Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R2
|
44 |
314.5 |
5848508 |
99.3% |
5807568 |
128.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AssemblyC74_contig_12 |
59,194 |
2 bp→TA |
coding (143‑144/672 nt) |
rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 ← |
Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,194 | 0 | C | T | 77.8%
| 2416.9
/ inf
| 1293 | T48I (ACG→ATA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (158/128); new base T (469/535); total (629/664) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.21e-01 |
| * | AssemblyC74_contig_12 | 59,195 | 0 | G | A | 77.3%
| 2356.6
/ inf
| 1301 | T48I (ACG→ATA) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Putative peptidoglycan bound protein (LPXTG motif) Lmo2178 homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (161/133); new base A (469/531); total (631/670) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-03 |
Only 100 of 1304 total aligned reads displayed.
TCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACA > AssemblyC74_contig_12/59060‑59323
||
cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGtt > 2:2263230/1‑134 (MQ=255)
cGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGtt > 2:1227020/1‑134 (MQ=255)
gCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTgg > 2:1407005/1‑135 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTgg > 1:1759199/1‑134 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 2:1745924/135‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc < 2:2310008/135‑1 (MQ=255)
ttGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgcg < 2:2093241/134‑1 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCt > 1:464727/1‑135 (MQ=255)
tGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCt > 1:751646/1‑135 (MQ=255)
ggTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCtt < 1:1477348/135‑1 (MQ=255)
gTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTg > 1:1418381/1‑135 (MQ=255)
cTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc < 2:2046060/135‑1 (MQ=38)
cTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTAc < 2:119408/135‑1 (MQ=255)
cTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTAc < 2:929966/135‑1 (MQ=255)
tttGTCAAAACGACACCGCCTGGTGTAAGTCTATTTTATTTCTTATATTCTACCACCGGTGTTTGACTTCTTTAGATATCAATCTCGATTGGTGTCGCTTCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTAcc < 2:1704491/135‑1 (MQ=25)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCTGTTTTCTTTCGTCTATTCTACCTCCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGTGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:425462/135‑4 (MQ=25)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATatgt < 2:113583/135‑4 (MQ=38)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGTTatg > 2:2134437/1‑132 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:988784/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:217950/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1814482/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:2196677/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:2490290/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 2:512484/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATatg > 1:2081066/1‑132 (MQ=38)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:814105/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1008366/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc < 1:1334158/135‑4 (MQ=37)
gACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:1076933/135‑1 (MQ=255)
cTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTgg > 2:2427295/1‑133 (MQ=25)
cTGGTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc > 2:2010828/1‑124 (MQ=37)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 1:104495/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAcc > 2:884324/1‑114 (MQ=38)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc > 2:130397/1‑113 (MQ=38)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc < 1:935433/113‑1 (MQ=38)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 2:1829222/1‑135 (MQ=25)
ggTGTAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCt > 2:1557439/1‑135 (MQ=25)
ggTGAAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCAGATATGCTCCTGGTGCt > 1:2038983/1‑135 (MQ=25)
gtgtAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTa < 2:83375/135‑1 (MQ=25)
gtAAGTCGGTTTTCTTTCGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTaa > 2:1867260/1‑134 (MQ=21)
gtAAGTCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc > 1:851162/1‑119 (MQ=37)
aaGTCGATTTTCATACTTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACATCATACTATCACAAAATCGATTGGAGTCGAAAACAATTCATAAACCGTTTGCGCTTTGTAGTCTACCAGCATATACAATCCTGGAGCTAAGca > 2:537802/1‑134 (MQ=255)
tCGGTTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTc > 1:1614698/1‑135 (MQ=21)
cggttttCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc < 2:69184/101‑1 (MQ=37)
ggttttctTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 1:423463‑M2/133‑2 (MQ=255)
ggttttctTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 2:2573521‑M2/133‑2 (MQ=255)
ggttttctTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 1:257863‑M2/133‑2 (MQ=255)
ggttttctTTCGTCAATTCAACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAa < 1:2680544‑M2/133‑2 (MQ=255)
ttctttcGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 1:1194708‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgc < 1:1278192‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGATAAACCGTCAattgc < 1:1667821‑M2/135‑6 (MQ=255)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAAATCATACCCTATTGGAGCTTGAGTTTCTACCAGCTGAAATGCTACTGGTGCTaa > 2:2721762/1‑123 (MQ=21)
ttctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgc < 1:23603‑M2/135‑6 (MQ=255)
tctttcGTTAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 2:1083539‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgcc < 1:2247159‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTAc < 1:2751194/98‑1 (MQ=37)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATatgc > 2:793061/1‑107 (MQ=25)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgct < 1:230805‑M2/135‑7 (MQ=255)
tctttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgct < 1:1371440‑M2/135‑7 (MQ=255)
ttcGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATATGTTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagt > 1:538080‑M2/1‑126 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCTCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 1:1704049‑M2/1‑120 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 2:2670966‑M2/1‑120 (MQ=255)
aaTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttcc > 2:1640222‑M2/1‑120 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCt < 1:886523/86‑1 (MQ=37)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccat > 1:2863319‑M2/1‑119 (MQ=255)
aTTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttccat > 2:2894141‑M2/1‑119 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct > 1:360432‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct > 1:304879‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttccatcttct > 1:1921609‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgctagttttccatcttct > 2:1034458‑M2/1‑114 (MQ=255)
accaccGCTGTCTGACTTCTTACGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTTCCAGCTGTGATTCTCCTGTTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCAtcttct < 1:789163/135‑1 (MQ=18)
ccGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctg > 1:2134248‑M2/1‑110 (MQ=255)
cGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgt > 1:704652‑M2/1‑109 (MQ=255)
cTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtgg > 2:751646‑M2/1‑107 (MQ=255)
cTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtgg < 1:1561270‑M2/135‑29 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt > 1:185146‑M2/1‑105 (MQ=255)
gTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATCGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCTAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt < 2:486030/135‑1 (MQ=17)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGgc > 1:2503596/1‑59 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtta < 2:145312‑M2/135‑32 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc > 2:1527187‑M2/1‑104 (MQ=255)
tCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttcc < 1:1527187‑M2/118‑15 (MQ=255)
tGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttct < 1:1132643‑M2/123‑22 (MQ=255)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAattgccagttttccatcttctcctgtagtt < 1:635306‑M2/130‑31 (MQ=255)
aCTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAaacc > 2:2618234‑M1/1‑131 (MQ=255)
tcttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggt < 2:2846144/135‑4 (MQ=14)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTc < 1:488170/62‑1 (MQ=255)
cttTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTGTCTACCCGCTGATATGCTCCTGGTGATAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGTTAGAccggtt < 1:2633559/135‑5 (MQ=14)
ttCGATCTCAAACTCGATTGGCGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactg > 2:2805715‑M2/1‑94 (MQ=255)
cGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgca > 1:2004154‑M2/1‑92 (MQ=255)
gATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTcc < 2:352342/105‑1 (MQ=14)
tcAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTc < 1:281642/53‑1 (MQ=255)
tcAAACTCGATTGGTGTCGCATCTAATTCATACCCTATTGGCGCTTGAGTTTCTACCAGCTGATATGCTCCTGGTGCTAAACCGTCAATTGCCAGTTTTCCATCTTCTCCTGTAGtt > 1:582396/1‑117 (MQ=11)
tcAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 2:1955177/68‑1 (MQ=255)
cATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATacac < 1:1955862/40‑1 (MQ=255)
cATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaa > 1:2437281‑M2/1‑59 (MQ=255)
aTACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgt < 2:235695‑M2/84‑27 (MQ=255)
tACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaaca > 2:601685‑M2/1‑57 (MQ=255)
tACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaaca > 2:1342277‑M2/1‑57 (MQ=255)
tACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaaca > 2:1490835‑M2/1‑57 (MQ=255)
tACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAatcgccagttttccatctgctcctgtggttagacctgactgcagaacggttccattggcatcttgtaactcaaaaaca > 2:1929881‑M2/1‑57 (MQ=255)
||
TCTCCGCTTTGGTCATCGATCTTTGTCAACACGACACCGCCTGGTGTAAGTCGATTTTCTTTCGTCAATTCTACCACCGCTGTCTGACTTCTTTCGATCTCAAACTCGATTGGTGTCGCATCCAATTCATACCCCGTTGGCGCTTGGGTTTCTACCAGCTGATACACTCCTGGTGCTAAGCCGTCAATCGCCAGTTTTCCATCTGCTCCTGTGGTTAGACCTGACTGCAGAACGGTTCCATTGGCATCTTGTAACTCAAAAACA > AssemblyC74_contig_12/59060‑59323
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
