Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,622,280 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,622,280 | 0 | G | C | 99.7%
| 673.4
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (160/126); minor base A (1/0); total (161/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,622,281 | 0 | C | G | 99.7%
| 676.4
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (160/126); minor base T (1/0); total (161/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
| * | CP042583 | 1,622,282 | 0 | T | A | 100.0%
| 684.8
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (161/126); total (161/126) |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CCATATCAATACCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGGCTACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGGCTCCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCACTATAGCTTGTTTTACCCAGTTTGATATTCGTCCCCAGGGGATCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTG > CP042583/1622003‑1622561
|||
atCAATACCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACa < 1:603407/284‑1 (MQ=255)
atCAATACCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAAcg < 2:2222333/289‑1 (MQ=255)
aacgaTACCATACTGATTGAAAATGCTGGTTAGCTTATCGCCAGTGGAAAAAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCCTCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAAcg < 2:233674/285‑1 (MQ=255)
cAATACCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAAcg < 1:413739/287‑1 (MQ=255)
cAATACCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAAcg > 2:413739/1‑287 (MQ=255)
aCCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCCACATAACGCgggtt > 2:1985107/1‑286 (MQ=255)
attcTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGt < 1:1921674/286‑1 (MQ=255)
tACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGtt > 1:1434822/1‑288 (MQ=255)
tACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTc > 1:317830/1‑289 (MQ=255)
tACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGAACCCAACAGAACGCGTGGTGGTc > 2:1336706/1‑289 (MQ=255)
tACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGGGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGGGGTc > 1:98783/1‑289 (MQ=255)
aTTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGCGTAAGCACGGGGAGCGACCCCAACAAAACGCCGTGTGGTCGCGGt > 2:2124847/1‑289 (MQ=255)
aTTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGt > 1:1754262/1‑289 (MQ=255)
aTTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGt > 2:851289/1‑289 (MQ=255)
tGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTaa > 2:123819/1‑289 (MQ=255)
ctgctTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTCGCGTTGCATGACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCAACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGAGACCCCAACATAACGCGGGGCGGTCGGGGTAAATTATTaa > 2:82129/1‑289 (MQ=255)
tAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGcc < 2:1739704/289‑1 (MQ=255)
aGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCa > 1:670576/1‑289 (MQ=255)
tCGCCAGGGGAAACAATATGTTCATGCACGCCCGCTTCCCCGTCTATTTGGCCATCCAGTTAGTCCTGGGGAATGGCTTGATCTTCTTGGGCAGCTTGACCAATCGGCTCACTGGTTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTTGTTCTGTTCCAGGTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGAATCACGGTGATAAACATCAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCACAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGa < 2:1562893/289‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTAAGCGACCCCAACATAACGCGGCGTGGCCCGGGTAAATTATTAAACACCAGGGCGaa > 2:2077721/1‑288 (MQ=255)
ggAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACagag < 1:48632/286‑1 (MQ=255)
ggAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGc < 1:1649054/287‑1 (MQ=255)
aaaCAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAAAATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCggg < 1:572765/288‑1 (MQ=255)
caacaTATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTAt < 1:1221828/289‑1 (MQ=255)
cagttCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCAACCAGTGCGGCCTGGGGAATGGCGTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTGCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTg < 1:1573244/285‑1 (MQ=255)
atTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGtt > 2:1856478/1‑288 (MQ=255)
tGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACag < 1:208125/268‑1 (MQ=255)
cccGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCAc < 2:2180292/289‑1 (MQ=255)
ccGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCAc < 1:1894949/288‑1 (MQ=255)
ccGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACt < 2:772945/289‑1 (MQ=255)
cTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACagag < 1:12435/260‑1 (MQ=255)
ccGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAat < 1:942422/232‑1 (MQ=255)
ccGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCAtt > 1:1325335/1‑289 (MQ=255)
gATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAAtc < 1:1856478/288‑1 (MQ=255)
tttGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCt > 2:520782/1‑289 (MQ=255)
ttCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCt < 2:1203918/288‑1 (MQ=255)
gggAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATa < 2:1810942/285‑1 (MQ=255)
gggAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATa > 1:1810942/1‑285 (MQ=255)
gggAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTgg > 1:1769810/1‑289 (MQ=255)
aaTGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGtt < 1:1957889/288‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGc < 2:1022337/208‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAAt < 2:1450258/258‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAAt > 1:1450258/1‑258 (MQ=255)
gCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTa > 2:950798/1‑289 (MQ=255)
cttTTGCAGTTTGATCAATCGGCTCACGGGCTTAAGTTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAg < 2:1325335/289‑1 (MQ=255)
cttGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAg > 1:1178064/1‑289 (MQ=255)
cttGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGCGAACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAg < 1:743105/289‑1 (MQ=255)
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aaCGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTGTTTTACCCAGTTTGATATTCGTCCCCAg > 2:1130927/2‑289 (MQ=255)
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tGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTGTTTTACCCAGTTTGATATTCGTCCCCAGGGGATCCAACGTTCCCATACGAACGGa < 2:670576/289‑1 (MQ=255)
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aaGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGCGACCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCTGAATAGCTTGTTTTACCCAGTTTGATATTCGTCCCCAGGGGATCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGa > 2:1622881/1‑288 (MQ=255)
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|||
CCATATCAATACCATACTGATTGAGAATGCTGCTTAGCGTATCGCCAGTGGAAACAACATATTCATGCACGCCCGCTTCACCGGCGATTTTGTCATCCAGTTCGTCCTGGGGAATGGCTTCATCTTCTTGTGCAGCTTGATCAATCGGCTCACTGGCTTCAGGTAAGAGGCTACGAATTTCGTTCTGTTCCAGCTCAATGGTTTTGACAATTGGCGTGGCATCACGGTGATAAACATAAGGCCGCCAGACAGCGACGGCCAGAGTAAGAACGGTGAGGCTCCCCAACATAACGCGGTGTGGTCGCGGTAAATTATTAAACGCCAGGGCGACAGAGCGGGCTATCTGTTGCACGTAATCACTTCCTCATTAATCTCCTTTCAGGCAGCTCGCATACTGGTTGGCTAATTGACTCAGGAATTCACTATAGCTTGTTTTACCCAGTTTGATATTCGTCCCCAGGGGATCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTG > CP042583/1622003‑1622561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
