Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
71,877 |
A→G |
28.7% |
E176G (GAG→GGG) |
yabI → |
DedA family inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 71,877 | 0 | A | G | 28.7%
| 117.5
/ 9.7
| 73 | E176G (GAG→GGG) | yabI | DedA family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/35); new base G (20/3); total (35/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAG > NC_000913/71645‑72115
|
gATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGCAATTCCTGCCGGAATG‑CGGAG‑CGG‑GGGGTTTaa > 1:581658/1‑239 (MQ=255)
ctgacctggCGTTGCATCAACCCAGCCGGTTCCCCATTCTGGGCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTtg < 1:219131/231‑1 (MQ=255)
cTGAACATGCGTTGCATTAAAACAGCATGTTCCCCATTCTGTCCGGTCGTTTTTTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTtg < 1:310680/239‑1 (MQ=255)
cTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCTGGCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCCGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGGGGTCGGGATTTCTTCCGGAATG‑GAGCG‑CGG‑GGGGGTTaaaaaggtg > 2:398388/1‑233 (MQ=255)
aaCATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGGAATTCCTGCCGGAATG‑CGAGG‑CGG‑GGGGTTTAAATGGTtgcgt > 1:957111/1‑237 (MQ=255)
aaCATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGGGTTTAAATGGTtgct > 1:840812/1‑238 (MQ=255)
aCATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGCTATTCCTGCCGGAATG‑CAGAC‑CGG‑GGAGTTTAAATGGTtgttgc > 1:518468/1‑239 (MQ=255)
gCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACCCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTTTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTTTGGCGGGCG‑CGGCGAGCGGTATTCCTGCCGGAATG‑CAGGG‑CGG‑GGGGTTTAAATTGTtgctgggggg > 2:1077152/1‑234 (MQ=255)
ttGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGGTCTGCCGGTTGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCCGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCCGGGGTTTTGACGGGGG‑CGGCGCTCGCTATTCCTGCCCGAATG‑CAGAG‑CGG‑GGGGGTTAAAAGGTTGCGGGTGGGaag > 2:897071/1‑238 (MQ=255)
gCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTTGCGGGCG‑CGGCGGTCGATATTCCTTCCGGGATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAg > 1:229850/1‑239 (MQ=255)
gCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGGG‑CGGCGATCCATATTCCTACCGGAAAG‑CAAGG‑CGG‑GGAGGTTAAATGGTtgtggcggggaaaag > 2:922965/1‑226 (MQ=255)
ccatcacagcggcgtGTTCCCCTTTGTGGCCGGTTGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAg < 1:417835/225‑1 (MQ=255)
aacccgacttgtccacatttCTGGCGGGTCTTTTTGTTGGCCCGACGGGTCCGGTGGTGCCAATGGTGGGGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑Ggtg < 1:398388/221‑1 (MQ=255)
cacaGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑GGGGGTTAAATGGTTGCTGCTGGGAA‑CAGC‑GGGGtt > 1:385275/1‑239 (MQ=255)
caGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGGG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGGGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGGGtttt > 1:55706/1‑239 (MQ=255)
gCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCGGCCTTCTGTGGCCGCCGGTTTACTTCCCGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGCTCGTCATTCCATCCGGACTG‑CAGAGAGGG‑GGAGTTTAAA‑GGGTCCTGCTCGCAA‑AGGCGGGTGttttg > 2:389074/1‑238 (MQ=255)
gCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTTCCGGAAAG‑CAGAG‑CGG‑GGGGTTTCAAATGTTTCGGCTGGGAA‑CAGC‑GGGGTTTTtg > 1:712150/1‑239 (MQ=255)
gCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGGTTTACTTCCTGCCCGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGGGACCGGCATGCCTGCCCGAATG‑GAGGG‑GGG‑GGGGGTTAAAAGGGTGCATGTGGGCA‑CAGG‑GGGGttttgg > 2:587021/1‑237 (MQ=255)
cATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGGGTTCGTAATTCCTGCCGGAATG‑AAAAG‑CGG‑GGGGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGGGGTTTtgt > 1:359668/1‑239 (MQ=255)
cATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGGGCGATATTCCTGCCGGCATG‑CAGAG‑CGG‑TGGGTTTAAATTGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGGGGTTTtgt > 1:1071324/1‑239 (MQ=255)
cATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTATTACGCGGAATATTATCGGCTGCCTGCTTGGGCCGCCGGTTTATTTCCCGCCCGGGATCTTGGCGGGGC‑CGGGCGTCGCAATTTCTGCCCGGATT‑GAGAG‑GGG‑GGGGGTTAAAAGGTGGGCGATGGCAC‑AAGG‑GGGGttttttg > 2:350604/1‑237 (MQ=255)
attgtccccttgtggggtggtggtTTTGTTGGCCCGACGGGTCCGCTGGGCCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTCCGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTtgt < 1:1077152/220‑1 (MQ=255)
gTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGGTCGGTATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑GGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGGGGTTTTGTggg > 1:485930/1‑239 (MQ=255)
tCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGCTATTCCTGCCGGAATG‑GCGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGGTGCTGGGAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGtt > 1:194748/1‑239 (MQ=255)
tCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑GGGGTTTAAATGGTGGCGGCTGGCAA‑CACC‑GGGGTTTTTTTGGGtt > 1:397860/1‑239 (MQ=255)
tCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTTTTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGGGGGCGCCGTTTTAATTTCTTCCAGGGATTCTTGCGGGGGCCGGGGCTC‑TTATTCCCTCCGGGAAG‑CACAG‑GGGTTGGGTTTAAA‑GGTTGGCGCTGGGAA‑AAGC‑GGGGTTTTTGTggggt > 2:810075/1‑237 (MQ=255)
cATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CCGAG‑CGG‑TGGGTTTAAATGGGTGCTGCTGGCAA‑CCGC‑GGGGTTTTTGGGGGTtggtg > 1:989278/1‑239 (MQ=255)
aTTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGTTATTCCTGCCGGAATG‑CCGAG‑CGG‑TGAGGTTAAATGGTTGTCGCTGGCAA‑CACC‑GGGCGTTTTGTGGGTtggtgg > 1:313650/1‑239 (MQ=255)
aTTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATTGGCTGCCTGCTGGGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCCGGGGTTCTGGCGGGCG‑CGCGGATCGCTATTCCCGCCGGTGTG‑CGGCA‑CGG‑GGGGTTTTTATGGTGGTCGCTGGCAACCGGC‑GGGGTTTTT‑TGGGGtggggg > 2:299033/1‑239 (MQ=255)
aTTCTGGTCGGTCGATTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TTCTGGTTCTGTCGGTGGCTAAATTTATTACCCCGGATATTATCGGCTGCCTGCTGTTGCCGCCGTTTTCCTTCCTGCCCGGGCTTTTGGCGGGGC‑CGGGGAGCCACATTTCTGTCGGGATT‑CAGAT‑GGG‑GGTGTTTTAATTGGGTCTTATGGGAC‑AAGC‑GGTGGTTTTGTGGGTtggggg > 2:538728/1‑239 (MQ=255)
gtcggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTTTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGGTCGGTATTCCTTCCGGAATG‑CAGGG‑CGG‑GGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGtgtggggggg > 1:965284/1‑227 (MQ=255)
gtcggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCCGCCGGGGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCTGGCTGCTGTGGCCGCCGGTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGCTCGTTATTCCTGCCGGAATG‑CATGG‑CGG‑GGAGGTTAAATGGTCGCTGCTGGCCA‑AAGC‑GGGGTTTTTTGGGGGGGgtgggtgggg > 2:142506/1‑237 (MQ=255)
tcggtcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGGGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGGTCGGTATTTCTGCCGGGATG‑CAGGG‑CGG‑GGGGGTTAAAAGGTTGCGGGTGGCAA‑CAGG‑GGGGTTTTTGTgggggggggggtggggg > 2:748423/1‑225 (MQ=255)
tcgTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGGTCGGTATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGGTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTTGGGGGTGGTggctggcttg > 1:196524/1‑234 (MQ=255)
