Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F27 I0 R1
|
83 |
86.1 |
2053078 |
89.1% |
1829292 |
215.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,283,057 |
C→A |
12.5% |
D297Y (GAT→TAT) |
yejK ← |
spermidine nucleoid‑associated protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,283,057 | 0 | C | A | 12.5%
| 119.8
/ 2.4
| 47 | D297Y (GAT→TAT) | yejK | spermidine nucleoid‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/6); new base A (2/5); total (36/11) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
AAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGTC > NC_000913/2282819‑2283290
|
aacccccccccCGGCGGGGTTTTTGTTTTTTGCAGATTATGCCTGATTACGTGATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGAAAAGGCTTTTACGCCGCATCTTGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAgcatcgcatc < 1:1019327/236‑1 (MQ=255)
aCCCCGGTGCGGCGGGGGTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGGTCACGACGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAAATCGGC‑GGCGTGCATTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa < 2:378992/239‑1 (MQ=255)
ctccccggcggtttttttttATCGTGAGCTTTTGCCTGAATACGTTCTTGTTATTGTTGGCAGGCCAGGTAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGGCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTa < 1:370194/227‑1 (MQ=255)
ggcggGGTTTTTGGTTTCGGCAAGTTTTGGCGGATTCCGGTTTTGTTTTTTTTTCCCAGCCAGATAAGGGCTTCCAGCCGCATTGGGAATTCAGAA‑CCCAAATCCGATTAATTCCCGCCAGCCGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAATTTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCCCCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGt < 1:300173/239‑1 (MQ=255)
gcggGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTc > 2:258466/1‑239 (MQ=255)
cggGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCCCGCAAATTCGGCGGGCGT‑CCTTTAATGGTCAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAAAA‑GCTTCGTTCCCCTAACACCATCCCATACAAATTAAAAGTCa > 1:743685/1‑239 (MQ=255)
aTCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGGATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTCAACCTGACAGCCTGGCATCAAAGTTAATAGTCAAT‑CCACCCCCCCt > 2:901917/1‑239 (MQ=255)
aTTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCa > 2:113217/1‑238 (MQ=255)
aTTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAAAAGCATCCCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCCCCCCCCCCACCGGCAAACATccccc > 1:555648/1‑234 (MQ=255)
ttttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACCCAGTGTGCt > 2:929410/1‑239 (MQ=255)
ttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTAc > 2:362659/1‑239 (MQ=255)
ttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTAc > 2:296402/1‑239 (MQ=255)
ttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGAGTGCAAc > 2:386077/1‑239 (MQ=255)
aaaGGTGTTCCGGCCGCAT‑TGGGATTGAAAACCAAAAAACCTATTAATTGCCGCCAGCCGCCCGGCGTTGAAATTGGTCGCGAAATTCCGGC‑GGGGTCCTTTTAAGGGTCAA‑GTTATGGGTTGCTGGACCACAAAA‑GAGGCGTTCACCTAACAGCATCGCATAAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAg < 2:616243/238‑1 (MQ=255)
gCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGccct > 2:423330/1‑239 (MQ=255)
ttCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATATTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGctctct > 2:1005446/1‑238 (MQ=255)
cACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGCC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATAGGTTGCTGGACCCCAGAA‑GATGCGTTAACCTAACAGACTCGCCTACAAGTTAAAAGTCAAG‑CCACCCCCCCTACCGCCAACATTCGTCAACTGCAGCGCGGGGCTCCGTGCTGCCGGGAAGcacctatcc > 1:580711/1‑231 (MQ=255)
ccgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa > 1:907237/1‑152 (MQ=255)
ccgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa < 2:907237/152‑1 (MQ=255)
cgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAAACGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGTTACCGGCAAACTTCGTCAACTGCCGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAGGCTTCCTTCCAGTTc > 2:721783/1‑239 (MQ=255)
cAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCCCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTc > 1:830788/1‑238 (MQ=255)
cacaAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCTTAGCCTTTTTCAGCCGc > 2:794164/1‑239 (MQ=255)
cacaAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAACCTTTTTCAGCCGc > 2:714405/1‑239 (MQ=255)
aaaaCCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCaa > 2:862509/1‑238 (MQ=255)
aaaCCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAG‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCCGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCaaa > 2:958549/1‑238 (MQ=255)
aaCCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGGGCCTTTAACGGCCAA‑GGTATCGGTTCCTGGATCCCAGTA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATAGCATCAAAGTTAAACGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCTCCCAATGTCGTCAATTGACTAAGTGTGCTCCGCTCGTCCGGGAAGTCCTCTCCCAATTCGTACCCTTTTTCacctcacacc > 1:818903/1‑229 (MQ=255)
tttatgtcccgccAGGCGCCCGGGTCTGAAATGGGTCGCAAAATTTGGGC‑GGAGTGCTTTTAATGGTCAA‑GGTATCGTTTGCGGGACCCGAAAA‑GATGCATTCACTTAACAGCAACGCACAAAAGTTAATAGTCAAG‑CCTCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTa < 2:667005/174‑1 (MQ=255)
aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTACTAGTCAAG‑CCACCGCGCCCACCGGAAACCCTCGTCAACTGACGCAGGGGGCTCCGGCCTGCCGGGAAGCACCCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCACCCCCAAACACCgct > 1:151643/1‑237 (MQ=255)
aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGCCCCAGTGCGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAACCTccctt > 2:455845/1‑236 (MQ=255)
aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTCCCGGGAAGCTCTCTTCCAGGTCGTAGCCTTTTTCAGCCCCAAACTCCGTg > 1:310867/1‑239 (MQ=255)
aaTTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCACCTGACGCAGTGTGCTa > 2:573663/1‑179 (MQ=255)
cgccgtgtgTCCGCCGCTATATTTGGTC‑CGCCAAATCGGG‑GGGGCGTCGTTTATGGCCAATGGTGTCGGTTCCTGCGCCCCAGAA‑GAGGCGTTCCACAAACAGCATCTAAGAAAGTTTAATGGCAAAG‑CGCCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGCGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACt < 1:386077/231‑1 (MQ=255)
taaattggggcgcgAAATTTGGGG‑GGCGTGCTTTAAATGGTAAG‑GGTATCGGTGGCGGGACCCAAGAG‑GTTGCGTTCCCCTAACAGCATCGAATAAAAGTAAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCa < 2:743685/228‑1 (MQ=255)
gTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCCCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAATTCGCTCTCTTCccctg > 2:494756/1‑238 (MQ=255)
tCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCgcctg > 2:568488/1‑237 (MQ=255)
cAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTCCGCCTGCCAGCTCTTTCGACAACGATTTAAGTCCGACCTCTTAccctgct > 2:875715/1‑237 (MQ=255)
tttCGGTTCCGGGACCCAAAAA‑GTTGCTTCCCCATAACGGCCTCCCAAAAAATTTAATAG‑CAAGCCCCCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAg < 2:555648/236‑1 (MQ=255)
cggtttgcgggtCCCAGAAGGATGCGTTCCCCTAACAGCACCTCACCAAGTTTAATTGTCAGC‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAgctg < 2:544470/228‑1 (MQ=255)
gCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCGGCTCAt > 2:763839/1‑238 (MQ=255)
cTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGACTGCCTGCAGCTGCTCAtt > 2:701949/1‑238 (MQ=255)
cTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGGGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTATTCGCCCGCCTGCAgctgccaatt > 2:779627/1‑233 (MQ=255)
gATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCCCTTTCGACAGCGATTCCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAg > 2:991816/1‑239 (MQ=255)
ccacaagaactggtttCCCCTAACCGAAGCGCAACAAATTTAATAGTCAAC‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTCCGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGt < 2:300805/224‑1 (MQ=255)
tGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATaaa > 2:250643/1‑237 (MQ=255)
gCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGCCAGCGATTTCCGTTCCACCTCTCTGCCTGCCCGCCACTGCCCATTACCGTACCTAAAAAcc > 1:387869/1‑238 (MQ=255)
gCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATaaa > 2:396016/1‑236 (MQ=255)
ttCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGAAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGCCAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCCGCTGCCCATTACAGTAGCTATAAACct > 2:728356/1‑236 (MQ=255)
cACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCGGCTCTTTCGACACCGCTTTCAGTTCTATCTCTTCCCCTCCCTGACGCTGCTCATTAccatacagctaaaactgctgg > 1:973341/1‑219 (MQ=255)
acaccccccaaacAAAGTAAATAGCCAAC‑CCCCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGAGGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACg < 1:862509/227‑1 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCGGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTCTaaa > 2:74663/1‑218 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGc > 2:151040/1‑143 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGCTTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCCCATTACAGAACCTATAAACCTCCTGCCCCCCGTTCTGt > 1:121220/1‑238 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGGCCACGTTCTGtg > 1:260124/1‑238 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGt > 2:936054/1‑238 (MQ=255)
|
AAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGTC > NC_000913/2282819‑2283290
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
