Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I2 R1
|
760 |
52.7 |
2744488 |
90.2% |
2475528 |
105.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,220,190 |
G→A |
A233T (GCT→ACT) |
patA → |
putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,220,190 | 0 | G | A | 100.0%
| 170.8
/ NA
| 53 | A233T (GCT→ACT) | patA | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (23/30); total (23/30) |
CTGTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACAAACGGGCATG > NC_000913/3220055‑3220324
|
cTGTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTg > 1:1265006/1‑139 (MQ=255)
gTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCg > 1:36815/1‑139 (MQ=255)
cGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt < 2:1266272/139‑1 (MQ=255)
cGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGt < 1:263335/139‑1 (MQ=255)
cGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCt < 2:1265006/139‑1 (MQ=255)
ggCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTc > 2:595429/1‑139 (MQ=255)
ggCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTc > 2:301919/1‑139 (MQ=255)
gCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCg < 1:301919/139‑1 (MQ=255)
cGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGa > 2:561772/1‑139 (MQ=255)
gACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAtt < 1:349448/139‑1 (MQ=255)
aCCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGt > 2:1291235/1‑139 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCt > 1:1105441/1‑113 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCt < 2:1105441/113‑1 (MQ=255)
tttATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCg > 1:994106/1‑139 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCt < 2:413045/105‑1 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCt > 1:413045/1‑105 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAAc < 1:1195011/110‑1 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAAc > 2:1195011/1‑110 (MQ=255)
gTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTg > 2:642082/1‑139 (MQ=255)
ttACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgc > 2:649946/1‑139 (MQ=255)
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccg < 2:994106/139‑1 (MQ=255)
tGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgcc < 2:832287/139‑1 (MQ=255)
cGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCGAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTgccgccgcc < 1:981024/139‑1 (MQ=255)
ccGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGc > 1:945365/1‑136 (MQ=255)
ccGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGc < 2:945365/136‑1 (MQ=255)
gTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTAtct < 1:595429/139‑1 (MQ=255)
cATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCa < 1:561772/139‑1 (MQ=255)
tgCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc < 2:36815/139‑1 (MQ=255)
gCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgcc < 2:675272/139‑1 (MQ=255)
gCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgcc < 2:640973/139‑1 (MQ=255)
gCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgcc < 2:1297660/139‑1 (MQ=255)
aaTATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGc < 1:308942/139‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAtt < 1:111743/73‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGAtt > 2:111743/1‑73 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGAt > 2:383209/1‑139 (MQ=255)
aTGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg < 2:934735/76‑1 (MQ=255)
aTGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTg > 1:934735/1‑76 (MQ=255)
tGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATACTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGtt > 1:400513/1‑139 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCg < 1:1291235/139‑1 (MQ=255)
ggCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCa > 1:1064311/1‑139 (MQ=255)
gCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCAc < 1:1331409/139‑1 (MQ=255)
tAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACtgatg < 2:277505/139‑1 (MQ=255)
gAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc < 2:343662/98‑1 (MQ=255)
gAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccgc > 1:343662/1‑98 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCg < 2:323437/113‑1 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCg > 1:323437/1‑113 (MQ=255)
gTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTc > 2:121145/1‑139 (MQ=255)
gCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCa < 2:1307858/90‑1 (MQ=255)
gCAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCa > 1:1307858/1‑90 (MQ=255)
cAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccg < 2:339708/92‑1 (MQ=255)
cAAAAAAACCGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCAccg > 1:339708/1‑92 (MQ=255)
ccGGTGATGATGTGACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACa < 2:1064311/139‑1 (MQ=255)
tgtgACTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACAAACGGGCATg < 1:649946/139‑1 (MQ=255)
|
CTGTCGGCCACGGCGAAATCGACCTTCCGCAAACCGTTTATGCCGTTACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAGGGTGAAGGTGGCGTAATTCTGCCGCCGCCGGGCTATCTCACCGCCGTACGTAAGCTATGCGATGAGTTCGGCGCACTGATGATCCTCGATGAAGTACAAACGGGCATG > NC_000913/3220055‑3220324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
