Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
71,877 |
A→G |
18.0% |
E176G (GAG→GGG) |
yabI → |
DedA family inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 71,877 | 0 | A | G | 18.0%
| 120.9
/ 3.7
| 56 | E176G (GAG→GGG) | yabI | DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/35); new base G (8/3); total (17/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGG > NC_000913/71642‑72109
|
ctTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGGTATTCCTT‑CCGGAATGC‑CGAGC‑GGTGAggt > 1:192362/1‑237 (MQ=255)
aaCTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGGTCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCGGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTTGCGGGCGCTGCGCTCGATATTCCTG‑CCGGGATGC‑AGGGC‑GGTGAGGTTAAATGGt > 1:915249/1‑239 (MQ=255)
aaCTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGGTTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑CAAGC‑GGGGGGTTTAAAAGGt > 1:814182/1‑239 (MQ=255)
cTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGACTATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCCGGGATTCTGGCGGGCGGGGGGGCCGGATTTTCTG‑CCGGGATGCGAGGGG‑GGTGGGTTTAAAggggt > 2:711018/1‑237 (MQ=255)
cTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGGGCGGGGTTCGCATTTCCTT‑CCGGGATGC‑CAGGC‑GGTGGGGTTTAATGGtgt > 1:116112/1‑237 (MQ=255)
tcatgaaccaagttttttCCCCAGTTTGGTGGGGCTTTTTTGTGGCCCGCCGCGTCCGCTGGGGACATGGGTGGGGGTAATGTTGGGTCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATTTGATCGGCGGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAg < 2:346976/223‑1 (MQ=255)
gCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCCACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAAAGCGGGATCGGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTTTTGGCGGCCTGCTGTGGGCGCCGTTTTCGTTCCTGCCCGGGATTTTGGCGGGCGCGGGGATCCATTATCTTG‑CCGGGGAGG‑AGCGG‑GGCGAGTTTGAATTGTTGTTACTGGTCACAg > 2:560501/1‑239 (MQ=255)
aTCAACACAGCATGTTCCCCATTCTGGTCGGTTGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCg < 1:197183/239‑1 (MQ=255)
aTCAACACAGCATGTTCACCATGCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGGGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCg < 1:711018/239‑1 (MQ=255)
aacccggcgttttCCCCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAAGGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGgtg < 1:907308/228‑1 (MQ=255)
gCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGCATATTATCGCCTGCCTGCTTGGGCCGCCGTTTTACTTCCTCCCAGGGATTTTGGCGGGGGCGGGGATCGTGATTCCTG‑CCGGCGTTG‑AGAGG‑GGGGAGTTTAAATGGTGTGTCCTGGGAACACGGGGGtttttt > 2:673102/1‑238 (MQ=255)
gCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGCGCCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GAGGGGTTTAAATGGGTGCTGCTGGCAACACGGGGGGTTTtg > 1:17002/1‑239 (MQ=255)
cATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCCCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGGGC‑GGTGAGGTTGAATGGTTGGTGCTGGCAACAGGGGGGgtttttt > 1:584822/1‑237 (MQ=255)
gtcggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGTCGGGAATGCTGGGTCTGCCGGCGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGGTTTACTTTCCGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGGGATGGCATGTCCTG‑GCGGAAGGC‑GGAGG‑GGGGGGGTTTAATGGGTGCTGGTGGCAACGGGGGGGGTTTTGgggggcggggggggggg > 2:727129/1‑226 (MQ=255)
gtcggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGACTGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCCGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGGGGTCGCGATTTCTG‑CCGGGATGC‑AGAGC‑GGGGGGGTTTAATGGGGGGTGGTGGCGACCGCGGGGttttttggggggggggggggggg > 2:847778/1‑221 (MQ=255)
gtcggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTTGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCCGCCAGCTGTGGTCGCCGGTTTACTTCCTTCCAGGGATTCTGGCGGGGGCGGGGATCGATATTTCTG‑CCGGAATTG‑AGAGC‑GGGGGGTTTAAAATGTTGCTGTTGCGGCCAGCGGTGTTTTTGTgggggggggggtgggt > 2:619397/1‑226 (MQ=255)
ggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGCTATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGGGGGGTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGGGTTTTTGTGGGTTGGGGgctggctggg > 1:281678/1‑237 (MQ=255)
ttttGTTGGCGCGTCGGTTCCGCTGTTGCCATGGGTGGGGGGAATGGGGGATTGGCGGGGGGTAAAATTTATTACGCAGAATATGATGGGCTGCCGGGTGGGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGc < 2:192362/239‑1 (MQ=255)
gccggggggTCCGGTGGTCGAAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCGGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATgg < 1:220770/230‑1 (MQ=255)
ccgccgGGTCGGCTGGTGCCAATGGGGGCGTGAATGCTGGATCTGCGGGTGGCTAAATTTATTACGCTGAATATGATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGgcg < 1:762029/239‑1 (MQ=255)
ccGGCGCGTCCGCTGGGGCCAAGGGGGGCGGTAATGTCGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATTTTATCGGCTGCCGGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGgcg < 1:133705/239‑1 (MQ=255)
ccGCGGGTGCCAATGGGGGCGGAAATGCTGTACCTGCCGGTGGCTAAATTTAGTACGCTGAATATTAGCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTa < 1:619397/238‑1 (MQ=255)
ggTGCCATTGGGGGGGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTCCGCCGAATATTATGGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGa < 1:902768/239‑1 (MQ=255)
ggcaaaggggggCGGGAATGCTGGATTTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCTTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGa < 1:810372/227‑1 (MQ=255)
gggcttcTGGTTGTGGCGGTGCTTATATTTATGTCGCCGAATTTTAGCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTCCGTCCGGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTc < 2:915249/232‑1 (MQ=255)
gCCGGGGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTAGTGGCTGCCGGCGGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCcgcg < 1:501880/239‑1 (MQ=255)
