Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I2 R1
|
766 |
55.6 |
2631458 |
94.7% |
2491990 |
109.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,984,193 |
G→A |
*412* (TAG→TAA) |
aslB → |
putative AslA‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,984,193 | 0 | G | A | 100.0%
| 228.9
/ NA
| 70 | *412* (TAG→TAA) | aslB | putative AslA‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (38/32); total (38/32) |
TTTGTGTGCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGCAAAGG > NC_000913/3984064‑3984328
|
tttGTGTGCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATcggcg < 2:800934/139‑1 (MQ=255)
gtgCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCggcggc > 2:473098/1‑136 (MQ=255)
gtgCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCggcggc < 1:473098/136‑1 (MQ=255)
gtgCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGgccgc > 1:909026/1‑139 (MQ=255)
gtgCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGgccgc > 1:219797/1‑139 (MQ=255)
gCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCt > 1:995198/1‑139 (MQ=255)
gCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCt > 1:461580/1‑139 (MQ=255)
cGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGc < 2:936795/139‑1 (MQ=255)
gTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATAGCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGTGGCCGCCTGCGGt < 2:884445/139‑1 (MQ=255)
tATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGtt < 2:809887/139‑1 (MQ=255)
tCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGa > 2:922012/1‑139 (MQ=255)
tttCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGAt < 2:338583/139‑1 (MQ=255)
gCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATgcggc > 2:476948/1‑139 (MQ=255)
tatCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGa < 1:1035458/111‑1 (MQ=255)
tatCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGa > 2:1035458/1‑111 (MQ=255)
tatCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:12055/1‑139 (MQ=255)
tatCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:208567/1‑139 (MQ=255)
tatCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 1:883319/139‑1 (MQ=255)
tCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:887258/139‑1 (MQ=255)
tCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:922012/139‑1 (MQ=255)
tCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:12055/139‑1 (MQ=255)
aaGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa > 2:711845/1‑139 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTg < 1:234291/92‑1 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTg > 2:234291/1‑92 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGa > 1:543921/1‑99 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGa < 2:543921/99‑1 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTa < 2:215785/116‑1 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTa > 1:215785/1‑116 (MQ=255)
aTGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGa > 1:472925/1‑139 (MQ=255)
tGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:546045/128‑1 (MQ=255)
tGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:546045/1‑128 (MQ=255)
tGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:356319/128‑1 (MQ=255)
tGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:356319/1‑128 (MQ=255)
tGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGAt > 1:1087075/1‑139 (MQ=255)
tGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGAt > 1:458935/1‑139 (MQ=255)
gATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGc < 2:472925/139‑1 (MQ=255)
aTTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCa > 1:1055070/1‑139 (MQ=255)
aTTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCa > 1:224537/1‑139 (MQ=255)
cACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTg < 1:62126/74‑1 (MQ=255)
cACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTg > 2:62126/1‑74 (MQ=255)
cACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATaaa > 1:1116576/1‑139 (MQ=255)
gCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGc < 1:476948/139‑1 (MQ=255)
cccGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:564825/110‑1 (MQ=255)
cccGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa > 1:564825/1‑110 (MQ=255)
cAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGt < 2:397642/139‑1 (MQ=255)
cGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAgg < 2:458935/139‑1 (MQ=255)
tATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTa > 2:27207/1‑75 (MQ=255)
tATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTa < 1:27207/75‑1 (MQ=255)
tgcGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATg < 2:461580/139‑1 (MQ=255)
gcgcATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAAAGACTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGc > 2:730686/1‑139 (MQ=255)
cgcATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCg > 2:842270/1‑139 (MQ=255)
cATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:103832/78‑1 (MQ=255)
cATTTGCAGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:103832/1‑78 (MQ=255)
tttGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc > 1:75608/1‑78 (MQ=255)
tttGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 2:75608/78‑1 (MQ=255)
tttGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGa < 2:210735/131‑1 (MQ=255)
tttGCTGGTGGTGAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGa > 1:210735/1‑131 (MQ=255)
gtggtgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAgcatcgca > 2:1016895/1‑139 (MQ=255)
ggtgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:507477/1‑67 (MQ=255)
ggtgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:507477/67‑1 (MQ=255)
gtgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 1:749517/66‑1 (MQ=255)
gtgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:749517/1‑66 (MQ=255)
tgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:18052/62‑1 (MQ=255)
tgAGTAAGTAAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:18052/1‑62 (MQ=255)
agtaAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTa < 1:541082/46‑1 (MQ=255)
agtaAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTa > 2:541082/1‑46 (MQ=255)
agtaAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAg > 1:546570/1‑103 (MQ=255)
agtaAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAg < 2:546570/103‑1 (MQ=255)
agtaAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGCAAAg > 1:37049/1‑139 (MQ=255)
gtaAAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGCAAAgg > 1:915950/1‑139 (MQ=255)
|
TTTGTGTGCCGGGTATCAGCGTTATTTCCGCCATCTACCGCCATATCTTAAAGCAATGGCTGATTTGCTGGCGCACGGTCGCCCGGCCAGCGACATTATGCATGCGCATTTGCTGGTGGTGAGTAAGTAGAAATCGGCGGCCGCCTGCGGTTGATTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACATGATCGTGCAAATTCAATAAATTGCAGCGTTCTGTAGGCTGGATAAGATGCGTCAGCATCGCATCCGGCAAAGG > NC_000913/3984064‑3984328
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
