Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F1 I1 R1
|
776 |
60.0 |
3074904 |
90.1% |
2770488 |
104.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,220,190 |
G→A |
A233T (GCT→ACT) |
patA → |
putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,220,190 | 0 | G | A | 100.0%
| 152.8
/ NA
| 48 | A233T (GCT→ACT) | patA | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (24/24); total (24/24) |
TGTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACA > NC_000913/3220056‑3220314
|
tGTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGc > 1:300013/1‑139 (MQ=255)
gTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCg < 2:300013/139‑1 (MQ=255)
cGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGa > 1:1399821/1‑139 (MQ=255)
aaTCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAAcc > 2:858929/1‑139 (MQ=255)
ccGCAAACCGTTTATGCCGTTACTACCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGt < 1:858929/139‑1 (MQ=255)
aaCCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAgg < 2:1110934/139‑1 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAtt > 2:644122/1‑123 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAtt < 1:644122/123‑1 (MQ=255)
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccg > 2:328057/1‑139 (MQ=255)
gCCGGGCTTCCGTAAAGTGCCGTTTGGCAATATCTAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgcct < 2:387137/139‑2 (MQ=255)
gCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCggg > 1:387137/1‑139 (MQ=255)
gTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtct < 1:328057/139‑1 (MQ=255)
aaTGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCAGTGATCCTCGCACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCa < 2:304149/138‑1 (MQ=255)
tgCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc > 2:606587/1‑139 (MQ=255)
ccGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGaa > 2:912841/1‑84 (MQ=255)
ccGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGaa < 1:912841/84‑1 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt > 1:223600/1‑71 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt < 2:223600/71‑1 (MQ=255)
tttGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCcgtac > 2:978051/1‑139 (MQ=255)
tGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCcgtacgt < 2:1399821/139‑1 (MQ=255)
cAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAg > 1:754331/1‑139 (MQ=255)
aaTATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGc < 2:682174/139‑1 (MQ=255)
gtataagaGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccg < 1:805828/104‑1 (MQ=255)
gtataagaGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccg > 2:805828/8‑111 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc < 2:1527734/125‑1 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc > 1:1527734/1‑125 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAg > 1:1087749/1‑83 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGCTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAg < 2:1087749/83‑1 (MQ=255)
tGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGc > 1:541301/1‑104 (MQ=255)
tGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGc < 2:541301/104‑1 (MQ=255)
gcgcACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCAGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTc > 1:1184525/1‑139 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCg < 1:978051/139‑1 (MQ=255)
aCGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGgcg > 1:1008884/1‑139 (MQ=255)
aCGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGgcg < 2:754331/139‑1 (MQ=255)
ggCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGaa > 2:496290/1‑55 (MQ=255)
ggCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGaa < 1:496290/55‑1 (MQ=255)
ggCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccgc > 1:1524652/1‑92 (MQ=255)
ggCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccgc < 2:1524652/92‑1 (MQ=255)
ctctTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccg > 2:816128/1‑89 (MQ=255)
ctctTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccg < 1:816128/89‑1 (MQ=255)
ttAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgccg > 1:1464661/1‑105 (MQ=255)
ttAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgccg < 2:1464661/105‑1 (MQ=255)
gTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCt < 2:318329/138‑1 (MQ=255)
gTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCt > 1:318329/1‑138 (MQ=255)
gTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTc > 1:155662/1‑139 (MQ=255)
tGC‑AAAAAAACCGGCGATGATGTGACTGCGGTGCTCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCg > 2:1498900/1‑139 (MQ=255)
aaaaaaaCCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATg < 2:155662/139‑1 (MQ=255)
ccGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACa < 2:1008884/139‑1 (MQ=255)
|
TGTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGC‑AAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACA > NC_000913/3220056‑3220314
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
