Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F47 I1 R1
|
19 |
28.1 |
1106256 |
97.8% |
1081918 |
136.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,768,131 |
A→T |
pseudogene (911/945 nt) |
rhsJ → |
Rhs‑family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,768,131 | 0 | A | T | 100.0%
| 320.1
/ NA
| 90 | pseudogene (911/945 nt) | rhsJ | Rhs‑family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (45/45); total (45/45) |
TAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTA > NC_000913/3767991‑3768276
|
tAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGc < 2:90602/149‑1 (MQ=255)
gTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGaa < 1:133526/149‑1 (MQ=255)
tAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGTGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGaa > 4:79913/1‑148 (MQ=255)
tAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGaa > 3:1301/1‑148 (MQ=255)
tAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAAcc < 4:71341/148‑1 (MQ=255)
aaaaTGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGTGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCa < 3:79913/148‑1 (MQ=255)
aaaaTGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCa < 5:12743/148‑1 (MQ=255)
aaaaTGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCa < 4:1301/148‑1 (MQ=255)
tACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGatat > 7:31967/1‑147 (MQ=255)
tACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATaa < 3:17022/149‑1 (MQ=255)
cAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAg < 7:23949/148‑1 (MQ=255)
aGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGa > 5:125862/1‑148 (MQ=255)
aGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGAt < 4:102681/149‑1 (MQ=255)
gTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGa > 4:85599/1‑147 (MQ=255)
gTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATa < 2:26010/149‑1 (MQ=255)
gCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAgg > 7:62216/1‑149 (MQ=255)
cTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGt > 7:40282/1‑149 (MQ=255)
aaCAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGa > 4:104663/1‑142 (MQ=255)
aaCAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGa < 3:104663/142‑1 (MQ=255)
cAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTa < 8:62216/149‑1 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTa > 7:48945/1‑149 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGCATCAAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGAACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCAAGAAAAACACAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTa > 8:56944/1‑149 (MQ=255)
aaCGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTAt > 5:85513/1‑149 (MQ=255)
gAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGa > 7:50361/1‑148 (MQ=255)
gAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGa > 4:30178/1‑148 (MQ=255)
cTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGc > 1:69328/1‑148 (MQ=255)
cTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCa > 6:129133/1‑149 (MQ=255)
cTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACATTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCa > 5:24592/1‑149 (MQ=255)
ttAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTa < 7:102680/134‑1 (MQ=255)
ttAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTa > 8:102680/1‑134 (MQ=255)
aTTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGc < 7:83806/148‑1 (MQ=255)
aTTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGc < 3:85599/148‑1 (MQ=255)
ttCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCtt > 2:104056/1‑149 (MQ=255)
aaTAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTa < 4:56654/149‑1 (MQ=255)
ggATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTAtt > 2:89422/1‑149 (MQ=255)
cTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTAtttttt > 8:90850/1‑149 (MQ=255)
aaTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGt > 6:46237/1‑136 (MQ=255)
aaTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGt < 5:46237/136‑1 (MQ=255)
aTGGCTATAACAACAAAATAACTTGGTAATTGTATAACATATGGGCCATCTGGACACCCCATTTGTAATATGCTAGGAACGCCAGAAAAACCCATTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAATCATGCTTGTTACTAttttttt < 3:17932/147‑1 (MQ=255)
aTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTAtttt < 1:89422/144‑1 (MQ=255)
aTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTa < 6:85513/148‑1 (MQ=255)
aTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAt > 2:98371/1‑149 (MQ=255)
aTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAt > 6:64365/1‑149 (MQ=255)
tataACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTtctc > 6:31031/1‑149 (MQ=255)
taACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTtctc < 1:104056/147‑1 (MQ=255)
taACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTtctc < 7:90850/147‑1 (MQ=255)
taACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTctct < 3:30178/148‑1 (MQ=255)
caacaaAAGACCTTCGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTa < 1:106839/149‑1 (MQ=255)
ctcaaAAGACCTTGGTAATTGGATCACATATTGGCCTTCTGGGCACCACATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGTTTTAAGATAGGTTGTAGATGTTTTAAAGGATTCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTa < 5:92159/146‑1 (MQ=255)
aaaaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAt > 1:96879/1‑135 (MQ=255)
aaaaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAt < 2:96879/135‑1 (MQ=255)
aaaaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTg > 1:14659/1‑149 (MQ=255)
aaaaGAACTTGGTAATTTGATAACATATGGGCCATCTGGGAACCCCATTTCTAATATGATACGTACGCAATAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGAAGAAAGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAGTACTCTTTTAtag > 6:92159/1‑146 (MQ=255)
aaaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGt < 8:40282/149‑1 (MQ=255)
aaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGt > 2:39211/1‑148 (MQ=255)
aaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGt > 6:104214/1‑148 (MQ=255)
gACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACACAGTGATATAAGATAGGTTCTAGATGTATCAAAGCATGCATGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCaa > 3:85879/1‑149 (MQ=255)
aCCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAAt > 8:73904/1‑149 (MQ=255)
cTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGt > 8:35239/1‑114 (MQ=255)
cTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGt < 7:35239/114‑1 (MQ=255)
cTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCAAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTCATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACGATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAAtt > 3:8251/1‑148 (MQ=255)
gTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCAt < 5:104214/148‑1 (MQ=255)
gTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATg < 5:31031/149‑1 (MQ=255)
aaTTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGt > 2:44787/1‑149 (MQ=255)
aaTTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGt > 6:129772/1‑149 (MQ=255)
ttGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGc < 6:24592/149‑1 (MQ=255)
ggATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCt > 7:86051/1‑148 (MQ=255)
attaCATATGGGCCATCTTGGCACCCAATTTCTAATATTCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAATATAGGTTGTAGATGTTTGATAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCTTGGTGCTGAt < 4:8251/146‑1 (MQ=255)
aCATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAtgt < 8:86051/148‑1 (MQ=255)
aCATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAtgt < 1:119394/148‑1 (MQ=255)
cATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAtgtg > 2:57070/1‑148 (MQ=255)
cATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAtgtg > 4:34803/1‑148 (MQ=255)
tGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGaaaa > 1:91203/1‑148 (MQ=255)
gggCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAAt > 5:123709/1‑148 (MQ=255)
gCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaa < 8:50361/149‑1 (MQ=255)
gCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaa > 7:48909/1‑148 (MQ=255)
ccATCTGTTCACCCAATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCATTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAAt < 3:84075/123‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 5:64365/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 3:34803/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 2:69328/149‑1 (MQ=255)
gggCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaacaaaac > 1:108043/1‑149 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCGAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTATATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGaaa < 7:56944/149‑1 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGa > 6:6484/1‑147 (MQ=255)
ccccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAg < 1:98371/149‑1 (MQ=255)
cccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAttt > 2:50246/1‑105 (MQ=255)
cccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGt < 1:39211/149‑1 (MQ=255)
cATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTat < 5:129133/149‑1 (MQ=255)
aaTATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATgggg > 8:98195/1‑149 (MQ=255)
atatGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATggg < 8:31967/147‑1 (MQ=255)
tGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTa < 8:48909/149‑1 (MQ=255)
|
TAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTA > NC_000913/3767991‑3768276
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NC_000913/3767983‑3768280
|
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21509:12633:7857/151‑1 (MQ=60)
GGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAA < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21301:11544:1846/151‑1 (MQ=60)
GTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAA > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11101:11030:14880/1‑150 (MQ=60)
AAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGTGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21110:22766:9835/150‑1 (MQ=60)
AAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11407:13312:10023/150‑1 (MQ=60)
ATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATA > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11506:20764:14435/1‑149 (MQ=60)
ATACAGTGCTAACAGCAACAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11111:23284:4038/151‑1 (MQ=60)
ACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGA < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11501:24347:15184/150‑1 (MQ=60)
CAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21604:4708:2995/1‑150 (MQ=60)
TGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGACAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11612:14565:19294/1‑151 (MQ=60)
GCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11511:26474:12971/1‑151 (MQ=60)
TAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGAT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21301:2029:7391/144‑1 (MQ=60)
CCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11604:3559:16248/1‑151 (MQ=60)
CAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21407:26072:6977/1‑151 (MQ=60)
CGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAA > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11605:10972:13201/1‑150 (MQ=60)
CCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATACGTTGTAGATCTATGAAAGCA > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11307:1735:20232/1‑150 (MQ=60)
CCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACATTGGTAATTGGATAACATATGGGCAATCTGGGCACCCCATTTATAATATGCTAGGTACGCCAGAAAACCCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11501:23807:7477/1‑151 (MQ=60)
CTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21512:9745:6545/136‑1 (MQ=60)
AATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21412:6452:12374/150‑1 (MQ=60)
AATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21202:12508:2822/150‑1 (MQ=60)
TAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11512:21452:1528/138‑1 (MQ=60)
atttgattgtgtcaaAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21401:14773:9763/136‑1 (MQ=60)
AATGGCTATAACAACAAAATAACTTGGTAATTGTATAACATATGGGCCATCTGGACACCCCATTTGTAATATGCTAGGAACGCCAGAAAAACCCATTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAATCATGCTTGTTACTATTTTTTTA < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11111:16307:14279/149‑1 (MQ=60)
AATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21104:18481:18375/146‑1 (MQ=60)
ATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11206:3938:18214/150‑1 (MQ=60)
ATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21504:10992:17681/149‑1 (MQ=60)
ATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21111:7326:10757/149‑1 (MQ=60)
ACAACAAAAGACCTTCGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21112:9141:16422/151‑1 (MQ=60)
tctCAAAAGACCTTGGTAATTGGATCACATATTGGCCTTCTGGGCACCACATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGTTTTAAGATAGGTTGTAGATGTTTTAAAGGATTCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21410:20423:15713/147‑1 (MQ=60)
CAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11107:11743:5357/1‑151 (MQ=60)
CAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21108:11407:5272/1‑137 (MQ=60)
ccggagtgactggagttcagacgtgtgctcccttccgatctCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11211:8561:3902/107‑1 (MQ=60)
AGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACACAGTGATATAAGATAGGTTCTAGATGTATCAAAGCATGCATGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21202:10108:5804/1‑151 (MQ=60)
CCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTT < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11508:19709:13506/116‑1 (MQ=60)
CCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCAAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTCATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACGATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTG > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11105:5155:16993/1‑150 (MQ=60)
GGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11504:5892:11125/151‑1 (MQ=60)
GGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21505:23722:2565/150‑1 (MQ=60)
TGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTAGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTG > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21501:7404:17342/1‑150 (MQ=60)
AACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21206:8696:11824/150‑1 (MQ=60)
ATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21105:1520:14178/1‑150 (MQ=60)
TGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATA > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21603:19328:2061/1‑150 (MQ=60)
GGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAA > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11604:9517:15827/1‑150 (MQ=60)
GCCATCTGTTCACCCAATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCATTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21201:19984:3073/125‑1 (MQ=60)
GCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11209:10862:12349/151‑1 (MQ=60)
GCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11608:15926:13671/151‑1 (MQ=60)
TGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACG > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21201:6419:7978/1‑151 (MQ=60)
CACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCGAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTATATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11609:23550:13532/151‑1 (MQ=60)
ACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21108:13286:18238/151‑1 (MQ=60)
CCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTA < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11206:2196:3890/151‑1 (MQ=60)
CCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGCTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21605:24318:14826/151‑1 (MQ=60)
TGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTAC > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11303:16332:14993/1‑150 (MQ=60)
TGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAG > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11309:2362:5860/1‑135 (MQ=60)
CTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGTGGTCTACAGC > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11606:14871:11649/1‑151 (MQ=60)
|
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NC_000913/3767983‑3768280
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
