/150‑1 (MQ=255)
aaaTGTAATATCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTaa > 2:872440/1‑150 (MQ=255)
aaTGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAAc < 1:1274264/150‑1 (MQ=255)
aTGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACg > 1:5210925/1‑150 (MQ=255)
tAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTc < 2:1153596/150‑1 (MQ=255)
tAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTc < 2:4680397/150‑1 (MQ=255)
aTTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCAc < 1:4943836/150‑1 (MQ=255)
aGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATgg > 1:4257989/1‑150 (MQ=255)
gCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGa < 2:2339498/150‑1 (MQ=255)
gCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGa < 1:785855/150‑1 (MQ=255)
gTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAAt > 2:581383/1‑150 (MQ=255)
gTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAAt > 1:602973/1‑150 (MQ=255)
ttAATGACACATATCTCTGAATAGCCTTAATTTCTATTGCTTAAGCAGGAGGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAAtt < 2:1412379/150‑1 (MQ=255)
ttAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAAtt < 1:1001601/150‑1 (MQ=255)
ttAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAAtt < 1:4783299/150‑1 (MQ=255)
tAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATGGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTc > 2:1164780/1‑150 (MQ=255)
aaTGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCt < 2:735477/150‑1 (MQ=255)
aTGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCtt < 2:2413244/150‑1 (MQ=255)
tGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTa < 2:2881754/150‑1 (MQ=255)
gACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTAc > 2:3417647/1‑150 (MQ=255)
acacATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACt > 2:5035128/1‑150 (MQ=255)
cacaTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTc > 2:2063737/1‑150 (MQ=255)
acaTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCa > 2:5157569/1‑150 (MQ=255)
caTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCaa > 2:1305635/1‑150 (MQ=255)
aaTATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGACGATGGAATGCTTACTCAAGGac > 2:3866946/1‑149 (MQ=255)
aaTATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGaa > 1:3681927/1‑150 (MQ=255)
aaTATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGaa < 1:2237966/150‑1 (MQ=255)
atGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGACATg > 2:3957451/1‑150 (MQ=255)
atGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATg < 2:4025026/150‑1 (MQ=255)
atGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATg < 1:3193454/150‑1 (MQ=255)
atGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATg > 1:4433356/1‑150 (MQ=255)
aaTAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGc > 1:104849/1‑150 (MQ=255)
tAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCaa < 1:3548746/150‑1 (MQ=255)
aGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAg < 2:4154529/150‑1 (MQ=255)
aTAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTta > 1:983973/1‑150 (MQ=255)
aTAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTta < 2:1512013/150‑1 (MQ=255)
aTAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTta > 2:229023/1‑150 (MQ=255)
aaTTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTtata > 2:4320339/1‑150 (MQ=255)
tttCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATAtt < 2:3159864/150‑1 (MQ=255)
tATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCcac > 2:3583401/1‑150 (MQ=255)
ttAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAag < 2:2513305/150‑1 (MQ=255)
aaGCAGGATGCAATAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAagag < 1:3978882/150‑1 (MQ=255)
aGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTAAg > 2:2194643/1‑150 (MQ=255)
aGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAg > 1:4060800/1‑150 (MQ=255)
aTGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGgtg > 2:1355115/1‑150 (MQ=255)
aaGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCTCGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTAtt > 2:2249811/1‑150 (MQ=255)
aaGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTAtt > 2:4052361/1‑150 (MQ=255)
aaGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTAtt > 1:4498935/1‑150 (MQ=255)
aaGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTAtt < 2:3333989/150‑1 (MQ=255)
aGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTa < 1:1814100/150‑1 (MQ=255)
gAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTaa > 2:964874/1‑150 (MQ=255)
gAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTaa > 1:51382/1‑150 (MQ=255)
aaaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAAt < 1:1138627/150‑1 (MQ=255)
aaaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAAt < 1:4830330/150‑1 (MQ=255)
aaaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATAGTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAAt < 2:309531/150‑1 (MQ=255)
aaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATa > 2:2004137/1‑150 (MQ=255)
aaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATa < 1:1305971/150‑1 (MQ=255)
ccAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGt < 1:1676711/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTAtt < 2:3773804/150‑1 (MQ=255)
ttttttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTa < 2:3008436/150‑1 (MQ=255)
tttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACtt > 1:4512834/1‑150 (MQ=255)
tttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACtt < 1:3070174/150‑1 (MQ=255)
ttCATAGAGGATAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTAATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCCAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTg < 2:442878/150‑1 (MQ=255)
cATAGATGTTAACTAATTGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGATTGATTAACGATCACGGAATATGGAATTCTTACTCAAGTAAATGATCAAGTTTATATTCCAAAGAAATATTTAGTTGTATTAATATTATTACTTTaa > 1:2941880/1‑150 (MQ=255)
cATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGaa > 1:3325099/1‑150 (MQ=255)
cATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGaa > 2:5268583/1‑150 (MQ=255)
aTAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAAt > 2:3246183/1‑150 (MQ=255)
agagGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATcc < 1:2812651/150‑1 (MQ=255)
gagGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCg > 1:2007234/1‑150 (MQ=255)
tAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGt > 1:460292/1‑150 (MQ=255)
cTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAt > 1:2725814/1‑150 (MQ=255)
tAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtg > 2:4883257/1‑150 (MQ=255)
aaTGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtgt < 2:3509688/150‑1 (MQ=255)
tGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtgttg < 2:3814633/150‑1 (MQ=255)
aaaaTAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAg > 1:1345022/1‑150 (MQ=255)
aataaatTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGat < 1:358833/150‑1 (MQ=255)
ataaatACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGata < 1:872525/150‑1 (MQ=255)
taaatACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGatat > 2:128267/1‑150 (MQ=255)
taaatACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGatat < 1:2052161/150‑1 (MQ=255)
aaatTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATg < 2:3674889/150‑1 (MQ=255)
atTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATGat > 1:3408216/1‑150 (MQ=255)
tctcATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATGatca < 2:4263134/150‑1 (MQ=255)
|
TTAGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATGATCA > CP009273/2985323‑2985621
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
