Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F14 I1 R1
|
20 |
132.7 |
2830606 |
92.0% |
2604157 |
148.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,105,994 |
T→C |
T12T (ACT→ACC) |
pdhD → |
dihydrolipoyl dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 98.0%
| 314.9
/ NA
| 98 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (50/46); minor base A (2/0); total (52/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACA > CP000730/1105849‑1106137
|
cATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACcat < 1:257206/148‑1 (MQ=255)
aGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa > 2:1373313/1‑148 (MQ=255)
gcctttaCCACAAACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAAGCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 2:965409/142‑1 (MQ=255)
gCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 1:935069/148‑1 (MQ=255)
gCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAAt < 1:981801/148‑1 (MQ=255)
cTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGGGGGGTAAAACATGGTAATGGGTGATTTCCCAATTGAAACAGATGCAATAGTAAtg > 2:291682/1‑147 (MQ=255)
tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGCGGATTTTCCAATTGAAACAGATACCTTAGTAATCg > 1:258889/1‑148 (MQ=255)
tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATAAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAACACATGGTAGTTGGAGATTTCCTAATTGAAACAGATACCATAGTAATCg > 2:128022/1‑148 (MQ=255)
tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCC‑AAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCgg < 1:1013316/148‑1 (MQ=255)
tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGACAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTGGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCg > 1:476718/1‑148 (MQ=255)
ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCgg < 1:1076118/148‑1 (MQ=255)
aCCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTCTTAAATAATACAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAGACATGGAAGTTGGCGATTTACCACTTGAAACAGATAACAGAGTAATCGGAGc > 2:39717/1‑148 (MQ=255)
aCCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc > 1:764779/1‑148 (MQ=255)
aCCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc > 1:74505/1‑148 (MQ=255)
ccACAGACAAATTGATGGTGGAGTGTGCGATAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGGGATTTCCCAATTGGAACAGATACCATAGTAATCGGAGCa < 2:1345496/148‑1 (MQ=255)
cacaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGGGCAg > 1:224595/1‑148 (MQ=255)
cacaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAg > 1:412092/1‑148 (MQ=255)
cacaGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTAAAAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAg > 1:1326902/1‑148 (MQ=255)
caGACAAATTGATGTTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAACCGTCTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGt < 1:1241193/148‑1 (MQ=255)
cgACAAAGTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTc < 1:71822/147‑1 (MQ=255)
aGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTc < 2:366823/148‑1 (MQ=255)
aGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTc < 1:1190639/148‑1 (MQ=255)
aCAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCt > 2:1318980/1‑148 (MQ=255)
aaaTTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtgg < 2:600401/148‑1 (MQ=255)
aaaTTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtgg < 2:567080/148‑1 (MQ=255)
ttGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtgg > 1:139297/1‑148 (MQ=255)
ttGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGGTTATTGAATAATCCAGAATTATGATTGATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCCGGTCCtggtgg > 1:1322661/1‑148 (MQ=255)
gATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGAt < 2:482544/148‑1 (MQ=255)
aTGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATa > 1:759309/1‑148 (MQ=255)
aTGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATa > 1:1091308/1‑148 (MQ=255)
gTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGt < 2:417298/148‑1 (MQ=255)
gTGCAAATGGCCAAAATGGAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGt < 2:416581/148‑1 (MQ=255)
tgaaCTGTCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:612015/146‑1 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATAGGTTg > 1:979194/1‑148 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 2:260795/1‑148 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 1:1021548/1‑148 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg > 2:1075245/1‑148 (MQ=255)
gCAACCGGCCAAAAGGCAATGAATCACATTAAACGTTTAATAAATAATCCAGAATTATTATGAATGGAGGGGTAAACCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTGACCGGTTCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:159653/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgcagc < 1:89325/148‑1 (MQ=255)
ggCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCaa > 1:1153997/1‑148 (MQ=255)
aaaaTGCAATGAATCACTTTAAACGTTTATTAAATACTCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTGCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCg < 2:866835/148‑1 (MQ=255)
aaTTCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAAGCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTg < 2:228846/148‑1 (MQ=255)
aTGCAACGAATCACCTTAAACGTTTGTTCAATAATTCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGTGATTTCCCCATGGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGCTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGc < 2:671012/148‑1 (MQ=255)
tGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCa > 2:52067/1‑148 (MQ=255)
aaTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATCATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCt < 2:1153665/148‑1 (MQ=255)
aaTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCt < 1:1072144/148‑1 (MQ=255)
gAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCac > 2:249158/1‑147 (MQ=255)
tcaaCGTTTATTAAATAATACAGAATGAATCTTTACCGCGGGTTAAAACATAGCAGATGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCGTAGAAATGGGAGCAGCGCCCGGTGGCTACATGCCAGCAGTTCGTCCATCTCAATTAGGCCaa > 2:263732/3‑148 (MQ=255)
tAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTTCTAGGGGATACGTTGCATCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaa > 1:1160060/1‑148 (MQ=255)
