Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F43 I1 R1
|
23 |
34.4 |
1194698 |
96.8% |
1156467 |
139.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,768,131 |
A→T |
pseudogene (911/945 nt) |
rhsJ → |
Rhs‑family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,768,131 | 0 | A | T | 100.0%
| 168.1
/ NA
| 48 | pseudogene (911/945 nt) | rhsJ | Rhs‑family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (23/25); total (23/25) |
TAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGG > NC_000913/3767991‑3768271
|
tAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGc > 6:80371/1‑149 (MQ=255)
tGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGc > 3:121731/1‑146 (MQ=255)
aaaTGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGt < 7:60522/149‑1 (MQ=255)
tGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGa > 3:48088/1‑148 (MQ=255)
tGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAg > 4:71687/1‑149 (MQ=255)
aCAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGt < 8:38682/149‑1 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAgg > 8:53337/1‑138 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAgg < 7:53337/138‑1 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTa > 5:4810/1‑149 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTa > 2:86469/1‑149 (MQ=255)
aaCGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTAt < 7:37615/149‑1 (MQ=255)
cTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCa > 6:100092/1‑149 (MQ=255)
aaTTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCAt < 6:4810/147‑1 (MQ=255)
aaaTAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGt > 2:127519/1‑148 (MQ=255)
aaaTAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGt > 8:132091/1‑148 (MQ=255)
tAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTAtttttt > 1:164703/1‑148 (MQ=255)
aTGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAt < 1:127519/149‑1 (MQ=255)
tGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAtt < 4:121731/149‑1 (MQ=255)
taACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTtctc < 5:100092/147‑1 (MQ=255)
aaaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGTCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTTATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGt < 3:21444/149‑1 (MQ=255)
ggTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAttt < 8:76219/138‑1 (MQ=255)
ggTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAttt > 7:76219/1‑138 (MQ=255)
ggTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGc < 7:130420/147‑1 (MQ=255)
ggTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCa < 2:164703/148‑1 (MQ=255)
gTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTGGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCAt < 5:33912/148‑1 (MQ=255)
gATAACATATGGGCCATCTGTGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGa < 2:146512/149‑1 (MQ=255)
gATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGa > 1:118971/1‑149 (MQ=255)
gATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGa > 5:47542/1‑149 (MQ=255)
cATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATg > 8:78038/1‑137 (MQ=255)
cATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATg < 7:78038/137‑1 (MQ=255)
gggCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGaaa < 2:157297/146‑1 (MQ=255)
gggCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGaaa > 1:157297/1‑146 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 6:47542/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 7:132091/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa > 3:17530/1‑149 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 4:48088/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCAACGCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 5:80371/149‑1 (MQ=255)
ggCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaacaaaac > 2:4316/1‑148 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCttt < 1:96236/102‑1 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCttt > 2:96236/1‑102 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGaaa < 1:86469/149‑1 (MQ=255)
cccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAg > 5:50776/1‑148 (MQ=255)
cccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAg > 8:81595/1‑148 (MQ=255)
tttCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTatta > 7:29911/1‑147 (MQ=255)
ttCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAATATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTTCTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTg < 1:156923/115‑1 (MQ=255)
ttCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTAACTATTTTTTTATTTCTCATTTATATGTCAATAGCATGGTg > 2:156923/1‑115 (MQ=255)
atatGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATggg < 3:71687/147‑1 (MQ=255)
atatGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATggg < 4:17530/147‑1 (MQ=255)
|
TAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGG > NC_000913/3767991‑3768271
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NC_000913/3767983‑3768280
|
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11301:16511:11899/151‑1 (MQ=60)
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21105:22474:12466/151‑1 (MQ=60)
ATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCC > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21305:10836:2285/1‑148 (MQ=60)
AAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11609:4513:1901/151‑1 (MQ=60)
ATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11302:3813:11606/1‑150 (MQ=60)
CCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11403:15278:5152/1‑151 (MQ=60)
CCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGT < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11604:14940:18542/140‑1 (MQ=60)
CAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11508:17172:6194/151‑1 (MQ=60)
CTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAG > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11604:18228:19514/1‑97 (MQ=60)
CTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21310:24522:8168/1‑150 (MQ=60)
AATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGGTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21206:3355:7813/151‑1 (MQ=60)
ATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21411:18471:2859/149‑1 (MQ=60)
AAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGTCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTTATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTC < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11112:22307:14853/151‑1 (MQ=60)
cgctgaaagtgcaaaccgaagttgcgcagctctctgacgatATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11312:15248:20327/110‑1 (MQ=60)
TGGTAATTGGATAACATCTGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCA < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21611:16238:3030/149‑1 (MQ=60)
TGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTG > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21405:21177:13108/1‑140 (MQ=60)
GGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTGGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11504:6262:15647/150‑1 (MQ=60)
GGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21202:24956:14214/1‑151 (MQ=60)
GGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11511:20030:1639/1‑151 (MQ=60)
ACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTATGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21406:5290:11767/139‑1 (MQ=60)
TGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAA > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21307:21879:4082/1‑148 (MQ=60)
GCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21612:12699:2283/151‑1 (MQ=60)
GCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11110:12368:10588/1‑151 (MQ=60)
GCCATCTGGGCAACGCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21401:3316:13830/151‑1 (MQ=60)
TGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11407:4303:3615/60‑1 (MQ=60)
CACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11312:12180:17702/151‑1 (MQ=60)
CACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21104:9980:19775/104‑1 (MQ=60)
CCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11512:25688:10968/1‑150 (MQ=60)
CCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21112:14810:20144/39‑1 (MQ=60)
CCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATATTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGttgaaacaatatggcatgaaggctacggcgtt > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21102:21403:15713/1‑119 (MQ=60)
ATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAAAGAAAGTATTAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11503:7104:17426/1‑151 (MQ=60)
TTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAATATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTTCTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGC < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21306:9169:20195/117‑1 (MQ=60)
AATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21101:13939:12718/149‑1 (MQ=60)
CTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21209:21165:12487/1‑151 (MQ=60)
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CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NC_000913/3767983‑3768280
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
