Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I206 R1
|
206 |
23.7 |
1314362 |
96.8% |
1272302 |
86.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,458,386 |
A→G |
E369G (GAA→GGA) |
gspL → |
type II secretion system protein GspL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,458,386 | 0 | A | G | 100.0%
| 114.6
/ NA
| 35 | E369G (GAA→GGA) | gspL | type II secretion system protein GspL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (14/21); total (14/21) |
AAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > NZ_CP009273/3458299‑3458468
|
aaaaGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGgaa < 2:100926/90‑1 (MQ=255)
cTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGaa < 1:523736/90‑1 (MQ=255)
gACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGaaaa < 1:134599/90‑1 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 2:138713/90‑1 (MQ=255)
tAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATc < 1:570648/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 2:597306/90‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTc < 1:135447/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:128171/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:353233/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:214361/90‑1 (MQ=255)
gTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 1:502883/90‑1 (MQ=255)
agTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATgg < 1:600872/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:632320/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 2:474316/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:183391/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc < 1:518858/90‑1 (MQ=255)
tGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAc > 1:472505/1‑90 (MQ=255)
tatCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGaa < 1:410706/90‑1 (MQ=255)
atcgTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAg < 1:297964/90‑1 (MQ=255)
tttCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaa < 2:471647/90‑1 (MQ=255)
ttCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGaaa < 1:429509/90‑1 (MQ=255)
tCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAAt < 2:31874/90‑1 (MQ=255)
acaGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtgg > 2:426838/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg > 1:329529/1‑45 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAgtg < 2:329529/45‑1 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:289049/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:288637/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 1:611364/1‑90 (MQ=255)
aGTCCTGGATTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtg > 2:314891/1‑90 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 2:107973/1‑90 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 1:603256/1‑90 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 1:458773/1‑90 (MQ=255)
gTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCAtggtgg > 1:219987/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:17243/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 2:206784/1‑90 (MQ=255)
ccGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAt > 1:94184/1‑90 (MQ=255)
|
AAAAGTCGCTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > NZ_CP009273/3458299‑3458468
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGG > NZ_CP009273/3458307‑3458477
|
CTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGG < SRR3722088.530069/100‑1 (MQ=60)
GACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTC < SRR3722088.135993/100‑1 (MQ=60)
TAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGG < SRR3722088.577646/100‑1 (MQ=60)
tacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722088.492877/50‑1 (MQ=60)
ATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTAT < SRR3722088.136848/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722088.216517/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722088.129500/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC < SRR3722088.508926/100‑1 (MQ=60)
GTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGAC > SRR3722088.478091/1‑100 (MQ=60)
AGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGA < SRR3722088.608272/100‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722088.185225/100‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722088.640143/100‑1 (MQ=60)
TGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAAC < SRR3722088.525120/100‑1 (MQ=60)
TATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAA < SRR3722088.415233/100‑1 (MQ=60)
ATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATT < SRR3722088.300865/100‑1 (MQ=60)
TTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATC < SRR3722088.434370/100‑1 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacc > SRR3722088.332930/1‑65 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722088.291819/1‑100 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722088.291403/1‑100 (MQ=60)
GAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTG > SRR3722088.618899/1‑100 (MQ=60)
AGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGG > SRR3722088.464138/1‑100 (MQ=60)
AGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGG > SRR3722088.610682/1‑100 (MQ=60)
AGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGG > SRR3722088.222197/1‑100 (MQ=60)
GTCCTGGCTTCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAAT > SRR3722088.95132/1‑100 (MQ=60)
TCCGATGGGAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGG > SRR3722088.299642/1‑100 (MQ=60)
|
CTGACCTTAAAAATGAGTGCTAAGAGTGAAGCTAATATCGATCGTTTCTGTGAGTTAACACAGTCCTGGCTTCCGATGGAAAAAACAGAAAAAGATCCGGTCAGTGGTGTATGGACAGTAAGGAACTCAGGGAAATGATTAAATCATGGTGGGCAGAAAAATCCACATCGG > NZ_CP009273/3458307‑3458477
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
