Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F58 I0 R1	46	56.2	1222162	96.0%	1173275	141.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	2,337,959	C→T	86.9%	intergenic (‑125/‑283)	adhR ← / → USA300HOU_RS11940	HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	2,337,959	0	C	T	86.9%	189.6 / 11.4	72	intergenic (‑125/‑283)	adhR/USA300HOU_RS11940	HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/6); new base T (30/32); total (34/38)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT  >  USA300TCH1516_ALE/2337820‑2338094

ttcttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTAct                                                                                                                                        >  2:122291/1‑140 (MQ=255)

ttcttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACa                                                                                                                                        >  2:153779/1‑141 (MQ=255)

     tAGTTTTACCTGCGACTATCCCTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAGTGTTGCTTTCTATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCa                                                                                                                                   <  1:126219/141‑1 (MQ=255)

       gTTTTCATTGCGGCTATCCTTTCAGTTATGTTTGTTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATc                                                                                                                                 <  2:498626/141‑1 (MQ=255)

       gTTTTCATTGCGCCTATCCTTTCACTTACGTTTGGTCGTCTACAGCAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATCCTTCGTAGTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATc                                                                                                                                 <  1:507159/141‑1 (MQ=255)

       gTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATc                                                                                                                                 <  1:311105/141‑1 (MQ=255)

               tGCGATTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaa                                                                                                                         <  2:200017/141‑1 (MQ=255)

                gCGACTATCCTTTCAGTTCTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGGTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATGTTTCGTCGTTGTTAAt                                                                                                                        >  1:306184/1‑141 (MQ=255)

                 cGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATCTTATATTTCATCGTTTTTAAtt                                                                                                                       >  1:483961/1‑141 (MQ=255)

                    cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt                                                                                                                    <  2:243767/141‑1 (MQ=255)

                      acccgttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACttt                                                                                                                  <  1:68939/136‑1 (MQ=255)

                      aTCCTCTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACttt                                                                                                                  <  1:194429/141‑1 (MQ=255)

                                   tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTATAAATTGTATaa                                                                                                     >  2:494958/1‑141 (MQ=255)

                                    gTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAc                                                                                                    <  2:503080/141‑1 (MQ=255)

                                            gtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAatat                                                                                            >  1:492158/1‑141 (MQ=255)

                                              cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAttt                                                                                          >  2:85279/1‑141 (MQ=255)

                                              cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAATTTGTATAACTTAAATAttt                                                                                          >  2:409056/1‑141 (MQ=255)

                                                 aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                       >  1:162710/1‑141 (MQ=255)

                                                 aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                       >  1:162645/1‑141 (MQ=255)

                                                  aGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaaa                                                                                      <  1:239048/141‑1 (MQ=255)

                                                        gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat                                                                                <  1:218305/141‑1 (MQ=255)

                                                          tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                              >  2:466355/1‑141 (MQ=255)

                                                           gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAACTTGTATAACTTAAATATTTACAATGATATaaa                                                                             >  2:16771/1‑140 (MQ=255)

                                                              ttatttatTGTTATCTTCGTTTCGATATTTCTTATTTTTTTACTCTACTTTAATTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTCATTATTTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc                                                                          <  2:100212/141‑1 (MQ=255)

                                                                 tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaa                                                                       >  1:278612/1‑141 (MQ=255)

                                                                  atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaaa                                                                      >  1:608897/1‑140 (MQ=255)

                                                                  atatTGTCAGCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg                                                                      >  2:80551/1‑141 (MQ=255)

                                                                     ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                   <  2:94754/141‑1 (MQ=255)

                                                                          aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCGTTTTTCATTACTTTATTAATTGTATAACTTGAATTTTTAAAATTATATTTTCACTCATAtttttat                                                              >  2:76959/1‑136 (MQ=255)

                                                                          aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                              <  1:82668/141‑1 (MQ=255)

                                                                            cTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataata                                                            >  1:174592/1‑141 (MQ=255)

                                                                            cTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAGATTGataatt                                                            >  2:598514/1‑140 (MQ=255)

                                                                             ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                           >  1:78366/1‑141 (MQ=255)

                                                                             ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                           <  1:81447/141‑1 (MQ=255)

                                                                              tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          <  1:39560/141‑1 (MQ=255)

                                                                              tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          >  1:517325/1‑141 (MQ=255)

                                                                                gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATCAATACTCAGATTGATAAGATTTa                                                        <  2:510496/141‑1 (MQ=255)

                                                                                gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTACGTTTGATAATATTTa                                                        >  2:596774/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  ttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAACATGATATAATCACTAATATTGATAATATTTAAt                                                      >  2:90324/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                    >  1:62483/1‑141 (MQ=255)

                                                                                        aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTg                                                <  1:550499/141‑1 (MQ=255)

                                                                                         cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa                                               >  2:53575/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            cttATTTTATTTCTCAAATTTAAATTTGTGTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAAAAAACAAAAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa                                            <  2:343976/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                ttttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATTGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattat                                        <  2:101849/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                      <  2:162645/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                      <  2:162710/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAtttt                                     >  2:276017/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                    attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttttg                                    >  2:258844/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                     ttaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAg                                   <  1:578589/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                           aaatttaaatttGTCTCTTTTATAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCaa                             >  1:313319/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                             atttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt                           <  2:9488/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              tttaaattaGTCCATTTGTTAACATTCTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAGTGATAATATTTAAGTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttt                          <  1:117837/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                               ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt                         <  2:167655/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 aactttGTCTCTGTTTTAACATTTTACATTTCCTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg                       <  1:229191/138‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   atttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTggg                     <  1:167938/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCAATTTTTAGGt                    >  2:432231/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    ttcgTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTTATTACCTGAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGATAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt                    <  1:16320/138‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTATAAATTTTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAATATTGATAATATTTATTTTTTTTTATTTTATTTTTGTTTCAAttttttgttgt                  >  2:179059/1‑135 (MQ=255)

                                                                                                                        tctcTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTAATTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATGTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg                <  2:109541/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           tttttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTCCTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTATGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg             <  1:61841/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTGGGTGCAATTTTTGGGTGATGCgg             <  2:281674/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg             <  2:78366/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                            ttttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGTTGCGGa            >  2:533984/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                ttAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt        <  1:178655/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                 tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTATTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt       >  1:580447/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  aaCATTTTATATTTCATCGTTTTGTATTATTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCCATTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt      <  1:389656/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATACCTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg     >  2:325790/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   aCATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg     >  1:152155/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   aCATTTTACATTTCACCGTATTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg     >  1:456023/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     cttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTCTTTTAGTTGCAATTTTTGTGTTATGCGGAAAATTTggg   <  1:340881/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt  <  2:517325/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATAATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt  >  1:373271/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttttACATTTCATCGTTTTTAATTAATTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt  <  1:517086/141‑1 (MQ=255)

TTCTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT  >  USA300TCH1516_ALE/2337820‑2338094

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A