Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
435,336 |
G→T |
60.4% |
Q100K (CAG→AAG) |
dxs ← |
1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 435,336 | 0 | G | T | 60.4%
| 136.2
/ inf
| 260 | Q100K (CAG→AAG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/39); new base T (86/71); total (150/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GACACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGC > CP009273/435187‑435483
|
gACACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTg < 1:1360424/150‑1 (MQ=255)
caGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACgg > 1:2506094/1‑150 (MQ=255)
aGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGa > 2:357758/1‑150 (MQ=255)
tGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGc < 1:3314629/150‑1 (MQ=255)
gcggcgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGcc < 2:4802059/150‑1 (MQ=255)
cggcgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCg < 2:3940076/150‑1 (MQ=255)
gcgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGag > 1:3782850/1‑149 (MQ=255)
gATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGAttt > 2:4497323/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtttt > 1:4299088/1‑150 (MQ=255)
tttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTc < 1:2510652/150‑1 (MQ=255)
tttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTc < 1:4282357/150‑1 (MQ=255)
tttGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTc > 1:1094625/1‑150 (MQ=255)
ttcttTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCgcggcg > 1:4464156/1‑150 (MQ=255)
cttTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTc > 2:431867/1‑150 (MQ=255)
ttttCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCg < 1:4719051/150‑1 (MQ=255)
cGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCa < 1:3543295/150‑1 (MQ=255)
ggCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCaa > 1:4351002/1‑150 (MQ=255)
cagcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCaaaa > 1:1024163/1‑150 (MQ=255)
agcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAt < 1:3112610/150‑1 (MQ=255)
gcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtt > 1:299496/1‑150 (MQ=255)
aCCTCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTa < 1:3093709/150‑1 (MQ=255)
aCCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTa > 1:4835485/1‑150 (MQ=255)
cGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATg < 1:3630957/150‑1 (MQ=255)
gCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGc > 2:4761193/1‑150 (MQ=255)
gCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGc > 2:1627044/1‑150 (MQ=255)
cAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCg < 1:541088/150‑1 (MQ=255)
cAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCg < 1:3713665/150‑1 (MQ=255)
cAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCg > 2:1619852/1‑150 (MQ=255)
aaTACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 2:3484513/1‑150 (MQ=255)
aaTACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 1:666736/1‑150 (MQ=255)
aaTACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 2:199534/1‑150 (MQ=255)
tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGAt < 1:3018569/150‑1 (MQ=255)
tACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGAt > 1:1463590/1‑150 (MQ=255)
ccAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATaa > 2:2301371/1‑150 (MQ=255)
ccAAGTCGGTCACTGATTGAGGTTGATGATTGCCCGACGCTTTATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCTGACCGCCTTTCTGTCGTATGGTGCCGATTTTTTCGCGGCGTCCTTTAAAAATTTTATGCGGAtta < 2:3432264/150‑3 (MQ=255)
aTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGcc > 1:4069421/1‑150 (MQ=255)
aTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGcc > 1:1592169/1‑150 (MQ=255)
ttCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCt > 1:2376616/1‑150 (MQ=255)
ccGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGa < 1:4627120/150‑1 (MQ=255)
cGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGAt > 1:2613990/1‑150 (MQ=255)
ggCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAATCCTGATg > 1:4158297/1‑150 (MQ=255)
cTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGcccc < 2:2597989/150‑1 (MQ=255)
aTGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCcaca > 2:1224607/1‑150 (MQ=255)
tGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACAt > 2:1765370/1‑150 (MQ=255)
ggAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATc < 2:518027/150‑1 (MQ=255)
ggAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATc > 2:2165762/1‑150 (MQ=255)
ggTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCa < 1:1403328/150‑1 (MQ=255)
ggTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCa < 1:377788/150‑1 (MQ=255)
tgatgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAAt > 1:3853590/1‑150 (MQ=255)
atgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCa < 1:962865/150‑1 (MQ=255)
atgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCa > 2:3250160/1‑150 (MQ=255)
atgaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCa > 2:3078624/1‑150 (MQ=255)
gaATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAAt > 1:1849237/1‑150 (MQ=255)
aaTGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAAtt > 2:2529424/1‑150 (MQ=255)
ccGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCa > 2:2916411/1‑150 (MQ=255)
cTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACggg > 1:4856527/1‑150 (MQ=255)
tAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgt > 2:2094707/1‑150 (MQ=255)
aaTACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtg > 1:4099759/1‑150 (MQ=255)
aTACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGgtgt > 2:3788621/1‑150 (MQ=255)
tACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACTGGGtgtt < 1:2665455/150‑1 (MQ=255)
tACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACCGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGtgtt > 1:4601464/1‑150 (MQ=255)
aCGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGtgttg < 2:3176187/150‑1 (MQ=255)
gTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTa < 2:3741638/150‑1 (MQ=255)
tCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATCAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAg > 2:3369977/1‑150 (MQ=255)
cATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGa > 1:3934141/1‑150 (MQ=255)
cGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGt > 1:3771683/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATACGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACCTAGTg > 2:3255292/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTg > 2:4266789/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTg > 2:825130/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTg < 1:1907469/150‑1 (MQ=255)
cTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGc > 2:4841493/1‑150 (MQ=255)
tttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCa > 2:1963549/1‑150 (MQ=255)
ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAg > 1:2781807/1‑150 (MQ=255)
ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAg > 2:4276136/1‑150 (MQ=255)
ttCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAg < 1:2292564/150‑1 (MQ=255)
cgcgCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCa > 1:1155678/1‑150 (MQ=255)
cgcCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACg > 1:3242910/1‑150 (MQ=255)
gcCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCCAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACgg > 1:4152930/1‑150 (MQ=255)
ccACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGt < 2:3131070/150‑1 (MQ=255)
cACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTc > 2:2742579/1‑150 (MQ=255)
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GACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCA < SRR19973081.333615/150‑1 (MQ=60)
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ACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAG < SRR19973081.2726654/150‑1 (MQ=60)
ACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAG < SRR19973081.2726658/150‑1 (MQ=60)
GCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCC < SRR19973081.360208/150‑1 (MQ=60)
GCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTCGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCC > SRR19973081.704108/1‑150 (MQ=60)
GCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCC > SRR19973081.4732561/1‑150 (MQ=60)
GCCATTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGACGCGGCGTCAGGTCAAAATTTTATTCGGATAATCCTGATGCCCCACATCCCAAAACAAAAGGTAAAAAGGGGAGATGTATACATAGTGCAGCGCCACTGTCAGatctaccgagccaagcac > SRR19973081.2265580/1‑132 (MQ=60)
CTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGG > SRR19973081.1662142/1‑150 (MQ=60)
CTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGG < SRR19973081.3800567/150‑1 (MQ=60)
CTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGG < SRR19973081.2465489/150‑1 (MQ=60)
TCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGG > SRR19973081.1984411/1‑150 (MQ=60)
TCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGG < SRR19973081.4312385/150‑1 (MQ=60)
CTGACGGTTGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAACCGTGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGC < SRR19973081.3806076/150‑1 (MQ=60)
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GACACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGC > CP009273/435187‑435483
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |