Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F1 I2 R1
|
766 |
64.2 |
3232166 |
90.9% |
2938038 |
104.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,220,190 |
G→A |
A233T (GCT→ACT) |
patA → |
putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,220,190 | 0 | G | A | 100.0%
| 136.1
/ NA
| 43 | A233T (GCT→ACT) | patA | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (20/23); total (20/23) |
CGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACAAACGGGC > NC_000913/3220065‑3220321
|
cGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCt < 1:1596151/139‑1 (MQ=255)
gAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGaa < 2:92006/139‑1 (MQ=255)
tCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAggg > 2:16060/1‑139 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt > 2:743247/1‑107 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt < 1:743247/107‑1 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt < 2:766644/99‑1 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt > 1:766644/1‑99 (MQ=255)
aTGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGGTGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAc < 1:1171887/139‑1 (MQ=255)
ccGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgccg > 1:232759/1‑139 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt < 1:1373440/71‑1 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt > 2:1373440/1‑71 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCcgtac > 2:784460/1‑139 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCcgtac > 1:1577162/1‑139 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATg > 1:58183/1‑139 (MQ=255)
aaGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgcc < 2:652587/103‑1 (MQ=255)
aaGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgcc > 1:652587/1‑103 (MQ=255)
tGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAt < 1:94776/67‑1 (MQ=255)
tGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAt > 2:94776/1‑67 (MQ=255)
tGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGtt < 1:16060/139‑1 (MQ=255)
gcgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgcc < 2:660173/115‑1 (MQ=255)
gcgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgcc > 1:660173/1‑115 (MQ=255)
gcgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTc > 1:628327/1‑139 (MQ=255)
gcgcACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGAt > 2:92256/1‑132 (MQ=255)
gcgcACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGAt < 1:92256/132‑1 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCg < 2:202180/139‑1 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCg < 2:58183/139‑1 (MQ=255)
gcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCgg < 1:784460/139‑1 (MQ=255)
aCGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGgcg < 2:628327/139‑1 (MQ=255)
aCGGCTCTGAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGCTTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGgcg < 1:985958/139‑1 (MQ=255)
ctctTAACGAGTGCAAAAAAACCGGGGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACt > 1:675835/1‑139 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc > 2:1555725/1‑96 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc < 1:1555725/96‑1 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTc > 1:116080/1‑139 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTc > 2:493174/1‑139 (MQ=255)
cAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCg > 2:1564039/1‑137 (MQ=255)
cAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCg < 1:1564039/137‑1 (MQ=255)
cAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGAt < 2:232759/139‑1 (MQ=255)
aaaaaaaCCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATg < 1:1287372/139‑1 (MQ=255)
aCCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtct < 1:405134/80‑1 (MQ=255)
aCCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtct > 2:405134/1‑80 (MQ=255)
tgatgTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACAAACGGGc < 2:38920/139‑1 (MQ=255)
tgtgACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc > 2:1171469/1‑75 (MQ=255)
tgtgACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc < 1:1171469/75‑1 (MQ=255)
|
CGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACAAACGGGC > NC_000913/3220065‑3220321
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
