Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
46 |
290.7 |
5144628 |
99.3% |
5108615 |
130.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,194 |
2 bp→TA |
coding (143‑144/672 nt) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,194 | 0 | C | T | 76.8%
| 1837.8
/ inf
| 1024 | T48I (ACG→ATA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/113); new base T (351/428); total (481/543) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.03e-01 |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,195 | 0 | G | A | 76.6%
| 1806.8
/ inf
| 1028 | T48I (ACG→ATA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/115); new base A (355/425); total (483/545) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.10e-03 |
Only 100 of 1029 total aligned reads displayed.
TCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACA > AssemblyC74_contig_12/59060‑59323
||
cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGtt > 2:1136718/1‑134 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 2:523339/135‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 1:599463/135‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGgc < 2:1471307/135‑1 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCt > 1:1341961/1‑135 (MQ=255)
ggTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCtt < 1:2460365/135‑1 (MQ=255)
aTCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGt > 1:2233353/1‑135 (MQ=255)
aTCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGt > 1:2085628/1‑135 (MQ=255)
gATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTc < 1:943600/135‑1 (MQ=255)
aTCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCt < 1:2526782/135‑1 (MQ=255)
tCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCt > 2:2092642/1‑134 (MQ=255)
cTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTAc < 2:1221148/135‑1 (MQ=255)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTg < 2:484812/134‑1 (MQ=38)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTg < 1:798159/134‑1 (MQ=38)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTg < 2:2345854/134‑1 (MQ=255)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTg < 1:1379767/134‑1 (MQ=255)
aaCACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTg < 1:1463398/134‑1 (MQ=255)
gACACCTCCTGGTGTTTGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCCCAGCTGTCTGTCTTCTTTCGATCTCAATCTCGTTTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCGACCAGCTGATacac < 2:1905316/135‑1 (MQ=25)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCTATCTCAAACTCGATTGGTGTAGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1720625/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTCTTGGCGCGTGGGTTTCTACCAGCTGATatgt < 2:421149/135‑4 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATatgt < 1:2184313/135‑4 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:1679621/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:1643959/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1299568/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:1303830/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatg > 2:1372320/1‑132 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCCTGGGTTTCTACCAGCTGATatgt < 2:2386577/135‑4 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:1651885/135‑1 (MQ=255)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:332530/135‑1 (MQ=255)
acCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgctc < 1:562006/134‑6 (MQ=37)
ccGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTc > 2:362424/1‑116 (MQ=255)
cTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTgg > 2:1419503/1‑133 (MQ=25)
cTGGTGTAAGTCGGTTTTCGTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTgg > 1:755225/1‑133 (MQ=25)
cTGGTGTAAGTCGATTTTCATTCGGCAATACAACCACCGCTGTCTGACGTCTTTCGATCTCCAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGGTTCTACCAGCTGATACACTCCTgg > 1:1155030/1‑133 (MQ=37)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:2146761/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 2:841424/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:38313/1‑135 (MQ=25)
gtAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTaa > 2:2129628/1‑134 (MQ=25)
gtAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTaa > 2:1186582/1‑134 (MQ=25)
aaGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCtt < 2:1745625/98‑1 (MQ=255)
aaGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTAc > 2:2483469/1‑108 (MQ=255)
ggttttctTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCATCTGATATGCACCTGGTGCTAAACCGTCAa < 2:1978627‑M2/133‑2 (MQ=255)
ggttttctTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 1:1501998‑M2/133‑2 (MQ=255)
ggttttCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTc < 2:2412401/98‑1 (MQ=255)
ttctttcGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattg > 2:57450‑M2/1‑130 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 2:645432‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 1:909112‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgc < 1:1612032‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgc < 2:2290552‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCAGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGAATGTTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGc > 1:491071/1‑135 (MQ=255)
tctttcGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:1432727‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:1672831‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATatgc > 1:662417/1‑107 (MQ=37)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:1902161‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAatttcc < 1:2423092‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:1051854‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:419696‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc > 2:392387‑M2/1‑129 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCAGCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACAGTCAattgcc < 1:853479‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgct < 1:716521‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATAGGTGTCGCATCTAAATCATACACTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgac < 2:768468‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTACGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATAACCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACAAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgct < 2:2049924‑M2/135‑7 (MQ=255)
ttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagt > 1:1789110‑M2/1‑126 (MQ=255)
gTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttt < 2:2530717‑M2/134‑12 (MQ=255)
tCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttc > 2:734598‑M2/1‑122 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 1:54542‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 1:2328562‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccat > 2:1525180‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccat > 1:1189168‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttccat > 2:2151169‑M2/1‑119 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct > 1:1263686‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct > 1:1132604‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGATGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct > 2:1608669‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgct > 1:2036347‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgct > 2:2243101‑M2/1‑114 (MQ=255)
tGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCAGACCCTATTGGCGCTTGTGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAACCCGTCAgtggccagttttgcatctgctcctgtagt < 1:1084149‑M2/135‑30 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgttgtt < 1:2385682‑M2/135‑31 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 1:100120‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 2:1849681‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 1:1753318‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:930373/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtta > 2:871405‑M2/1‑104 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtta < 2:1777428‑M2/135‑32 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATAGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1021719/85‑4 (MQ=18)
cTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggtta < 2:1259035‑M2/134‑32 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccat > 2:245506‑M2/1‑102 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttaga > 1:2290552‑M2/1‑102 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttaga > 1:261695‑M2/1‑102 (MQ=255)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTg < 2:1999812/76‑1 (MQ=18)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTg > 1:1999812/1‑76 (MQ=18)
gACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAc > 2:2189678/1‑135 (MQ=14)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacc > 1:1961379‑M2/1‑100 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaaccggtt > 2:1020370‑M1/1‑127 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAAAccggtt < 2:1809209/135‑5 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt > 2:273183/1‑131 (MQ=17)
ctctCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGc < 2:1573388/66‑1 (MQ=17)
ctatCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGc > 1:1573388/4‑69 (MQ=17)
aaaCTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1846994/66‑4 (MQ=11)
tCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaa < 2:1060944‑M2/134‑75 (MQ=255)
ccGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaaca < 2:698521‑M2/131‑79 (MQ=255)
||
TCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACA > AssemblyC74_contig_12/59060‑59323
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
