Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,985,472 |
T→A |
14.7% |
F7Y (TTC→TAC) |
ygeH → |
putative transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,985,472 | 0 | T | A | 14.7%
| 640.0
/ 89.9
| 231 | F7Y (TTC→TAC) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (109/88); new base A (24/10); total (133/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATGATC > CP009273/2985325‑2985620
|
aGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATtc < 2:627420/149‑1 (MQ=255)
aGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATtc < 1:4081268/149‑1 (MQ=255)
aGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATtc < 2:4057900/149‑1 (MQ=255)
aGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATtc < 1:1375793/149‑1 (MQ=255)
tGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATtctc < 1:3516600/149‑1 (MQ=255)
aaCACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCat > 2:303340/1‑149 (MQ=255)
cacaACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCatat < 1:3752543/149‑1 (MQ=255)
caACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCa < 1:2955441/149‑1 (MQ=255)
caACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCa < 1:611814/149‑1 (MQ=255)
aTAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTc < 1:1972496/149‑1 (MQ=255)
aGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCtt < 1:701199/149‑1 (MQ=255)
aGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCtt < 1:2501445/149‑1 (MQ=255)
gATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTg < 1:1785541/149‑1 (MQ=255)
tatGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAg < 1:1339614/149‑1 (MQ=255)
atGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAgg < 1:102069/149‑1 (MQ=255)
tCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGAt < 1:2400073/149‑1 (MQ=255)
cAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGAtt > 1:4048559/1‑149 (MQ=255)
cAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGAtt > 1:1538533/1‑149 (MQ=255)
tGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACg > 2:719923/1‑149 (MQ=255)
tGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACg > 2:32376/1‑149 (MQ=255)
gTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGc < 2:2042510/149‑1 (MQ=255)
ttCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACg > 2:3684364/1‑149 (MQ=255)
ccTGTAGCTTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGa < 1:1228606/149‑1 (MQ=255)
cTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGaa < 1:1595468/149‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAg < 2:3231842/149‑1 (MQ=255)
tGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAg > 1:2189339/1‑149 (MQ=255)
aGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATg < 2:1074491/149‑1 (MQ=255)
gCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATgg < 1:1668259/149‑1 (MQ=255)
gCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATgg < 1:3393178/149‑1 (MQ=255)
gTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGaa < 2:3256891/149‑1 (MQ=255)
aTGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCt < 1:3829499/149‑1 (MQ=255)
tGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCtt < 2:1141653/149‑1 (MQ=255)
acaTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTc > 1:3515742/1‑149 (MQ=255)
caTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCa < 2:2244289/149‑1 (MQ=255)
caTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCa > 2:2965383/1‑149 (MQ=255)
aTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCaa > 2:1940149/1‑149 (MQ=255)
aTAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCaa > 1:4088568/1‑149 (MQ=255)
tAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAg < 2:543383/149‑1 (MQ=255)
aaaTATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAgg > 2:849272/1‑149 (MQ=255)
aaTATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGa < 1:751004/149‑1 (MQ=255)
tatGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGaaa > 1:3153865/1‑149 (MQ=255)
aaTAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTATTACTCAAGGAAATGAg > 2:3177817/1‑149 (MQ=255)
aGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCaa < 1:3972934/149‑1 (MQ=255)
aGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAAACAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCaa < 1:531840/149‑1 (MQ=255)
gtcATAATTTGTTTTGGATATGCAGGCAGCTAGAAACGAATTTTTACAAAGAGGATAACAAATGGACTTAGATAATAATTACTCATATCATATTCAAGAGGGATAAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAg < 2:2219861/147‑1 (MQ=255)
gCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAg > 1:2311463/1‑149 (MQ=255)
cATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGtt > 1:1434150/1‑149 (MQ=255)
cATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGtt < 2:3629138/149‑1 (MQ=255)
aTAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGttt > 2:1698235/1‑149 (MQ=255)
tAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTta > 1:546450/1‑149 (MQ=255)
tttCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTatat > 1:3133304/1‑149 (MQ=255)
tCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTc < 1:242997/149‑1 (MQ=255)
aGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAagag > 1:1152724/1‑149 (MQ=255)
aGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTAATCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTa > 2:2119912/1‑149 (MQ=255)
aTGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAggg > 2:2699406/1‑148 (MQ=255)
tGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGgtg < 1:2821568/149‑1 (MQ=255)
gCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGgtgt > 1:1657304/1‑149 (MQ=255)
gCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGgtgt > 1:1918490/1‑149 (MQ=255)
cAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTa < 2:3878085/149‑1 (MQ=255)
cAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTa > 1:2859618/1‑149 (MQ=255)
gAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTa > 2:134711/1‑149 (MQ=255)
aaaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTaa > 2:2907948/1‑149 (MQ=255)
aaaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTaa < 2:1246386/149‑1 (MQ=255)
aaaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTaa < 2:791339/149‑1 (MQ=255)
aaCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAAt > 1:1753774/1‑149 (MQ=255)
aCCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATa > 2:309459/1‑149 (MQ=255)
ccAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAg > 1:3268308/1‑149 (MQ=255)
cAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGt > 1:271928/1‑149 (MQ=255)
aaTTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTa > 2:34119/1‑149 (MQ=255)
ttttttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTAtt > 1:1292870/1‑149 (MQ=255)
ttttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTAc < 2:1307181/149‑1 (MQ=255)
ttttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTAc > 1:958342/1‑149 (MQ=255)
tttCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACt < 2:519645/149‑1 (MQ=255)
aTAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGaa < 1:1843964/149‑1 (MQ=255)
aTAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGaa > 1:2475230/1‑149 (MQ=255)
aTAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGaa > 1:2692600/1‑149 (MQ=255)
tAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAAt < 1:3341738/149‑1 (MQ=255)
agagGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATAATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATc < 2:1658991/149‑1 (MQ=255)
agGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCg > 2:3967101/1‑149 (MQ=255)
agGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCg > 1:2736285/1‑149 (MQ=255)
ggTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGc < 1:3860976/149‑1 (MQ=255)
gTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCt > 2:2885642/1‑149 (MQ=255)
gTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCt > 1:1126052/1‑149 (MQ=255)
ttAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTg > 2:2636209/1‑149 (MQ=255)
ttAACTAATGGACTTAGAAAATAAATACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTg > 2:2405972/1‑149 (MQ=255)
aaTGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtg < 2:4088568/149‑1 (MQ=255)
tGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtgtt > 2:1065927/1‑149 (MQ=255)
tGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtgtt > 1:874332/1‑149 (MQ=255)
ggACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCAtgttg > 2:1426059/1‑149 (MQ=255)
aCTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTa < 1:3619229/149‑1 (MQ=255)
aCTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTa < 1:2053182/149‑1 (MQ=255)
cTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTAc > 1:19318/1‑149 (MQ=255)
cTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTAc > 1:3631636/1‑149 (MQ=255)
aGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGa > 2:4074120/1‑149 (MQ=255)
aaaaTAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGaaa < 2:2492012/149‑1 (MQ=255)
aaataaatACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAg > 2:3391086/1‑149 (MQ=255)
taaatTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGata > 2:3524/1‑149 (MQ=255)
taaatTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGata > 1:1003063/1‑149 (MQ=255)
aaatACTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGatat < 1:927818/149‑1 (MQ=255)
aatTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATGTTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATg < 1:1070081/149‑1 (MQ=255)
|
AGTGAACACAACCATAGATATGTCAAATGTAATTTCCTGTAGCGTTAATGACACATAAATATGAATAGCCATAATTTCTATTGCTTAAGCAGGATGCAAGAAACCAATTTTTTCATAGAGGTTAACTAATGGACTTAGAAAATAAATTCTCATATCATTTTCTTGAGGGATTAACGCTCACGGAAGATGGAATTCTTACTCAAGGAAATGAGCAAGTTTATATTCCACAGAAAGAGTTAGGTGTATTAATAGTATTACTTGAATCCGCTGGTCATGTTGTACTGAAAGATATGATC > CP009273/2985325‑2985620
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
