Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,108,438 |
C→A |
noncoding (56/76 nt) |
pheV → |
tRNA‑Phe |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,108,438 | 0 | C | A | 100.0%
| 1177.1
/ NA
| 328 | noncoding (56/76 nt) | pheV | tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (134/194); total (134/194) |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAA > NC_000913/3108348‑3108527
|
cgagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGa < 2:8316065/93‑1 (MQ=255)
gagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAt > 2:8080753/1‑93 (MQ=255)
gagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAt < 2:4289225/93‑1 (MQ=255)
agacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAACATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAtt > 1:5919434/1‑93 (MQ=255)
agacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAtt < 1:663805/93‑1 (MQ=255)
gacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTc < 1:7350775/93‑1 (MQ=255)
gacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTc < 2:7451494/93‑1 (MQ=255)
gacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTc > 1:2108487/1‑93 (MQ=255)
gacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTc < 1:4643396/93‑1 (MQ=255)
gacgagGCGAATCAGGGTTAAAGGGCCCCGTTGCCCCGGAAGCTCCGTCGGGAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGAGTTCTTTGTTTGAATc > 2:5004368/1‑93 (MQ=12)
acgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTcc > 1:1099295/1‑93 (MQ=255)
gagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGa > 2:1924952/1‑93 (MQ=255)
gagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGa < 2:200756/93‑1 (MQ=255)
agGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAg < 1:3154033/93‑1 (MQ=255)
agGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAg < 2:6717855/93‑1 (MQ=255)
cGAATCAGGTGTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTcc < 1:8721865/93‑1 (MQ=255)
gAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCg < 1:2259009/93‑1 (MQ=255)
aTCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCggg < 2:361201/93‑1 (MQ=21)
aGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGcac < 1:567866/93‑1 (MQ=14)
aGGTGTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGcac < 1:10004254/93‑1 (MQ=9)
tttAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGcaccac > 2:6219008/1‑93 (MQ=14)
taTGCGCCCCGGTTCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTaa < 1:5038535/92‑1 (MQ=11)
aaTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTaa > 2:5366267/1‑93 (MQ=21)
aaTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTaa > 1:4274329/1‑93 (MQ=21)
aTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAt < 2:7776084/93‑1 (MQ=25)
tGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAtt > 1:3331578/1‑93 (MQ=37)
ccccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTa > 2:2627653/1‑93 (MQ=255)
ccccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTa > 2:3059642/1‑93 (MQ=255)
cccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTaa > 2:5662540/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAg < 1:6371674/93‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAg > 1:9246226/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGGAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCATAAg > 2:5024241/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGa < 1:8886799/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGaa < 1:6521337/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGaa > 2:467896/1‑93 (MQ=255)
cGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGcc > 2:521042/1‑93 (MQ=255)
ggATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGccc > 2:3407681/1‑93 (MQ=255)
ggATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGccc > 1:8447572/1‑93 (MQ=255)
ggATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGccc < 1:2483789/93‑1 (MQ=255)
ggATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATAGCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAGGAAGCCGccc > 2:5475415/1‑93 (MQ=17)
tAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCcaca > 1:9357593/1‑93 (MQ=255)
aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa < 1:2562290/93‑1 (MQ=255)
aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa < 1:3543098/93‑1 (MQ=255)
gCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAg < 2:6565822/93‑1 (MQ=255)
cTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAgg < 2:6232275/93‑1 (MQ=255)
cTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAgg < 1:6970231/93‑1 (MQ=255)
tCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGc < 1:7752825/93‑1 (MQ=255)
cAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCg > 1:9666631/1‑93 (MQ=255)
aGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCgg < 1:7151900/93‑1 (MQ=255)
gTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCggg > 2:7518458/1‑93 (MQ=255)
cGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGtt > 2:7914363/1‑93 (MQ=255)
ggTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGttt > 2:1061797/1‑93 (MQ=255)
gTAGAGCAGGGGATTGAAAATCGCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGtttt > 1:6213182/1‑93 (MQ=255)
gTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGtttt < 1:9083944/93‑1 (MQ=255)
gTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGtttt < 2:6655101/93‑1 (MQ=255)
tAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGttttt > 1:441585/1‑93 (MQ=255)
gagCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGc > 1:1983053/1‑93 (MQ=255)
gagCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGc > 1:2890281/1‑93 (MQ=255)
agCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGGTAGATTCCGCGTCCGGGCACCCCTCACTCTTAAGCACCCGCCAACAAGGCGCGCTTCTGCt > 1:5830130/1‑93 (MQ=17)
aGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAGCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCtttt < 1:7955708/93‑1 (MQ=255)
aGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCgttt > 1:3696522/1‑93 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg > 1:5270386/1‑93 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg < 1:1232851/93‑1 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg > 2:2247495/1‑93 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg < 1:1534897/93‑1 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg < 2:1437791/93‑1 (MQ=255)
gggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTgg > 2:6992116/1‑93 (MQ=255)
gATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGAt < 2:8621338/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGACCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc < 1:6041634/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc < 1:8130327/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc > 2:10045733/1‑93 (MQ=255)
aTTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc < 1:1746972/93‑1 (MQ=255)
ttGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCt > 1:5122989/1‑93 (MQ=255)
ttGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCt > 1:2647918/1‑93 (MQ=255)
ttGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCt < 2:9295805/93‑1 (MQ=255)
tGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCGCAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTg < 2:91422/93‑1 (MQ=255)
gAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGa < 2:6912919/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAc < 1:3839210/93‑1 (MQ=255)
aaaTCCGCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACa < 2:4887844/93‑1 (MQ=255)
aaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACaa < 1:950577/93‑1 (MQ=255)
aaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACaa < 1:8772231/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATa > 2:4503262/1‑93 (MQ=255)
tCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATa > 1:764121/1‑93 (MQ=255)
tCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTGTTTGCTTTTTGATCTGTCAATa > 2:7315443/1‑93 (MQ=37)
ccccGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATaa < 2:8556471/93‑1 (MQ=255)
ccGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAcc > 1:5405860/1‑93 (MQ=255)
ccGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAcc < 1:7028437/93‑1 (MQ=255)
cGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCt > 2:95288/1‑93 (MQ=255)
gtgtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCtt < 2:8863187/93‑1 (MQ=255)
tgtCCTGGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGACCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTc < 2:9183112/93‑1 (MQ=255)
gtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa < 2:5796241/93‑1 (MQ=255)
gtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa < 2:3534571/93‑1 (MQ=255)
gtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa < 2:5857238/93‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAc < 1:5895824/93‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAc < 1:5562912/93‑1 (MQ=255)
cTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGa > 2:9637126/1‑93 (MQ=255)
cTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGa > 2:556851/1‑93 (MQ=255)
tGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGaaa < 1:1682248/93‑1 (MQ=255)
gTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGaaaaa < 2:2735831/93‑1 (MQ=255)
gTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGaaaaa < 2:3841173/93‑1 (MQ=255)
|
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAA > NC_000913/3108348‑3108527
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATT > NC_000913/3108345‑3108531
|
TGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTA < SRR4302540.3500944/94‑1 (MQ=52)
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAG < SRR4302540.9011053/94‑1 (MQ=49)
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAG > SRR4302540.4370248/1‑94 (MQ=49)
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAG > SRR4302540.6839867/1‑94 (MQ=49)
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAG < SRR4302540.3658588/94‑1 (MQ=49)
GACGAGACGAGGAGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGACAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAG < SRR4302540.9011044/94‑1 (MQ=33)
ACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGA < SRR4302540.6205315/94‑1 (MQ=46)
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAT < SRR4302540.9420536/94‑1 (MQ=43)
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAT > SRR4302540.1729164/1‑94 (MQ=43)
GAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAACATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATT > SRR4302540.5984827/1‑94 (MQ=39)
GAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATACCCGTGTCCTTGGTTAGATT > SRR4302540.5984826/1‑94 (MQ=39)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC < SRR4302540.670925/94‑1 (MQ=38)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC < SRR4302540.670926/94‑1 (MQ=38)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC < SRR4302540.1665405/94‑1 (MQ=38)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC > SRR4302540.2131115/1‑94 (MQ=38)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCAGGACAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC > SRR4302540.2055166/1‑94 (MQ=35)
TACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGGCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCC < SRR4302540.5748477/94‑1 (MQ=31)
GACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCC > SRR4302540.8648480/1‑94 (MQ=35)
GACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCC < SRR4302540.4693105/94‑1 (MQ=35)
GACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCC < SRR4302540.7432774/94‑1 (MQ=35)
GACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCC > SRR4302540.1110617/1‑94 (MQ=35)