tatttttttgccccgattttttgcggcggCCTGCTGTGGCCGCCTTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTttgtt < 2:821722/216‑1 (MQ=255)
cGAATTTTCTCGTGTGCTTGTTGTTGCCGCCGTTTTACTTCCGGCCAGGGATTCTGGAGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCg < 2:116112/239‑1 (MQ=255)
aaTATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTaa < 1:428307/179‑1 (MQ=255)
ttatCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTc < 1:636541/195‑1 (MQ=255)
gtCGGCTGCCTGTTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTc < 1:292877/238‑1 (MQ=255)
gcctgcTGTGGCCGCCGTTTTCCTTCCGGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCAt < 1:475756/238‑1 (MQ=255)
cctgcTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGGGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTTTTGCGGCGC‑GGGAAAACGACTGGCCGTTTGTGTCATTATTTTTTCCGCGGGCGGTTGTTTTGGCTG‑TCACCCGTGGTTTTTGCCCTCg > 1:483794/1‑239 (MQ=255)
gccgTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGGTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTTTGGGGCCGCGGGTGAAGGGACGGCCCGTTTGAGGATTTATTTTTCCCCCGG‑GGTTTGTTTGGGGTGCTCGCCTTTGTTTTTTGTTATCGGCGgggg‑gggg > 2:690553/1‑237 (MQ=255)
tcttttTCTTTCTGGCAGGGTCTTTGGGGTGCGGGGGGATCTGGTTTCCTG‑CCGGAATGA‑AGGGCGGGTGTGTTT‑AATGGTTGCTGCTGGCACCAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCtg < 2:814182/237‑1 (MQ=255)
ggATTCTGGCGGGCGGGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGGGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCa < 1:690487/238‑1 (MQ=255)
gATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑GCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGcc < 1:394374/236‑1 (MQ=255)
ggggggggcggggcgTTGGATTTCCCGG‑GCGGAATGC‑AGAGG‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCGGCTGGCAACAGCGGTGTTGTTGGGGGTGGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGGTCGAGTCATTATGTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGtt < 2:666934/234‑1 (MQ=255)
gggcgCGGCGTTCGATATTCCTG‑CCGGAATTC‑AGAGG‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGGGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGc < 2:248822/239‑1 (MQ=255)
gggcgCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATg < 1:298896/238‑1 (MQ=255)
gcgcGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGcc < 1:673102/238‑1 (MQ=255)
cgcgGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGGGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCg < 1:690553/238‑1 (MQ=255)
cggggtctggtttCCTGTCCGGAATGG‑AGAGG‑TGTGAGTTTAAATGGGTGCTGCGGGCAACAGCGGTTTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGGGGTTATGGAGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGgtg < 2:847784/228‑1 (MQ=255)
cgatATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATc < 1:510042/238‑1 (MQ=255)
cctggctgaatgggggggggTGGGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACGGGGGTTGTTTTGGGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATAtttt < 2:584822/221‑1 (MQ=255)
ccGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTTTGGGGCCGC‑GGTAAAACGACTGGCCGGTTTGGTCCTTTTTTTTTCCCCGGGCGTTTTTTTTGGCTG‑GAGGCCTTGTTTTTTTCCCTCTGCGTGGT‑GGTGGCGGGTGGGGTTATTTGCCCCCCCGTGGTTCCGGGGGtatagagtatttttgtg > 2:430375/1‑226 (MQ=255)
ggAATGC‑AGAGG‑GGTTGGTTTAAATGGTTGGTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGGTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTaa < 1:460988/239‑1 (MQ=255)
aaTGC‑AGGGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTaaa < 1:727129/238‑1 (MQ=255)
aaTGC‑AGAGC‑TGTGAGTTTAAATGGGTGCGGGTGGCAAGCGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTGTGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTaaa < 1:127304/238‑1 (MQ=255)
aaTGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTaaa < 1:352672/238‑1 (MQ=255)
c‑AGTGC‑GTTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGTGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGTTGGGTGTGGTGGCGGTTCTGGCGCATC‑GGTAAAGCGAGTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGGCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:455359/239‑1 (MQ=255)
agagC‑GGTGAGTTGAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTAGGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:560501/238‑1 (MQ=255)
ggC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGGGGTGTTTTTGGGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTAGGGCGGAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTg < 1:76586/237‑1 (MQ=255)
ggC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGGGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTg < 1:170192/237‑1 (MQ=255)
agC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGGGCAGG‑GGGGAAGGGGATGGCCGGTTGAGTCATTTTTTTTTCCCCGGGCGGTTGTTTTGGCGG‑AGGCCCGTGGTTTTTGGCATCGCCGCGGTGGG‑GGCTGGGGGGGTTTATTTGCCCCCCCTTGTTGCCGGTGTatatgcaattattgtgtgagagggggg > 2:149648/1‑216 (MQ=255)
gggTGGGTTTAAATGGTTGCTGCGGGCAACCGCGGTGTTTTTGGGGGTTGGTGGCTGGCTGGGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTAGTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTggg < 1:275083/237‑1 (MQ=255)
aGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTTTGgcg > 1:783867/1‑73 (MQ=255)
aGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGgcg < 2:783867/73‑1 (MQ=255)
|
CTTGATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAATGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCGCGGCGATCGATATTCCTG‑CCGGAATGC‑AGAGC‑GGTGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAACAGCGGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCAGC‑GGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTG‑ACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGT‑GG‑CGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGG > NC_000913/71642‑72109
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
