Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
76 |
110.5 |
2404748 |
96.5% |
2320581 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,337,959 |
C→T |
71.7% |
intergenic (‑125/‑283) |
adhR ← / → USA300HOU_RS11940 |
HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,337,959 | 0 | C | T | 71.7%
| 175.7
/ 70.2
| 119 | intergenic (‑125/‑283) | adhR/USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/12); new base T (48/37); total (70/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGAT > USA300TCH1516_ALE/2337824‑2338097
|
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tAGTTTTCATTGCGACCATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATCTTTCa > 2:19546/1‑141 (MQ=255)
tttCATTGCGTCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGt < 2:449498/141‑1 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGtttt > 1:422979/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTCTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTACTTTATTAGTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGtttt > 1:882782/1‑141 (MQ=255)
cATAGCGACTATCCTATCAGTTATGTCTGAAAATACATTGCAAAGTCGCTTTATAGATTAGCAACCTCTGTGGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTCTTTAACATT‑TTATATTTCATCGtttt > 2:844019/1‑141 (MQ=255)
tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTaa > 2:11000/1‑141 (MQ=255)
gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAAt > 2:959714/1‑141 (MQ=255)
tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACtt < 1:375717/141‑1 (MQ=255)
ttcTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑a < 2:200482/139‑1 (MQ=255)
cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑aaa > 2:223163/1‑141 (MQ=255)
tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAACGTAATGTTGCTTTTTATATCGATAAAGGCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑aaaa < 1:270412/141‑1 (MQ=255)
tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATAATTCATCGTTGTTAATTACTTT‑aaaa < 1:597000/141‑1 (MQ=255)
tttCAGCTATGTTTGGTAGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATA‑TTATATTTCATCATTTTTAAGTTCTTG‑aaaa > 2:714011/1‑141 (MQ=255)
ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑aaaaa < 2:314176/141‑1 (MQ=255)
cAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGGAATGTTGCTTTATATGTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAAtt < 1:768877/141‑1 (MQ=255)
ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGta > 1:352742/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTGTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGtata > 1:1003045/1‑141 (MQ=255)
tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCGTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑CACCATTGgatac > 1:409037/1‑140 (MQ=255)
gTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTATTTACTTT‑AAAAATTGTATaat > 1:1007284/1‑140 (MQ=255)
gtcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAGTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTaaa > 1:1129197/1‑141 (MQ=255)
cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATAttt > 2:295091/1‑141 (MQ=255)
aaGTAATGTAGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa > 1:752905/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑CAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa > 2:294716/1‑141 (MQ=255)
tGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATgtga > 1:144949/1‑138 (MQ=255)
tGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatt > 2:87816/1‑140 (MQ=255)
gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat < 1:665314/141‑1 (MQ=255)
ttGCTTTATATATTGTCATCTTAGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATT‑TTATATTTAATCGTTATTAATTAGTTT‑GAAAGTTGTATAACTTACATATTTCAAATGAtata > 2:591020/1‑141 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa > 1:1799/1‑141 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTATATAATTTAAATATTTAAATTGATATaa > 2:976994/1‑141 (MQ=255)
tGCTATATATATTGACATTATCGTTTGAATACTTCTTAGTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGCTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa > 2:728276/1‑141 (MQ=255)
gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTT‑TTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtatatt > 2:808599/1‑139 (MQ=255)
gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TGGTATATGATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtatatt > 1:1177979/1‑139 (MQ=255)
cTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAtt > 2:262650/1‑140 (MQ=255)
ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAACTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAATATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATccc > 1:39087/1‑139 (MQ=255)
tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt < 2:1044540/141‑1 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑CAAAATTGTATACCTTAGATATTTAAAATGATATAGTCACTaa > 1:521578/1‑141 (MQ=255)
atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCCCTAAGAt > 2:392855/1‑141 (MQ=255)
atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt < 1:1117844/141‑1 (MQ=255)
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tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGat > 1:1007139/1‑141 (MQ=255)
aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa > 1:729638/1‑141 (MQ=255)
ttttCGTTTGTATACTTCTTTTTTTATTTCTCATATTTCATTTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat < 2:1147985/139‑1 (MQ=255)
tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataaa > 1:746799/1‑140 (MQ=255)
tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat > 2:829825/1‑141 (MQ=255)
ttagTTTGAATACTTCTTATTTTTTTACTCAAATTTAAATTTGACTCTTATTTTACATA‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat < 2:542911/138‑1 (MQ=255)
ttCTTTTGATTCCTTCTTATTTTATTACTTAAATTTAATTTTTTCTCTTTTTTAACTTT‑TTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat < 2:1085536/141‑1 (MQ=255)
ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat < 2:419612/141‑1 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 1:424682/1‑141 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATGTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGGGTTTAATTACTTTCCGAAACTAT‑TTACTGAGATATTTAAAGTGCGATAATCGCTAAGGTTGATAATAtt > 1:270325/1‑141 (MQ=255)
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gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa < 1:394419/141‑1 (MQ=255)
tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt > 1:873953/1‑141 (MQ=255)
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aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt > 1:434564/1‑141 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt > 2:263252/1‑141 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAGTGATAATATTTAAttttt > 1:471518/1‑141 (MQ=255)
aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt > 1:842510/1‑141 (MQ=255)
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cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttccga > 2:1196083/1‑137 (MQ=255)
cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa > 1:528848/1‑141 (MQ=255)
tcttATTTTATTTCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaa < 2:1140479/141‑1 (MQ=255)
tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatt > 2:560518/1‑141 (MQ=255)
tattaCTCTAATTTAAATTTGTCTCTTTCTTAACATTATTTCA‑TTAATCGTTTTTATTTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATCATATAATCACTAAATATGATATAATTTAATTATTT‑AAAattgttatt > 2:72382/1‑138 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAACTATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAGTATTTAATTTTTTGCTAATTAtttt > 1:719316/1‑141 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTGTTTGAATATTAtttt > 2:1009491/1‑141 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAtttt > 1:315675/1‑141 (MQ=255)
cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg < 2:1799/141‑1 (MQ=255)
tacaatttaaatttGTCTTTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 2:92098/138‑1 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 2:76438/141‑1 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGTAAATTCttttgattgg > 2:1141166/1‑135 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCGTTTTTAACATT‑TTATATTTTATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 1:28488/141‑1 (MQ=255)
ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt < 1:104775/141‑1 (MQ=255)
ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt > 2:305727/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATT‑TTCCATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:289989/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg < 1:167829/141‑1 (MQ=255)
gTCTCTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCATTTTTTGGGTGAt > 1:451704/1‑141 (MQ=255)
tctcTTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg < 2:1177979/141‑1 (MQ=255)
ttctTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGc < 2:659773/140‑1 (MQ=255)
ctctTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGc < 1:155131/141‑1 (MQ=255)
ttttttgAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 2:599625/140‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCCCTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:781324/141‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:305727/141‑1 (MQ=255)
ctTTTTTAACATT‑TTATATTTCATCG‑TTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCACTTTTTTGATGATGCGGa > 2:480216/1‑141 (MQ=255)
ctTTGTTAACATT‑TTATATTTCATCG‑TTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGa > 2:906168/1‑141 (MQ=255)
tttttAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:447041/141‑1 (MQ=255)
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tttttAACATT‑TTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 2:52572/141‑1 (MQ=255)
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TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATT‑TTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTT‑AAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGAT > USA300TCH1516_ALE/2337824‑2338097
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
