Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
31 |
90.0 |
1985866 |
95.2% |
1890544 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,337,959 |
C→T |
intergenic (‑125/‑283) |
adhR ← / → USA300HOU_RS11940 |
HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,337,959 | 0 | C | T | 98.2%
| 351.1
/ ‑4.6
| 114 | intergenic (‑125/‑283) | adhR/USA300HOU_RS11940 | HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (78/33); total (79/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > USA300TCH1516_ALE/2337824‑2338096
|
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTTAGTTATGTTTGTTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTCTTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc < 2:477993/141‑1 (MQ=255)
tgTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAACACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCAt < 2:551912/140‑1 (MQ=255)
aGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCAt < 1:11621/141‑1 (MQ=255)
tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt > 1:379473/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 1:541112/1‑141 (MQ=255)
cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt > 1:399347/1‑141 (MQ=255)
aTTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCCTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAACTTTTTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttttt > 2:371331/1‑141 (MQ=255)
aTTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttttt > 1:74578/1‑141 (MQ=255)
aTTGCGACTATCCTGTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGATGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttttt > 1:539528/1‑141 (MQ=255)
ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa > 2:536769/1‑141 (MQ=255)
gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGGTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGGATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTGTTTTTACATTTTATATTTCATCTTTTTTAAt > 1:396479/1‑141 (MQ=255)
gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTATTCAAATTTAATTTTGTCTCTTTTTTATCATTTTATATTTCATTGTTTTTTAt > 2:63190/1‑141 (MQ=255)
gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt > 1:270911/1‑141 (MQ=255)
gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt > 1:780316/1‑141 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTACAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAtt > 2:367120/1‑141 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAAtt > 2:648351/1‑141 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAtt > 2:908606/1‑141 (MQ=255)
cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTGAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAtt > 2:204283/1‑141 (MQ=255)
gACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATCTATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTTCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATGTTATATTCCATCGTTTTTAATTa > 1:32266/1‑141 (MQ=255)
gACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAttt > 2:392259/1‑140 (MQ=255)
gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGt > 1:397328/1‑141 (MQ=255)
ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGta > 1:887654/1‑141 (MQ=255)
tATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTTATTACTTTAAAAAtcttat > 2:179995/1‑136 (MQ=255)
tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATaa > 2:226827/1‑141 (MQ=255)
tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 2:177861/1‑141 (MQ=255)
ggTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaa > 1:557718/1‑141 (MQ=255)
gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAatat < 1:159923/141‑1 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTCCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt > 1:136438/1‑141 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt > 1:817912/1‑141 (MQ=255)
tAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTa > 1:955227/1‑141 (MQ=255)
tAAAGTAATGTTGCGTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTTTTACTCAGTTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTGTTTATTTCATCTTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTCTAACTTAAATATTTa > 2:301688/1‑141 (MQ=255)
aaaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaa > 2:237143/1‑141 (MQ=255)
gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 1:792270/1‑141 (MQ=255)
tAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg > 1:969240/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTACTTACTTTACAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa > 2:156931/1‑141 (MQ=255)
aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTGTTAATTACTTTAAAAATTGTATATCTTAAATATTTAAAATGa > 2:369891/1‑141 (MQ=255)
tGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGata > 2:310367/1‑141 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTACATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa > 2:184974/1‑141 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa < 1:868714/141‑1 (MQ=255)
ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 1:523406/1‑141 (MQ=255)
ttATATATTGTCATCTCCGTTGGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 1:506610/1‑141 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaa > 1:711626/1‑141 (MQ=255)
gTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGa > 1:873279/1‑141 (MQ=255)
tCATCTTCGTTTGAATACTTATTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTCAAAATGATATAATCACTAAGATTGa‑t > 1:598642/1‑141 (MQ=255)
ttCGTTTTAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTTTAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAatat > 1:341779/1‑141 (MQ=255)
ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAatat > 2:241612/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAGATTTAAATTTGTCTCTTTGTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATATTCACTAAGATTGA‑TAAGATTTa > 1:87965/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 2:26288/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTTCTTTAAAAATTGTATCACTTACATGTTTAATATAATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 2:447058/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 2:820145/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa < 1:299724/141‑1 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 2:392581/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 1:584866/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGGATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 1:134794/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTGTATATTTCATCGGTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTCAAATGCTATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTa > 2:874058/1‑141 (MQ=255)
gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAAttt > 2:744714/1‑141 (MQ=255)
cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGa > 1:249560/1‑141 (MQ=255)
cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAGTTCCTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAG‑TTGATTAATATTTAATTTTTTGa > 1:575254/1‑141 (MQ=255)
ttcttATTTTATTACTAAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTCAACATTTTATATAGCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAAGATTTTAAATGATATAATGCTTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTaaa > 2:475569/1‑141 (MQ=255)
ttcttATTTTATTACACAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGaa > 1:738549/1‑141 (MQ=255)
tcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGaaa < 2:90795/141‑1 (MQ=255)
attttattTCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAatta < 2:925322/141‑1 (MQ=255)
tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATAGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATACTTTAATTATTTAAAATGATATTATCACTTTTTTTTA‑TTTTATTTAATTTTTTTAAAATTAtttt > 2:790850/1‑141 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 1:687728/141‑1 (MQ=255)
tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc < 2:379473/141‑1 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTATCCTCGGTTATGTTATCGTTTGTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TACTATTTAATTTTTTGAATATTTTTTTTGtttctt > 1:477923/1‑137 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTGCaa > 2:233236/1‑141 (MQ=255)
aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTTAAAATtattttatttcaat > 2:849183/1‑137 (MQ=255)
aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg > 1:829941/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTATCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATACTCACTAAGATTGA‑TAGTGTTTATTGTTTTGAGAAGCATTTTAGTTGCAGTTTTTgg > 1:356823/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCATTTTTTgg > 1:10824/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTTAAAATTATTTAAGTTGCAATATTTgg > 2:555786/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 1:92935/1‑141 (MQ=255)
tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt > 1:72510/1‑141 (MQ=255)
tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt > 2:371822/1‑141 (MQ=255)
ttGTCTCTTTTTTAACCTTATATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTAATTTAGTTGCAATTTTTGGGTg > 1:525569/1‑141 (MQ=255)
tGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGGATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTgt > 1:233080/1‑140 (MQ=255)
tctTTTTTAACATTTTTTATTTCCTCGTTTCTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑CCATATTTAACTTTTTGCAAATTATTTAAGTTGCACCTTTTGGGTGATCCg < 2:727437/141‑1 (MQ=255)
tttttAACATTTTATTTTTCATCATTTTTAATTACTTTAAAAATTATATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTATTTGCAATTTTTGGATGATGCGGaa < 2:640848/141‑1 (MQ=255)
tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 1:405175/141‑1 (MQ=255)
tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa < 1:405176/141‑1 (MQ=255)
ttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaaa < 1:70967/141‑1 (MQ=255)
tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTCAATAGTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt < 1:226827/141‑1 (MQ=255)
tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt > 1:895237/1‑141 (MQ=255)
aaCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAGTTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt < 1:820145/141‑1 (MQ=255)
aaCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt < 2:145866/141‑1 (MQ=255)
aaCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt < 1:392581/141‑1 (MQ=255)
aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAATTATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAGTTTg > 1:166787/1‑141 (MQ=255)
aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg < 1:536769/141‑1 (MQ=255)
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ttACAGGTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTACAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGATGa < 1:710293/141‑1 (MQ=255)
ttAAATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAACATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa < 2:875930/141‑1 (MQ=255)
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TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGA‑TAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > USA300TCH1516_ALE/2337824‑2338096
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
