Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F2 I1 R1
|
15 |
39.5 |
1304580 |
98.1% |
1279792 |
140.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,768,131 |
A→T |
pseudogene (911/945 nt) |
rhsJ → |
Rhs‑family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,768,131 | 0 | A | T | 100.0%
| 155.1
/ NA
| 44 | pseudogene (911/945 nt) | rhsJ | Rhs‑family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (21/23); total (21/23) |
GGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGG > NC_000913/3767995‑3768271
|
ggTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAg > 6:109046/1‑148 (MQ=255)
tAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGaa > 6:12878/1‑148 (MQ=255)
aGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGaaaaa < 8:137570/149‑1 (MQ=255)
ttAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCACCGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAAcc > 7:67611/1‑149 (MQ=255)
ttAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAAcc < 5:12878/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAAcc > 4:77021/1‑146 (MQ=255)
aaaaTGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCa < 3:77021/148‑1 (MQ=255)
aaaaTGGATACAGTGCAAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAg < 3:45974/149‑1 (MQ=255)
aGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGt > 1:132082/1‑139 (MQ=255)
aGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGt < 2:132082/139‑1 (MQ=255)
gTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTACTTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATa < 7:122157/149‑1 (MQ=255)
cACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGAt < 3:24724/149‑1 (MQ=255)
cACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAAAGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGAGATATAACATAGGTTGTAGAt > 4:52512/1‑149 (MQ=255)
aCCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATg > 5:82826/1‑149 (MQ=255)
cAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTa > 3:86693/1‑149 (MQ=255)
gAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGa > 4:103877/1‑148 (MQ=255)
tAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTAc > 3:94818/1‑148 (MQ=255)
ggATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACGTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTAtt > 7:78367/1‑149 (MQ=255)
gCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAttt < 4:86693/148‑1 (MQ=255)
gCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAttt < 5:40329/148‑1 (MQ=255)
gCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAttt < 8:67611/148‑1 (MQ=255)
aacaacAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTtctc < 5:117232/146‑1 (MQ=255)
aacaacAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTtctc > 6:117232/1‑146 (MQ=255)
aacaaAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTa < 2:175856/137‑1 (MQ=255)
aacaaAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTa > 1:175856/1‑137 (MQ=255)
aacaaAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAt > 7:77189/1‑149 (MQ=255)
aacaaAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTAt < 4:94818/149‑1 (MQ=255)
aaaaGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTg > 5:136777/1‑149 (MQ=255)
aCCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAAt > 6:43077/1‑149 (MQ=255)
ccTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAAtt < 3:144376/149‑1 (MQ=255)
ggATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCt < 8:78367/148‑1 (MQ=255)
gATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGa > 2:13160/1‑149 (MQ=255)
aTAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGAt < 3:103877/149‑1 (MQ=255)
ccATCTTGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCGAGTGATATAAGTTAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 3:52512/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 5:127253/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 5:109046/149‑1 (MQ=255)
ccATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 8:77189/149‑1 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGaaa < 1:13160/149‑1 (MQ=255)
aCCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGa > 1:11052/1‑147 (MQ=255)
cccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa > 4:5637/1‑137 (MQ=255)
cccATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATaaaa < 3:5637/137‑1 (MQ=255)
tttCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTTATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTatga > 6:9346/1‑149 (MQ=255)
tAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTTATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATggg < 5:9346/149‑1 (MQ=255)
tAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATggg > 1:179346/1‑149 (MQ=255)
|
GGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGG > NC_000913/3767995‑3768271
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NC_000913/3767983‑3768280
|
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGACATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21607:15381:19283/1‑149 (MQ=60)
GTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCACCGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCC > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11609:20729:13053/1‑151 (MQ=60)
GTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11406:20324:14282/151‑1 (MQ=60)
AAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21101:11965:2895/150‑1 (MQ=60)
AAAAATGGATACAGTGCAAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGT < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11211:10854:12600/151‑1 (MQ=60)
CAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTG > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21203:14122:14064/1‑141 (MQ=60)
AGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTACTTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21512:22833:4555/151‑1 (MQ=60)
GCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11201:1680:7324/151‑1 (MQ=60)
CACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11611:16871:13454/1‑151 (MQ=60)
CCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21105:23757:19443/1‑151 (MQ=60)
ATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21110:10366:4780/1‑150 (MQ=60)
AGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACGTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTATATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21402:24890:19720/1‑151 (MQ=60)
GGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11506:14670:7362/150‑1 (MQ=60)
TAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCT < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21502:8574:18443/148‑1 (MQ=60)
CAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATT > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21402:3286:9010/1‑151 (MQ=60)
CAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTAT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21308:1976:18605/1‑139 (MQ=60)
CAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21511:19619:15789/1‑151 (MQ=60)
ACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21310:24492:3738/151‑1 (MQ=60)
GATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21202:12780:18266/151‑1 (MQ=60)
GCCATCTTGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCGAGTGATATAAGTTAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11302:10552:12244/151‑1 (MQ=60)
GCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21411:19673:6025/151‑1 (MQ=60)
GCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21507:17484:8764/151‑1 (MQ=60)
CACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11105:6339:17544/151‑1 (MQ=60)
CACCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAA > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11105:19721:2468/1‑149 (MQ=60)
CCCCATTTCTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11103:13983:15611/139‑1 (MQ=60)
CTAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGG > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21310:4732:5939/1‑151 (MQ=60)
ATAATATGCTAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTTATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11405:3400:2419/151‑1 (MQ=60)
TAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21212:19252:9684/1‑150 (MQ=60)
|
CGAGGAACTAATGGTAAGTTAAAAATGGATACAGTGCTAACAGCACCAACGAACCTTAATTCAAATAAGGATCTAATGGCTATAACAACAAAAGACCTTGGTAATTGGATAACATATGGGCCATCTGGGCACCCCATTTCTAATATGCAAGGTACGCCAGAAAAACCCAGTGATATAAGATAGGTTGTAGATGTATGAAAGCATGCTTGTTACTATTTTTTTATTTCTCTTTTATTTGTCAATTGCATGGTGCTGATGTGAAAATAAAACAAAACGAAAGTATGATGGGGTCTACAGC > NC_000913/3767983‑3768280
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