gcGTGTATTGAATAGTCCAGAATTAGTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaaaaa < 2:1255487/147‑1 (MQ=255)
acggtgattaAATAGTCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaaaaa < 2:1409186/142‑1 (MQ=255)
taAATAATCCAGAATTATGATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTCATTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGTAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTAAATAAGAACAAAAAGTAACAAt < 2:724149/148‑1 (MQ=255)
aataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCTGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCg < 1:854275/148‑1 (MQ=255)
aataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCACTTAGGACAAAAAGTAACAATCg > 2:1012825/1‑148 (MQ=255)
tatCCAGCATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGGAACAATCGTTg < 2:166587/147‑1 (MQ=255)
tCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTgag > 1:1235211/1‑148 (MQ=255)
cAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGCCAAAAAGTAACAATCGTTGCGaa > 2:255651/1‑148 (MQ=255)
cAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaa > 1:1292758/1‑148 (MQ=255)
aGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaaa > 1:169021/1‑148 (MQ=255)
aGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAAACGTTGAGaaa > 1:451212/1‑148 (MQ=255)
aGAATGAGTATAAATGGAGGGGGAAAACATTGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCAGAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATATGTTGCAGCAATTCGTGAAGCTCAATTAAGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaaa < 2:274742/148‑1 (MQ=255)
aaaatagtattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAg < 1:860569/141‑1 (MQ=255)
attattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCGCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAAt > 1:111632/1‑148 (MQ=255)
attagtaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAAt < 1:92138/148‑1 (MQ=255)
attaATGGAGGGGTCAAACATGGTAGTTGGAGATTTACCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGAAGCAGGTCCTTGTGGATACGTTTCAGCAGTTCGTGCAGCTCCATTAGGACGAAAAGTATCAATCGTTGAGAAAGGTaactta > 2:376962/1‑144 (MQ=255)
aaTGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAATAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGGCAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTACGCTtggt > 2:198549/1‑148 (MQ=255)
tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGTTGTTGCCGAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg < 1:28766/148‑1 (MQ=255)
tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg > 2:837152/1‑148 (MQ=255)
tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg > 1:1143660/1‑148 (MQ=255)
tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTgggtgg > 2:289177/1‑148 (MQ=255)
ggAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:1270824/1‑148 (MQ=255)
ggAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:1289939/1‑148 (MQ=255)
ggACGGGTATAACATTGAAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCACAGTAATCGGAGCACGACCAGGGGAATTCGTTGCAGCCATTCGGGCAGCTCAATTGGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt < 2:153373/148‑1 (MQ=255)
aGGGGTAAAACCTGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCATGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt < 1:966121/148‑1 (MQ=255)
aGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCGCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAACAAGTAACAATCGTTGAGTACTGTAATCTGTGtgttgt > 2:968324/1‑148 (MQ=255)
aGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 2:16994/1‑148 (MQ=255)
ggggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTGGGTGGTGtt > 2:1390787/1‑148 (MQ=255)
ggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg > 1:465107/1‑148 (MQ=255)
ggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg > 1:342462/1‑148 (MQ=255)
gTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGc < 2:465107/148‑1 (MQ=255)
atAAAACATGGTAGTTGGAGATTGCCCAATTAAAACAGATACCAAAATAATCGGAGCAAGTCCTAATGAATACAAAGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAAACGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGc < 2:1312130/147‑1 (MQ=255)
aataCAGGGTAGTTGGAAATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTGACATTCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 2:363579/145‑1 (MQ=255)
aaCATGGTAGTTGGATATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGCTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaa < 2:1377770/148‑1 (MQ=255)
aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtggcgcctgcctaa > 2:611581/1‑137 (MQ=255)
aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTAGTGTTTGCTTaa > 1:549319/1‑148 (MQ=255)
cATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAAc > 2:533462/1‑148 (MQ=255)
gTAGTTGGAGATTTACTAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGGAGCTGAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAg < 2:771986/148‑1 (MQ=255)
ttGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATg > 1:1253878/1‑148 (MQ=255)
ggAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTa < 1:1373313/148‑1 (MQ=255)
aTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTcc > 1:1102062/1‑148 (MQ=255)
aattaaaCAGAAACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 2:211311/144‑1 (MQ=255)
aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:449783/148‑1 (MQ=255)
aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:708261/148‑1 (MQ=255)
aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGAGACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACATTCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:128022/148‑1 (MQ=255)
ttGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGc < 1:481071/148‑1 (MQ=255)
tGAAACAGATATCATAGTAATCGGAGCAGGTCCGGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCa < 2:475713/148‑1 (MQ=255)
aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTTCTTCAAAAGCATta > 1:89836/1‑148 (MQ=255)
cAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATtact > 2:517470/1‑148 (MQ=255)
aTACAATAGTAATCGAAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACa > 2:1125805/1‑148 (MQ=255)
|
CATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACA > CP000730/1105849‑1106137
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
