Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,222,970 |
T→A |
100% |
N299Y (AAT→TAT) |
dusC ← |
tRNA‑dihydrouridine synthase C |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,222,970 | 0 | T | A | 98.6%
| 696.8
/ ‑0.7
| 211 | N299Y (AAT→TAT) | dusC | tRNA‑dihydrouridine synthase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (113/95); total (115/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GGGAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATTATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCGCCCTGCTTTTCCAGACGGGTATATTTTTGCAGCAAAG > CP009273/2222825‑2223113
|
gAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCa < 1:3340975/149‑1 (MQ=255)
aaCGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGGGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAANATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCaa > 1:2081804/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCaa > 1:781189/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCaa > 2:1231007/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCaa > 1:2946/1‑149 (MQ=255)
ggCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGaa > 2:1497819/1‑149 (MQ=255)
ggCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGaa > 2:3217479/1‑149 (MQ=255)
ggCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGaa > 2:3219442/1‑149 (MQ=255)
gCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAAc < 2:2920547/149‑1 (MQ=255)
ttttGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGc < 1:3736174/149‑1 (MQ=255)
aCGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGaaa < 2:1811812/149‑1 (MQ=255)
aCGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGaaa < 1:507630/149‑1 (MQ=255)
aCGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGaaa > 1:3783658/1‑149 (MQ=255)
gCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAaata < 1:3636933/149‑1 (MQ=255)
ccaccaAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATTATTCAACACCCGAACATGCTGAaataa > 1:1920183/1‑149 (MQ=255)
caccaAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAaataat < 2:349189/149‑1 (MQ=255)
accaAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAAtt < 2:1224849/149‑1 (MQ=255)
caAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTcc > 2:2674727/1‑149 (MQ=255)
aacaacCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGt < 1:1363111/149‑1 (MQ=255)
aacCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGc > 1:1476459/1‑149 (MQ=255)
aacCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAAAACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGc > 1:3770005/1‑149 (MQ=255)
acCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCt > 1:2651498/1‑149 (MQ=255)
acCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCt > 2:3966566/1‑149 (MQ=255)
acCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCt < 2:3614077/149‑1 (MQ=255)
gTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCa > 2:3657639/1‑149 (MQ=255)
gCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATc < 2:356487/149‑1 (MQ=255)
ggCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGt > 2:4010741/1‑149 (MQ=255)
gCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTa < 2:1320964/149‑1 (MQ=255)
cTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTagt < 2:2272305/149‑3 (MQ=255)
cTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTAtt < 2:1532179/149‑1 (MQ=255)
tATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTc > 2:2458211/1‑149 (MQ=255)
tATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTc > 2:1189227/1‑149 (MQ=255)
tATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATACCCCTTGCAATATCAGGGGACTAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTc > 2:389578/1‑149 (MQ=255)
ttGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCtt > 1:4097682/1‑149 (MQ=255)
ttGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCtt < 1:2235570/149‑1 (MQ=255)
aTAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTAc > 1:2624028/1‑149 (MQ=255)
tAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACg > 1:2345617/1‑149 (MQ=255)
aaGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCa > 2:450605/1‑149 (MQ=255)
agCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAAt > 1:2659945/1‑149 (MQ=255)
agCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAAt > 2:304507/1‑149 (MQ=255)
cTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATaa > 2:3332270/1‑149 (MQ=255)
aatacaTTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACt > 2:13896/4‑149 (MQ=255)
cacaTTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCa < 1:469482/149‑1 (MQ=255)
acaTTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCaa > 1:1166738/1‑149 (MQ=255)
caTTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAAc > 2:2348045/1‑149 (MQ=255)
tGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCAc < 2:2515351/149‑1 (MQ=255)
tGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCAc < 2:2515061/149‑1 (MQ=255)
tCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTg > 1:973818/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTgat > 2:3051332/1‑147 (MQ=255)
aaaaaaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGtt < 1:725363/149‑1 (MQ=255)
aaaaaaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGtt < 1:2396839/149‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTATCGATATCAATAGCCTAAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCAGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCCAATAACTCAACCACTGttt > 2:3523243/1‑149 (MQ=255)
aaaaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTa < 1:262832/149‑1 (MQ=255)
aaaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTaa > 2:3315759/1‑149 (MQ=255)
aaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGACTAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAAt > 2:3789927/1‑149 (MQ=255)
aaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAAt < 1:3160030/149‑1 (MQ=255)
aaCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAAATCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAAt > 2:899626/1‑149 (MQ=255)
aCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATc < 2:703045/149‑1 (MQ=255)
aCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATc < 1:2460336/149‑1 (MQ=255)
aCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATc > 1:2280447/1‑149 (MQ=255)
aCATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATc > 2:4076052/1‑149 (MQ=255)
cATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATcc < 1:2370545/149‑1 (MQ=255)
cATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATcc < 1:3965606/149‑1 (MQ=255)
cATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATcc < 1:314781/149‑1 (MQ=255)
cACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCcgcg > 2:2750554/1‑149 (MQ=255)
aCTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCgcgc > 1:1529691/1‑149 (MQ=255)
cTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCa > 1:892972/1‑149 (MQ=255)
cTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCa > 2:3115958/1‑149 (MQ=255)
ggTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGt < 2:3715293/149‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGt < 2:1331308/149‑1 (MQ=255)
agagTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAAc > 2:3098442/1‑149 (MQ=255)
gagTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAAcc < 1:2882663/149‑1 (MQ=255)
agTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAAccc > 2:425153/1‑149 (MQ=255)
agTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAAccc < 2:2084585/149‑1 (MQ=255)
agTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAAccc < 2:163320/149‑1 (MQ=255)
ttCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGt < 1:1018498/149‑1 (MQ=255)
ttCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGt > 1:2842908/1‑149 (MQ=255)
tctcGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTa > 2:1784018/1‑149 (MQ=255)
tctcGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTa > 2:1373504/1‑149 (MQ=255)
tcGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGtctc > 1:4014916/1‑149 (MQ=255)
cGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCg > 1:2219962/1‑149 (MQ=255)
tatCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCGccc > 1:732922/1‑149 (MQ=255)
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AACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATC < SRR19973068.3179774/150‑1 (MQ=60)
AACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATC < SRR19973068.3179450/150‑1 (MQ=60)
AACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATC < SRR19973068.3178269/150‑1 (MQ=60)
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ACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCC < SRR19973068.2476032/150‑1 (MQ=60)
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GGAATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCGCCCTGCTTTTCCAGACGGGTATATTTTTGCAGCAAAGC < SRR19973068.351992/150‑1 (MQ=60)
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ATAATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCGCCCTGCTTTTCCAGACGGGTATATTTTTGCAGCAAAGCAAC > SRR19973068.2425307/1‑150 (MQ=60)
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GGGAACGCCTCGGCAATTTTGACGCCACCAAACAACCGTGCGGCCTATTGATAAAGAGCTAACACATTGTCAAAAAACATCACTATGGTTTTTTAGAGTTTCTCGATATCAATTGCCTGAATAGCCCTTGCAATATCAGGGGAATTATTCAACACCCGAACATGCTGAAATAATTCCGTTGCTTCATCGTATTCTTTACGCAAATAACTCAACCACTGTTTAATCCGCGCAACGTGATATAACCCGGTATCGCCCTGCTTTTCCAGACGGGTATATTTTTGCAGCAAAGCAAC > CP009273/2222825‑2223117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