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AGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGT < SRR4302540.3188366/94‑1 (MQ=25)
AGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGT > SRR4302540.10160649/1‑94 (MQ=25)
AGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGT > SRR4302540.3127949/1‑94 (MQ=25)
AGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGC > SRR4302540.9363186/1‑94 (MQ=25)
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GAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGG < SRR4302540.7855657/94‑1 (MQ=12)
AATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGG > SRR4302540.4482112/1‑94 (MQ=10)
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ATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGC < SRR4302540.6021193/94‑1 (MQ=7)
ATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGC < SRR4302540.525955/94‑1 (MQ=7)
ATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGC > SRR4302540.3935051/1‑94 (MQ=7)
ATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGC > SRR4302540.115032/1‑94 (MQ=7)
AGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACC < SRR4302540.2539390/94‑1 (MQ=0)
AGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACC < SRR4302540.574035/94‑1 (MQ=0)
GTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCAC < SRR4302540.8673337/94‑1 (MQ=0)
GTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCAC < SRR4302540.563955/94‑1 (MQ=0)
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TAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAA > SRR4302540.4320816/1‑94 (MQ=7)
TAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAA < SRR4302540.5758209/94‑1 (MQ=7)
TATGCGCCCCGGTTCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAT < SRR4302540.5093039/94‑1 (MQ=8)
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ATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATT > SRR4302540.8529842/1‑94 (MQ=12)
TGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTC < SRR4302540.9749499/94‑1 (MQ=15)
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CCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAG > SRR4302540.1298888/1‑94 (MQ=30)
CCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAG < SRR4302540.5689489/94‑1 (MQ=30)
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CGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAA < SRR4302540.8989679/94‑1 (MQ=35)
CGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAA > SRR4302540.3284925/1‑94 (MQ=35)
CGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAA < SRR4302540.8208303/94‑1 (MQ=35)
GTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAC < SRR4302540.6593770/94‑1 (MQ=38)
GTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAC < SRR4302540.1269117/94‑1 (MQ=38)
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TGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCC < SRR4302540.267656/94‑1 (MQ=43)
TGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCC < SRR4302540.2241581/94‑1 (MQ=43)
TCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCG < SRR4302540.2619553/94‑1 (MQ=45)
CCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGC > SRR4302540.884966/1‑94 (MQ=48)
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GGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCA > SRR4302540.6291160/1‑94 (MQ=55)
GGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCA < SRR4302540.2510550/94‑1 (MQ=55)
GGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCA < SRR4302540.5634209/94‑1 (MQ=55)
GGAGAGCTCAGGCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCA < SRR4302540.5633948/94‑1 (MQ=51)
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ATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACA > SRR4302540.9469040/1‑94 (MQ=60)
ATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACA < SRR4302540.1467328/94‑1 (MQ=60)
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GTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTT < SRR4302540.9193085/94‑1 (MQ=60)
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AGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGC < SRR4302540.6952352/94‑1 (MQ=60)
AGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGC > SRR4302540.2921773/1‑94 (MQ=60)
GAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCT > SRR4302540.5894587/1‑94 (MQ=60)
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AGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTT < SRR4302540.2605033/94‑1 (MQ=60)
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AGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTG > SRR4302540.7423316/1‑94 (MQ=60)
GGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGG < SRR4302540.1551880/94‑1 (MQ=60)
GGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGG < SRR4302540.1245441/94‑1 (MQ=60)
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AAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACA < SRR4302540.6380852/94‑1 (MQ=60)
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ATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATA > SRR4302540.772258/1‑94 (MQ=60)
TCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAA < SRR4302540.9274804/94‑1 (MQ=60)
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TAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAAT < SRR4302540.8517215/94‑1 (MQ=60)
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TAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAAT < SRR4302540.9866534/94‑1 (MQ=60)
TAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAAT > SRR4302540.6549113/1‑94 (MQ=60)
AGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATT < SRR4302540.2120446/94‑1 (MQ=60)
|
TGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATT > NC_000913/3108345‑3108531
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