ccGGCGCGTCCGCTGGGGCCAATGGTGGCGGAAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGTTAAATTTATTCCGCCTAATATTACCGGCTGCCGGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGgcg < 1:1035436/239‑1 (MQ=255)
ccGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGGATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCCGGGATTCTGGCGGGGG‑CGGCGGTCGGGATTCCTGCCGGGAGGCCAGA‑‑CGG‑GGGGTTTAAATGGTTTGGGCCGGGCA‑CAGG‑GGGGTTTTTTTGGGGGGGTGGGGGGGGGTGCTGgggggggtgggg > 2:92705/1‑231 (MQ=255)
cggcgggtgcGCTGGTGCCAATGGGGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTCCGCCGAATATTAGCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGgcg < 1:994438/229‑1 (MQ=255)
gccgcgTCCGTTGGTGTCATTGGTGGGGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTTTTGCGCCGAATTTTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCa < 2:551167/237‑1 (MQ=255)
aCGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGGA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCCCCGTTTTAATTCCTTCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGCCCCGCATTCCTCCCCGTATT‑CACAC‑CGG‑GGGGTTTAAATGGGTGCTGCTGGGCA‑CCGC‑GGGGTTTTTGTGGGGGGGGggcttgcttgggtgggggggaggtgggac > 2:268551/1‑218 (MQ=255)
ccAGTGGGGGCGGGAA‑TGCGGGTTCTGCCGGTGGCTAATTTTTTTCCGCGAAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGa < 2:55706/239‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGGGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTTTTgcgcgcggcgaaaagagccggccg > 1:868108/1‑219 (MQ=255)
gtggCGGGAT‑TTGTGGATCTTCTGTTGGCTAAATTTATTCCGCCGATTATTCTCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTCCTTCCGGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGttt < 1:460466/239‑1 (MQ=255)
ggtgggggattgtttgttttGCCGGTGGCTTATTTTATTCCGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTTCTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGttt < 2:385275/220‑1 (MQ=255)
gggggggatgggtGGATCGGCCGGTGGCTAATTTTTTTCCGCCGAATTTTATCGGTTGCCTGCGGGGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGttt < 2:989278/226‑1 (MQ=255)
ggggggAATTGCTTGTTCTGCCGGTGGTCTAATTTATTAGGCCGAATATTATCGGTTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CATAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGttt < 1:810075/235‑1 (MQ=255)
ggCGGGAA‑GTCGGGATGTGCCGGGGGCTAAATTTATTACGCCGAATATGACCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTg < 1:587021/238‑1 (MQ=255)
ccgctggTGGCTTATTTTTTTACGCGAAATTTTTCGGGCGGCCTGCGGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CGGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCcg < 2:581658/234‑1 (MQ=255)
cTGCCGGTGTCTAAATTTATTCCGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCcg < 1:748423/239‑1 (MQ=255)
cTGCCGGTGGCTAAATTTTTTACGCCGAATTTTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCcg < 1:922965/239‑1 (MQ=255)
tccgggtgtttatttttttGCGCCAAATTTTTCCGGCTGCCTGGTGTGGCCGCCTTTTTCCTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCcgcg < 2:485930/226‑1 (MQ=255)
gtcTAAATTTATTCCGCCGAATTTTTGCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGt < 1:998774/236‑1 (MQ=255)
atgaCGCCGAATAGTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCt < 1:710412/236‑1 (MQ=255)
cGCCGAATAGTCGCGGCTGCCGGGTGGGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACg < 1:538728/239‑1 (MQ=255)
cgattttcttCGGGTTCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTTCTTCCTGGCAGGGATTCTGGCGGGCC‑GGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCg < 2:232209/230‑1 (MQ=255)
aaTATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTTTTGGGCA‑‑GCGGGAAAGCGGCTGACAGTTTTAGTGATTATTTTTCCCCCGGGCGGTTTTTTTGGCTGGAGCCgcg > 1:718086/1‑237 (MQ=255)
aaTATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑GGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGGGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGGGGGTGTAGTGCACCGGGGAAAAGCG‑GTGCCCGTTTGTGCGATATTTTTTCCCCCGGCGGTTTGTtgtgattacggcgcg > 2:102397/1‑228 (MQ=255)
tgctggatggggacgccgTTTGACGTCCTGCCAGGGATGCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTTACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCAt < 1:678022/226‑1 (MQ=255)
gggCCGCCGTTTTTCTGCCTGCGGGGTATTGTGGCGGGTG‑CGTGTGTGGATATTCCTGCCGGAATG‑GAGAG‑CGG‑TGGGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAT‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGTTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGAGTTCTGCCATCG‑GCgtggt < 2:693390/238‑1 (MQ=255)
ggcgctctttttTCTTCTTGCCAGGGGTTGTGGCGGGCG‑CGGGGGTCGATTTTCCTGCCGGAATG‑CAGGG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCgtggt < 2:313650/230‑1 (MQ=255)
cgccgTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGgcg < 1:859957/239‑1 (MQ=255)
tttttACTCCCTGCCGGGTGTTATGGGGGGCG‑CGGCGTTTGATTTTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TTAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCtgg < 2:229850/238‑1 (MQ=255)
ttCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGgcgc < 1:515103/135‑1 (MQ=255)
aggttCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTGAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCAc < 1:571812/236‑1 (MQ=255)
gggcg‑GGGGGTTGGATTTTCCTGCCGGAATG‑CAGGG‑CGG‑GGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGc < 2:359668/239‑1 (MQ=255)
gggcg‑GGGGGATCGATATTCCTGGCGGAATG‑CAGGG‑CGG‑TGGGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATg < 1:464142/238‑1 (MQ=255)
cggcgATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGgt < 1:92705/238‑1 (MQ=255)
atTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAGATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGatat < 1:614988/239‑1 (MQ=255)
aaTG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTaa < 1:339043/237‑1 (MQ=255)
caggtcGG‑TGGGTTTAAATGGTTGCTTCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTTGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:68509/234‑1 (MQ=255)
agag‑CGG‑TTAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGG‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:910487/238‑1 (MQ=255)
agag‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGGGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGt < 1:350604/238‑1 (MQ=255)
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gg‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGGGGC‑‑GGGGGGAAGGGACTGACCGGTTGTGTCATTATTTTTTCCGCGGGCGGTTGTTTTGGCTGAGGCCCTTTGTTTTTTCCATCGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTATTTCTCCCCCCGGTTTTCCCGGGGGATATGGAGATTTTGTTTAAAGAgggggggg > 2:339043/1‑239 (MQ=255)
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aGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGG‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAg < 1:458020/239‑1 (MQ=255)
|
GATAAAACTGAACATGCGTTGCATCAACACAGCATGTTCACCATTCTGGTCGGTCGTTTTGTTGGCCCGACGCGTCCGCTGGTGCCAATGGTGGCGGGAA‑TGCTGGATCTGCCGGTGGCTAAATTTATTACGCCGAATATTATCGGCTGCCTGCTGTGGCCGCCGTTTTACTTCCTGCCAGGGATTCTGGCGGGCG‑CGGCGATCGATATTCCTGCCGGAATG‑CAGAG‑CGG‑TGAGTTTAAATGGTTGCTGCTGGCAA‑CAGC‑GGTGTTTTTGTGGGTTGGTGGCTGGCTGTGCTGGCGGTTATGGCGCA‑‑GCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTGTTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCG‑GCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAG > NC_000913/71645‑72115
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
