Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
634,078 |
T→A |
17.4% |
intergenic (‑49/‑323) |
dsbG ← / → ahpC |
thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 634,078 | 0 | T | A | 17.4%
| 607.8
/ 111.0
| 235 | intergenic (‑49/‑323) | dsbG/ahpC | thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (129/65); new base A (23/18); total (152/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGG > CP009273/633932‑634226
|
gTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTAt > 1:3507379/1‑149 (MQ=255)
tAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATc > 2:3852668/1‑149 (MQ=255)
ccTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTc > 1:3651946/1‑149 (MQ=255)
tGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCAt > 2:1354228/1‑149 (MQ=255)
tGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCAt > 1:3557193/1‑149 (MQ=255)
agcGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAagag < 1:650738/147‑1 (MQ=255)
aTCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAagag < 2:3287582/149‑1 (MQ=255)
tCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGc < 2:1422952/149‑1 (MQ=255)
cGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCt < 1:3472749/149‑1 (MQ=255)
cGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCt > 2:1989683/1‑149 (MQ=255)
gCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCtt > 1:1233771/1‑149 (MQ=255)
gCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCtt > 1:2105699/1‑149 (MQ=255)
ttttACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAg < 2:2814559/149‑1 (MQ=255)
tACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATc < 1:1893019/149‑1 (MQ=255)
cTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAg < 1:1699944/149‑1 (MQ=255)
tGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAgg < 1:407300/149‑1 (MQ=255)
cAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGAtt < 2:1447903/149‑1 (MQ=255)
aGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTg > 2:1134571/1‑149 (MQ=255)
ggAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGc > 1:2142451/1‑149 (MQ=255)
aGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCt < 2:169166/149‑1 (MQ=255)
ccTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGt > 1:1629809/1‑149 (MQ=255)
tctGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGttt < 2:2168963/149‑1 (MQ=255)
gCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATg > 1:2421354/1‑149 (MQ=255)
aaGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAgg > 2:1949403/1‑149 (MQ=255)
aaGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAgg < 2:54575/149‑1 (MQ=255)
aGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAggg < 1:1349675/149‑1 (MQ=255)
aGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAggg < 1:3401487/149‑1 (MQ=255)
aTTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGtgttg > 2:3882747/1‑149 (MQ=255)
gCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTaa < 2:3452404/149‑1 (MQ=255)
gCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTaa > 1:3049851/1‑149 (MQ=255)
ggAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATcc > 1:399499/1‑149 (MQ=255)
ggAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATcc > 1:2467749/1‑149 (MQ=255)
gCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGt < 1:3787764/149‑1 (MQ=255)
gagCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCgt < 1:1963962/149‑1 (MQ=255)
gagCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCgt < 1:3875127/149‑1 (MQ=255)
ccAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCgttgt < 1:2582956/149‑1 (MQ=255)
gTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGc > 2:68340/1‑149 (MQ=255)
tAATAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTTTAATCCATGTCGTTGTTGCa < 2:1774970/149‑1 (MQ=255)
aaaaGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCAt > 2:1184397/1‑149 (MQ=255)
aaaaGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCAt < 2:3703482/149‑1 (MQ=255)
aGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTg > 2:1434801/1‑149 (MQ=255)
gTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGt > 2:3524979/1‑149 (MQ=255)
gTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGt < 2:1629809/149‑1 (MQ=255)
gTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGt < 2:99231/149‑1 (MQ=255)
tATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTa > 2:1917097/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTaa > 2:2336915/1‑149 (MQ=255)
aTCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTaa > 1:773879/1‑149 (MQ=255)
tCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAg > 2:3225639/1‑149 (MQ=255)
ttAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTGTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAac > 1:3741333/1‑149 (MQ=255)
ttAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACAGTCATAGTTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTGTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCAGTTGTAAGGGCAac > 1:1386629/1‑149 (MQ=255)
aaCATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAacac > 2:333428/1‑149 (MQ=255)
cATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTTTAAGGGCAACACCt > 1:289399/1‑149 (MQ=255)
aTTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTc > 2:930692/1‑149 (MQ=255)
aTTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTc > 1:240002/1‑149 (MQ=255)
aTTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTc < 2:2292390/149‑1 (MQ=255)
ttAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCa > 2:3625138/1‑149 (MQ=255)
ttAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCa < 1:1482561/149‑1 (MQ=255)
aaTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGc < 1:2057250/149‑1 (MQ=255)
aaTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGc > 1:1451473/1‑149 (MQ=255)
aaTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGc > 1:3434044/1‑149 (MQ=255)
aTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGcc > 1:1559142/1‑149 (MQ=255)
aTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGcc > 2:2076106/1‑149 (MQ=255)
aTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGcc < 1:999248/149‑1 (MQ=255)
aTTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGcc > 1:4101073/1‑149 (MQ=255)
ttGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTg > 1:3185826/1‑149 (MQ=255)
tGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgc > 1:1195343/1‑149 (MQ=255)
tCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcag > 2:3054246/1‑149 (MQ=255)
tCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcag < 1:900931/149‑1 (MQ=255)
tCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcag > 2:2638282/1‑149 (MQ=255)
ccTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcagg < 1:1059840/149‑1 (MQ=255)
cTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcaggc > 2:1499312/1‑149 (MQ=255)
ttttCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcaggca < 2:2759486/149‑1 (MQ=255)
tttCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTgcaggcag > 1:2000557/1‑149 (MQ=255)
ttCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGcaggcagg > 1:2616649/1‑149 (MQ=255)
tcagtcagTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCaggcaggc < 1:3852668/149‑1 (MQ=255)
gtcagtGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACt < 1:2657033/149‑1 (MQ=255)
gtcagtGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACt > 1:4086414/1‑149 (MQ=255)
aaaGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATAcc > 1:3376165/1‑149 (MQ=255)
aaaGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATAcc > 1:2244852/1‑149 (MQ=255)
aaaGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATAcc > 1:170742/1‑149 (MQ=255)
aaaGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATAcc > 1:2824612/1‑149 (MQ=255)
aGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCaa > 2:382819/1‑149 (MQ=255)
aGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCaa > 2:3257630/1‑149 (MQ=255)
gTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCaaa > 2:821503/1‑149 (MQ=255)
aGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGt < 1:333428/149‑1 (MQ=255)
tAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAg < 1:3416126/149‑1 (MQ=255)
aaaaGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGt > 2:1877747/1‑149 (MQ=255)
aaaGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGtt > 2:1738917/1‑149 (MQ=255)
aaaGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGtt > 1:3376101/1‑149 (MQ=255)
aGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCa > 1:203887/1‑149 (MQ=255)
ggCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAg > 1:2799941/1‑149 (MQ=255)
cATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGTAGATACCAAAGGGTAGTTCAGAt > 1:1081620/1‑149 (MQ=255)
cATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGAt > 1:1080746/1‑149 (MQ=255)
cATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGAt > 1:1829614/1‑149 (MQ=255)
aTAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGAtt > 1:156636/1‑149 (MQ=255)
aTAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGAtt > 1:2973945/1‑149 (MQ=255)
aCCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTaca > 2:247281/1‑149 (MQ=255)
aCCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTaca > 2:3756234/1‑149 (MQ=255)
aCCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTaca > 2:2416195/1‑149 (MQ=255)
ccTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTTTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCAGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTacac > 1:3108770/1‑149 (MQ=255)
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GTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGG > CP009273/633932‑634226
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
